Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Prognos av växtsjukdomar baserad på molekylära metoder och sporfällor

Status: Avslutat
Projektnummer: H1233053
Kategori: Forskningsprogram | Växtodling
Ansökningsår: 2012
Datum för slutrapport: 30 december 2016
Huvudsökande: Jonathan Yuen
Organisation: Sveriges lantbruksuniversitet, SLU
E-postadress: Jonathan.Yuen@mykopat.slu.se
Telefon: 018 672369
Medsökande: Anna Berlin
Beviljade medel: 2 130 000 SEK

The goal of this project is to determine the best method for detection of plant pathogens from different types of spore traps, as well as to determine which species are present during different time periods, and to relate the information to disease development in the field. Several pathogens are spread by wind. By gathering material from the air with 3 types of traps, the general fungal flora in the air will be studied as well as specific plant pathogens (Puccinia spp., Phytophthora infestans). This will indicate which pathogens are air-borne and can spread to host plants. A comparison of different types of traps is important since it is important that the trap collects representative material for analysis, which is important for the development of predictive systems. Information will be used to develop such predictive systems primarily for rust. Such predictive systems are an important component in the implementation of the EU directive on sustainable use of pesticides and IPM.

Syftet med studien är att undersöka vilken metod som är lämpligast för detektion av växtpatogener från olika typer av sporfällor samt under vilka perioder olika arter finns i luften och relatera information från sporfällorna till utvecklingen av respektive sjukdom i fält. Flera växtpatogener sprids via luft och vind. Genom att samla in material från luften med hjälp av tre typer av fällor, studeras den generella svampfloran i luften samt specifika växtpatogener (Puccinia spp, Phytophthora infestans). Detta ger svar på när olika patogener är luftburna och kan spridas till värdväxter. En jämförelse mellan olika sporfällor är viktig då fällan måste samla in ett representativt prov för analys, vilket är nödvändigt om metoden ska kunna användas i prognossyfte. Informationen användas för utveckling av prognosmodeller för framförallt rostsjukdomar. Sådan prognos är en viktig komponent i implementeringen av direktivet om hållbar användning av bekämpningsmedel och integrerat växtskydd.

Prover samlades in under två växtsäsonger på flera platser i södra Sverige med hjälp av fyra olika typer av sporfällor. Från proverna extraherades DNA och svampsamhället detekterades. Både enskilda arter och samhällets struktur analyseras. Resultat visar att olika typer av sporfällor fångar olika svampsamhällen. Sporfällans placering är viktig att beakta, eftersom högt placerade fällor samlar in den generella svampfloran i ett område medan lågt placerade fällor samlar in den specifika svampfloran där den är placerad. Vi visar också att valet av sekvenseringsmetod påverkar resultatet, därför använde vi oss både av Illumina MiSeq och Pac Bio RS II för att undersöka sporfälleproverna. Resultat från projektet har skapat en robust bas för framtida arbete inom övervakning och molekylär detektion av växtpatogener.

Projektet har skapat en bred kunskapsbas för vidare anpassning av sporfällors användning för övervakning av växtpatogena svampar. Vi har både undersökt olika typer av fällor och vilka arters som kan detekteras med hjälp av de olika fällorna, och betydelsen av fällornas placering. Dessutom har den molekylära detektionsmetoden baserat på ”barcoding” av alla svampar i ett prov utvärderats.

Våra resultat visar att:
• Val av sporfälletyp påverkar vilka svampar som fångas
• Sporfällans placering är viktig att beakta
• Sekvenseringsmetoden kan påverka vilka arter som detekteras

Sporer har veckovis samlats in med hjälp av fyra olika typer av sporfällor, två aktiva (joniserande och Hirst-fällor) och två passiva (tratt eller JB-fällan och filterpapper). Från varje prov har DNA extraherats och svamp detekteras baserat på samhällsanalys av svampsamhället.

Eftersom 454/pyrosekvenserings maskinerna inte längre tillverkas, testade vi vilka av de tre andra sekvenseringsmetoderna som är lämpliga att använda för svampsamhällen.

Sekvenserna analyseras i SCATA och andra liknande pipe-lines för att klustra sekvenserna. Vi letar både efter enskilda, specifika sjukdomsalstrande arter, och efter mönster i svampsamhällets struktur för att öka förståelsen för vilka faktorer som är viktiga för sjukdomsutveckling. Arbetet kommer att fortsätta med att jämföra dessa resultat med vad som verkligen hände i fält.

 

Antal träffar i projektbanken: 1528

Mugg och rasp på dölehästar och nordsvenska brukshästar: förekomst, diagnostik och behandling
Giulio Grandi, Statens Veterinärmedicinska Anstalt

Projektnummer: R-17-47-196 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2017

Pastern-cannon bone dermatitis (PCBD) is a collective name for an inflammation of the skin on the lower parts of horse legs. Breeds with heavy feathered legs especially tend to contract this disease. The aim of this Swedish – Norwegian study is to improve the possibilities of successfully …

Läs mer

Rörflen till komposittillämpningar
Peter Mannberg,

Projektnummer: O-15-22-345 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2015

Energi & biomassa

The project goal is to demonstrate the technical feasibility for a production chain for composite applications based or reed canary grass. New business opportunities for agriculture will be evaluated and promoted. The project will use red canary grass as a constituent in biobased composite …

Läs mer

Säkrare etablering av våroljeväxter med grund bearbetning på våren
Johan Arvidsson, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: H1333180 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2013

Plant establishment is very critical for spring oilseed rape, especially under dry conditions on clay soils. With conventional tillage, the soil drying process in the spring gives little plant available water in the seedbed for small-grained seeds with shallow sowing depth. Alternatively, soil …

Läs mer

Utökad samhällsekonomisk modell för hästnäringen: Hur konsumtionen varierar över region och hästtyp
Tobias Heldt, Högskolan Dalarna

Projektnummer: H-16-47-195 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2016

The overall research question for this project can be stated as: How do the regional economic effects of the horse industry look like and how does the horse related consumption differ depending on type of horse? Method wise, interviews and questionnaires are used to collect new data to estimate …

Läs mer

Fasta körspår – skördepotential och effekt på markstruktur
Anna-Karin Krijger, Hushållningssällskapet Skaraborg

Projektnummer: H1160111 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2011

Sammanfattning saknas

Läs mer

Hur påverkas juverhälsan hos svenska mjölkkor vid infektion med olika arter av koagulasnegativa stafylokocker?
Ann Nyman, Statens Veterinärmedicinska Anstalt

Projektnummer: V1430007 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2014

The second most common finding at a case of subclinical mastitis in dairy cows in Sweden is coagulase negative staphylococci (CNS). Subclinical mastitis causes an increase in somatic cell count which can lead to reduced milk production and early culling. In many countries, CNS the most common …

Läs mer

Bättre utnyttjande av skördepotentialen i vårraps
Lena Engström, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1333148 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2013

The number of hybrid cultivars of spring oilseed rape have increased recently but it is not clear whether their yield potential is reached and nitrogen fertilisation is optimal. Nine field trials will be performed 2014-2016 where the optimal N need and yield potential is determined. The aim is also …

Läs mer

Fasta körspår – skördepotential och effekt på markstruktur
Lena Holm, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: H1233176 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2012

Today's large and heavy equipment causes soil compaction, which can be minimized by concentrating all traffic to specific locations in the field. The concept is called Controlled Traffic Farming (CTF). Today there is also a strong trend to reduce the cultivation intensity. CTF reduces the need for …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress