Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Effekt av Genetisk och Fenotypisk Variation i Puccinia striiformis på gulrostens epidemiologi i Sverige

Status: Avslutat
Projektnummer: V1133036
Kategori: Forskningsprogram | Växtodling
Ansökningsår: 2011
Datum för slutrapport: 27 april 2016
Huvudsökande: Jonathan Yuen
Organisation: Sveriges lantbruksuniversitet, SLU
E-postadress: Jonathan.Yuen@mykopat.slu.se
Telefon: 018 672369
Beviljade medel: 2 500 000 SEK

Puccinia striiformis causes yellow rust on grasses including wheat, rye, and triticale. Samples of the pathogen were taken in 2012 (353 total) and 2015 (162) and analysed with microsatellite markers (15 in 2012 and 16 in 2015). Race analyses were also undertaken on samples from the same fields in 2015 using standard differential cultivars at the Global Rust Reference Center in Flakkebjerg, Denmark. Genetic analyses revealed no evidence for sexual reproduction despite genetic variation between the different samples. Analyses with the program poppr revealed several dominating groups of genetically similar samples. Minimum spanning networks based on the Bruvo distance grouped the majority of samples in one group confirming the results from analyses with structure. Race phenotyping in 2015 confirmed the presence of the races 'Kranich', 'Warrior', 'Triticale aggressive', and a few samples of 'Hereford', as well as a new race that has received the name 'Triticale 15'.

Gulrost på vete, råg och rågvete har blivit ett problem i stråädesodlingeni större delen av Sverige. Den orsakas av en svamp, Puccinia striiformis, som övervintrar på värdväxten. P. striiformis kan producera stora mängder sporer, som sprids med vinden, och sjukdomsangrepp kan öka snabbt om de får fäste i odlingen. Odling av resistenta sorter är en möjlig kontrollåtgärd, men om man odlar en mottaglig sort är den enda kontrollåtgärden användning av fungicider. Valet av resistenta sorter kompliceras av variationen i P. striiformis. Olika varianter av svampen, s.k. raser, kan infektera vissa sorter av värdväxterna. Om man visste vilken ras som skulle infektera under kommande säsong, kunde man välja en resistent sort. Man kan bara identifiera raser genom odling av rost på olika resistenta sorter och det kräver både tid och utrymme.

Ett annat problem är att P. striiformis kan bilda nya genetiska varianter genom sexuell omkombination. Detta sker när den byter värd från en gräsart (som vete eller rågvete) till den s.k. mellanvärden, som för P. striiformis är berberis; en växt som förekommer ganska mycket i det svenska landskapet. Tidigare fanns det en lag som tvingade utrotning av berberis (framförallt för att minska angrepp av svartrost) men den togs bort 1996. Om P. striiformis skulle övervintra och bilda nya varianter genom sexuell omkombination, skulle utrotning av berberis i närheten av stråsädesodlingar minska problemet med gulrost.

Ett av de viktigaste verktygen man har för att studera gulrost är olika genetiska markörer som består av korta DNA-sekvenser med ett upprepande mönster. De kallas för mikrosatelliter, eller ’single sequence repeats' (SSR). Detta mönster gör att det kan bildas olika långa upprepningar av sekvensen, och då kan man använda det antalet upprepningar så som man använder gener i vissa analyser, och då kan man få svar på flera frågor om en population.
I detta projekt har vi använt mikrosatelliter för att titta på den genetiska variationen i P. striiformis tagen från olika fält, olika landskap, och olika värdväxter. För genetiska studier med mikrosatelliter krävs bara en bladbit med lite rost. Man tar en bladbit med lite rost på, extraherar DNA, och ampliferar olika delar av svampens DNA. Varje primerpar kan betraktas som en gen, och de olika längderna som olika alleler. Med hjälp av datorprogram för att analysera dessa data kan man dra slutsatser kring hur populationen är uppbyggd och hur den kom till. Prover från berberis identifieras med hjälp av en DNA-sekvens som berättar vilken art av svamp det är.

Dessa studier har kompletterats med ett begränsat antal prover, tagna från olika odlingar, för att se både den genetiska variationen (mätt med mikrosatelliter) och den fenotypiska variationen (rasbestämining) som man får genom uppförökning av isolat och inokulering av sorter med kända resistensgener.
De genetiska data visar en stor variation i det material som samlats från vete och rågvete. Trots denna variation, kunde man gruppera materialet i olika grupper. Det var inget geografiskt mönster i materialet, men vissa kluster kom från rågvete och andra från vete. Den variation som fanns kom från mutationer och andra ändringar i patogenens liv på vete och rågvete och det var inga tecken på sexuell omkombination. Över 60 prover från berberis analyserades också och det var ingen Puccinia striiformis bland dessa, bara P. graminis (som orsakar svartrost) och en Puccinia-art som infekterar knylhavre.

Rasbestämingar var möjliga för ett begränsat antal prover 2015. Dessa visade raser som är vanliga i Europa, såsom de s.k. Kranich-, Warrior-, och Herefordraserna. Det var också en ras som kallas för 'Triticale aggressive', och en variant av den som fick namnet Triticale15. En variant av Warrior-rasen som inte kunde infektera sorter med resistensgenen amb (som finns i sorten Ambition) fanns bland materialet.

Det fanns inga tecken på sexuell omkombination av P. striiformis i undersökningen. Trots det, finns det gott om genetisk variation i den svenska populationen av P. striiformis . En strategisk plan för att minska förluster på grund av gulrost på ett miljövänligt sätt bör bygga på flera komponenter. En är att noga övervaka rostpopulationen i syfte att upptäcka nya raser så snart som möjligt. En annan är att lära sig hur nya raser av gulrost utvecklas. Är det via sexuell reproduktion som inte är omedelbart uppenbar, eftersom det är relativt sällsynt? Eller sker det via invandring av nya genotyper från andra områden? En tredje komponent är att utveckla bättre metoder för att skilja de olika raserna utan isolering, uppförökning och inokulering av sorter med olika resistensgener. Slutligen kan man studera olika resistensgener för att se om några fungerar bättre än andra i att utöva selektionstryck på patogenen.

 

Antal träffar i projektbanken: 1555

Förekomst och betydelse av herpesvirus 2 och 5 hos svenska travhästar
Jean-Francois Valarcher, Statens Veterinärmedicinska Anstalt

Projektnummer: H1247140 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 9 november 2015

The equine ? herpesviruses 2 and 5 (EHV-2 and -5), viruses that persistently infect horses and that can be reactivated with stress or illness, were initially thought as harmless. Recently however there is growing evidence that those can cause low-grade respiratory disease or even severe lung …

Läs mer

Sverige söker bonde - Unga lantbrukares framtida strategier i en föränderlig näring
Susanne Stenbacka, Uppsala universitet

Projektnummer: H0946336 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 29 oktober 2015

Projektet handlar om framtida generationer av lantbrukare och belyser de strategier som utvecklas för att nå hållbarhet inom företaget från ett genusperspektiv. Unga lantbruksstudenter betonar betydelsen av att balansera det känslomässiga och det ekonomiska. Vidare betonas nätverk och kontinuerligt …

Läs mer

Interaktioner mellan P- och N-gödsling
Gunnar Börjesson, SLU

Projektnummer: H1233102 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 29 oktober 2015

The recent reduction in phosphorus fertilisation can affect plant production negatively on a large part of Swedish arable land, because low P levels in the soil can cause lowered N-efficiency. The goal of this project is to contribute to improved recommendations on optimal doses of phosphorus (and …

Läs mer

Biologisk markkartering i fältförsök - DNA-baserad analys av jordburna växtsjukdomar
Anders Jonsson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: V0960049 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 28 oktober 2015

Jordprov från 43 fältförsök analyserade på förekomst av DNA från Plasmodiophora brassicae. P brassicae är den organism som orsakar klumprotsjuka på oljeväxter. I 26% av proven detekterades P.brassicae DNA och i 3 st >50 fg DNA g-1 jord. Jordprov från de sk bördighetsförsöken, startade 1957-1966 och …

Läs mer

Samverkan för lönsamhet och miljönytta i gårdsbaserad biogasproduktion
Richard Ferguson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: V1246021 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 9 oktober 2015

The aim in this study is to investigate Swedish farmers’ experiences with collaborative initiatives in farm-based biogas production. Analysis will focus on identifying the effects of different forms of collaboration on the biogas venture and farm firm profitability, environmental impacts, and …

Läs mer

Odlargenererade kunskapssystem och lärgemenskaper – ett sätt att identifiera och nå outnyttjade potentialer
Robert Olsson, Nordic Beet Research foundation

Projektnummer: H1044083 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 6 oktober 2015

Främsta syftet var att hitta nya databaserade metoder att öka odlarens medvetenhet kring utfallet i egen odling och motivationen att bli bättre. Vidare att underlätta förmedlingen av kunskap både mellan odlare och från odlare in i forskning o försök.
Odlingsdata samlades in från sockerbetsodlare. …

Läs mer

Spädgrisdiarré -Ett nygammalt och allvarligt problem i moderna grisbesättningar.
Magdalena Jacobson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1050154 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 2 oktober 2015

Spädgrisdiarré förknippas vanligen med specifika kolibakterier, men utvecklandet av effektiva vaccin har minskat förekomsten. På senare år har dock rapporterats att spädgrisdiarré återigen blivit ett allt vanligare problem. Drabbade besättningar har ofta en hög och effektiv produktion och en god …

Läs mer

Web-baserad försöksrapport för Sverigeförsöken
Per-Göran Andersson, Hushållningssällskapet Malmöhus

Projektnummer: H1260176 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 2 oktober 2015

The aim of the project is to perform a common national web-based solution for the coordination of presentation of results of field trials for the regions; Skåneförsöken, Animaliebältet och Mellansvenska försökssamarbetet. The work is scheduled to start in autumn 2012 for the coordination of the …

Läs mer

Kartläggning av resistens mot svartpricksjuka i vete och interaktioner med odlingsmiljön
Annika Djurle, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1033263 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 1 oktober 2015

Den genetiska diversiteten hos Zymoseptoria tritici, som orsakar svartpricksjuka i vete, och dess variation mellan sort, plats och år undersöktes under 2011-2014. Bakgrunden var observationer av att sorter visat bättre resistens vid introduktion än efter en tid i odling. Angrepp graderades i …

Läs mer

Snabb och säker detektion av Fusarim langsethiae med ”Loop-Mediated Isothermal Amplification” metod
Zahra Omer, HS Konsult AB

Projektnummer: H1333237 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 1 oktober 2015

Fusarium langsethiae produces the mycotoxins T2 & HT-2 in oat. The occurrence of this fungus is usually overlooked by conventional filter paper method since healthy looking seeds can be still infected. Development of a fast, cheap and reliable method for detection of this pathogen in seed, soil or …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress