Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Prognos av växtsjukdomar baserad på molekylära metoder och sporfällor

Status: Avslutat
Projektnummer: H1233053
Kategori: Forskningsprogram | Växtodling
Ansökningsår: 2012
Datum för slutrapport: 30 december 2016
Huvudsökande: Jonathan Yuen
Organisation: Sveriges lantbruksuniversitet, SLU
E-postadress: Jonathan.Yuen@mykopat.slu.se
Telefon: 018 672369
Medsökande: Anna Berlin
Beviljade medel: 2 130 000 SEK

The goal of this project is to determine the best method for detection of plant pathogens from different types of spore traps, as well as to determine which species are present during different time periods, and to relate the information to disease development in the field. Several pathogens are spread by wind. By gathering material from the air with 3 types of traps, the general fungal flora in the air will be studied as well as specific plant pathogens (Puccinia spp., Phytophthora infestans). This will indicate which pathogens are air-borne and can spread to host plants. A comparison of different types of traps is important since it is important that the trap collects representative material for analysis, which is important for the development of predictive systems. Information will be used to develop such predictive systems primarily for rust. Such predictive systems are an important component in the implementation of the EU directive on sustainable use of pesticides and IPM.

Syftet med studien är att undersöka vilken metod som är lämpligast för detektion av växtpatogener från olika typer av sporfällor samt under vilka perioder olika arter finns i luften och relatera information från sporfällorna till utvecklingen av respektive sjukdom i fält. Flera växtpatogener sprids via luft och vind. Genom att samla in material från luften med hjälp av tre typer av fällor, studeras den generella svampfloran i luften samt specifika växtpatogener (Puccinia spp, Phytophthora infestans). Detta ger svar på när olika patogener är luftburna och kan spridas till värdväxter. En jämförelse mellan olika sporfällor är viktig då fällan måste samla in ett representativt prov för analys, vilket är nödvändigt om metoden ska kunna användas i prognossyfte. Informationen användas för utveckling av prognosmodeller för framförallt rostsjukdomar. Sådan prognos är en viktig komponent i implementeringen av direktivet om hållbar användning av bekämpningsmedel och integrerat växtskydd.

Prover samlades in under två växtsäsonger på flera platser i södra Sverige med hjälp av fyra olika typer av sporfällor. Från proverna extraherades DNA och svampsamhället detekterades. Både enskilda arter och samhällets struktur analyseras. Resultat visar att olika typer av sporfällor fångar olika svampsamhällen. Sporfällans placering är viktig att beakta, eftersom högt placerade fällor samlar in den generella svampfloran i ett område medan lågt placerade fällor samlar in den specifika svampfloran där den är placerad. Vi visar också att valet av sekvenseringsmetod påverkar resultatet, därför använde vi oss både av Illumina MiSeq och Pac Bio RS II för att undersöka sporfälleproverna. Resultat från projektet har skapat en robust bas för framtida arbete inom övervakning och molekylär detektion av växtpatogener.

Projektet har skapat en bred kunskapsbas för vidare anpassning av sporfällors användning för övervakning av växtpatogena svampar. Vi har både undersökt olika typer av fällor och vilka arters som kan detekteras med hjälp av de olika fällorna, och betydelsen av fällornas placering. Dessutom har den molekylära detektionsmetoden baserat på ”barcoding” av alla svampar i ett prov utvärderats.

Våra resultat visar att:
• Val av sporfälletyp påverkar vilka svampar som fångas
• Sporfällans placering är viktig att beakta
• Sekvenseringsmetoden kan påverka vilka arter som detekteras

Sporer har veckovis samlats in med hjälp av fyra olika typer av sporfällor, två aktiva (joniserande och Hirst-fällor) och två passiva (tratt eller JB-fällan och filterpapper). Från varje prov har DNA extraherats och svamp detekteras baserat på samhällsanalys av svampsamhället.

Eftersom 454/pyrosekvenserings maskinerna inte längre tillverkas, testade vi vilka av de tre andra sekvenseringsmetoderna som är lämpliga att använda för svampsamhällen.

Sekvenserna analyseras i SCATA och andra liknande pipe-lines för att klustra sekvenserna. Vi letar både efter enskilda, specifika sjukdomsalstrande arter, och efter mönster i svampsamhällets struktur för att öka förståelsen för vilka faktorer som är viktiga för sjukdomsutveckling. Arbetet kommer att fortsätta med att jämföra dessa resultat med vad som verkligen hände i fält.

 

Antal träffar i projektbanken: 1528

Effekt av Genetisk och Fenotypisk Variation i Puccinia striiformis på gulrostens epidemiologi i Sverige
Jonathan Yuen, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: V1133036 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 27 april 2016

Puccinia striiformis causes yellow rust on grasses including wheat, rye, and triticale. Samples of the pathogen were taken in 2012 (353 total) and 2015 (162) and analysed with microsatellite markers (15 in 2012 and 16 in 2015). Race analyses were also undertaken on samples from the same fields in …

Läs mer

Marknadsföring och marknadsskapande av ekologisk produktion och konsumtion
Susanne Sweet, Handelshögskolan i Stockholm

Projektnummer: H0731009 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 18 april 2016

Målet med denna forskningsstudie är att undersöka aktörsnätverk som antingen möjliggör eller förhindrar grön matkonsumtion med syftet att synliggöra hur grön matkonsumtion produceras. Grunden för studien utgörs av empiriska fallstudier av olika aktörer och aktiviteter inom restaurang och …

Läs mer

Lustgasemission från odling på lerjordar; med en systemanalys över de svenska lustgasemissionerna. /FoU
Leif Klemedtsson, Göteborgs Universitet

Projektnummer: 0248006 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 15 april 2016

Emissionerna av lustgas (N2O) var låga från Lanna, väl under 1 kg ha-1 år-1, och i samma storleksordning som för Logården (Västra Götaland). Emissionerna var därmed inte högre än i övriga EU, snarare lägre, detta än för IPCC-metoden. Det var inga skillnader i emissionerna mellan olika spannmålsslag …

Läs mer

Det tidiga immunsvaret mot nötkreaturens lungmask, Dictyocaulus viviparus
Anna Lundén, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: V1330011 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 31 mars 2016

The cattle lungworm, Dictyocaulus viviparus, can cause severe disease in grazing animals. Since problems caused by the infection tend to increase in both young and adult cattle, new control methods are needed. Repeated infections induce protective immunity, but the mechanisms involved are poorly …

Läs mer

Tekniska och ekonomiska förutsättningar för koncentrering av flytgödsel på gårdsnivå
Erik Sindhöj, JTI Institutet för jordbruks- och miljöteknik AB

Projektnummer: H1346155 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 31 mars 2016

Liquid manure contains valuable nutrients, but high water contents and low nutrient concentrations increases the cost of storage, transport and spreading so that its value becomes negative even when spreading only a few kilometers from the farm center. Technology that reduces slurry volume and …

Läs mer

Pollinering i jordbruksgrödor
Riccardo Bommarco, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: V1133010 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 21 mars 2016

Vi undersökte insektspollineringens betydelse för höstrapsskörden i två typer av experiment, ett landskapsexperiment i Sverige och ett burförsök i Italien. Vi såg att skörden ökade med 11 % när honungsbin placerades ut i skånska höstrapsfält, men bara i linjesorter. I motsats till förväntningen att …

Läs mer

'Biologisk leddbehandling' - cytokinprofil i Autolog Kondisjonert Serum (AKS)
Cathrine Fjordbakk, Norges veterinærhøgskole

Projektnummer: H1247030 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 17 mars 2016

Autologous Conditioned Serum (ACS) is a new form for therapy for joint disease commonly used in equine practice. ACS is derived from the patient’s own blood, by stimulating leukocytes into producing anti-inflammatory cytokines and growth factors. The resultant cytokine-rich serum is injected into …

Läs mer

Lantbruket som fjärrvärmeproducent – möjliga affärsmodeller, tekniska system och miljönytta vid ett införande av tredjepartstillträde (TPA)
Cecilia Sundberg, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1140229 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 14 mars 2016

I projektet undersöktes olika sätt för lantbruksföretag att leverera värme till fjärrvärmenät ägda av andra. Ny lagstiftning har förbättrat förutsättningarna för detta, även om den nya lagstiftningen inte blev så fördelaktig som ursprungligen föreslogs. Leverans av värme från förbränning av …

Läs mer

Upptag och fastläggning av fosfor i långliggande kalk- och fosforförsök: kalkning som produktions- och miljöåtgärd
Magnus Simonsson, SLU

Projektnummer: H1133140 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 29 februari 2016

Kalkning med produkter som innehåller släckt kalk tillämpas ofta för att minska förlusten av fosfor (P) till ytvatten med jordpartiklar som eroderats från jordbruksmark. Fyra svenska långliggande fältförsök med olika kalk- och P-gödselgivor utvärderades för att bedöma om kalkning kan hämma …

Läs mer

Förekomst och påverkan av Verticillium och Rhizomania på sockerbetor i Sverige
Åsa Olsson, Nordic Beet Research foundation

Projektnummer: H1144056 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 29 februari 2016

Vissnesjuka i sockerbetor undersöktes under åren 2012-2014. Plantor, jord och svampisolat från 152 sockerbetsfält analyserades med molekylär och traditionell teknik. Analys på rotprov från biotest och på vissnande blast i fält med qPCR visade att 13 % av provytorna var infekterade med Verticillium …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress