Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Prognos av växtsjukdomar baserad på molekylära metoder och sporfällor

Status: Avslutat
Projektnummer: H1233053
Kategori: Forskningsprogram | Växtodling
Ansökningsår: 2012
Datum för slutrapport: 30 december 2016
Huvudsökande: Jonathan Yuen
Organisation: Sveriges lantbruksuniversitet, SLU
E-postadress: Jonathan.Yuen@mykopat.slu.se
Telefon: 018 672369
Medsökande: Anna Berlin
Beviljade medel: 2 130 000 SEK

The goal of this project is to determine the best method for detection of plant pathogens from different types of spore traps, as well as to determine which species are present during different time periods, and to relate the information to disease development in the field. Several pathogens are spread by wind. By gathering material from the air with 3 types of traps, the general fungal flora in the air will be studied as well as specific plant pathogens (Puccinia spp., Phytophthora infestans). This will indicate which pathogens are air-borne and can spread to host plants. A comparison of different types of traps is important since it is important that the trap collects representative material for analysis, which is important for the development of predictive systems. Information will be used to develop such predictive systems primarily for rust. Such predictive systems are an important component in the implementation of the EU directive on sustainable use of pesticides and IPM.

Syftet med studien är att undersöka vilken metod som är lämpligast för detektion av växtpatogener från olika typer av sporfällor samt under vilka perioder olika arter finns i luften och relatera information från sporfällorna till utvecklingen av respektive sjukdom i fält. Flera växtpatogener sprids via luft och vind. Genom att samla in material från luften med hjälp av tre typer av fällor, studeras den generella svampfloran i luften samt specifika växtpatogener (Puccinia spp, Phytophthora infestans). Detta ger svar på när olika patogener är luftburna och kan spridas till värdväxter. En jämförelse mellan olika sporfällor är viktig då fällan måste samla in ett representativt prov för analys, vilket är nödvändigt om metoden ska kunna användas i prognossyfte. Informationen användas för utveckling av prognosmodeller för framförallt rostsjukdomar. Sådan prognos är en viktig komponent i implementeringen av direktivet om hållbar användning av bekämpningsmedel och integrerat växtskydd.

Prover samlades in under två växtsäsonger på flera platser i södra Sverige med hjälp av fyra olika typer av sporfällor. Från proverna extraherades DNA och svampsamhället detekterades. Både enskilda arter och samhällets struktur analyseras. Resultat visar att olika typer av sporfällor fångar olika svampsamhällen. Sporfällans placering är viktig att beakta, eftersom högt placerade fällor samlar in den generella svampfloran i ett område medan lågt placerade fällor samlar in den specifika svampfloran där den är placerad. Vi visar också att valet av sekvenseringsmetod påverkar resultatet, därför använde vi oss både av Illumina MiSeq och Pac Bio RS II för att undersöka sporfälleproverna. Resultat från projektet har skapat en robust bas för framtida arbete inom övervakning och molekylär detektion av växtpatogener.

Projektet har skapat en bred kunskapsbas för vidare anpassning av sporfällors användning för övervakning av växtpatogena svampar. Vi har både undersökt olika typer av fällor och vilka arters som kan detekteras med hjälp av de olika fällorna, och betydelsen av fällornas placering. Dessutom har den molekylära detektionsmetoden baserat på ”barcoding” av alla svampar i ett prov utvärderats.

Våra resultat visar att:
• Val av sporfälletyp påverkar vilka svampar som fångas
• Sporfällans placering är viktig att beakta
• Sekvenseringsmetoden kan påverka vilka arter som detekteras

Sporer har veckovis samlats in med hjälp av fyra olika typer av sporfällor, två aktiva (joniserande och Hirst-fällor) och två passiva (tratt eller JB-fällan och filterpapper). Från varje prov har DNA extraherats och svamp detekteras baserat på samhällsanalys av svampsamhället.

Eftersom 454/pyrosekvenserings maskinerna inte längre tillverkas, testade vi vilka av de tre andra sekvenseringsmetoderna som är lämpliga att använda för svampsamhällen.

Sekvenserna analyseras i SCATA och andra liknande pipe-lines för att klustra sekvenserna. Vi letar både efter enskilda, specifika sjukdomsalstrande arter, och efter mönster i svampsamhällets struktur för att öka förståelsen för vilka faktorer som är viktiga för sjukdomsutveckling. Arbetet kommer att fortsätta med att jämföra dessa resultat med vad som verkligen hände i fält.

 

Antal träffar i projektbanken: 1580

Basfinansiering av den regionala fältförsöksverksamheten (Sverigeförsöken) 2017
Anna-Karin Krijger, Hushållningssällskapets förbund

Projektnummer: S-16-60-619 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 15 februari 2018

A safe and well documented decisionmaking is necessary to achieve the best economic and environmental performance for Swedish agriculture and farmers. In this work, experiments, research and development have an important function and the regional field trials is a very important part in this …

Läs mer

Basfinansiering av den regionala fältförsöksverksamheten (Sverigeförsöken) 2017
Anna-Karin Krijger, Hushållningssällskapets förbund

Projektnummer: S-16-60-624 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 14 februari 2018

A safe and well documented decisionmaking is necessary to achieve the best economic and environmental performance for Swedish agriculture and farmers. In this work, experiments, research and development have an important function and the regional field trials is a very important part in this …

Läs mer

Basfinansiering av den regionala fältförsöksverksamheten (Sverigeförsöken) 2017
Anna-Karin Krijger, Hushållningssällskapets förbund

Projektnummer: S-16-60-620 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 14 februari 2018

A safe and well documented decisionmaking is necessary to achieve the best economic and environmental performance for Swedish agriculture and farmers. In this work, experiments, research and development have an important function and the regional field trials is a very important part in this …

Läs mer

Basfinansiering av den regionala fältförsöksverksamheten (Sverigeförsöken) 2017
Anna-Karin Krijger, Hushållningssällskapets förbund

Projektnummer: S-16-60-622 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 13 februari 2018

A safe and well documented decisionmaking is necessary to achieve the best economic and environmental performance for Swedish agriculture and farmers. In this work, experiments, research and development have an important function and the regional field trials is a very important part in this …

Läs mer

Ökad produktivitet i växtföljden genom kalkning – effekt på sockerbetor
Åsa Olsson, Nordic Beet Research foundation

Projektnummer: H1344085 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 11 februari 2018

Liming has in a recent study at NBR showed to be an important tool to increase the productivity of sugar beet also on soils with sufficient pH. The aim of this project is to verify the results in sugar beet and to further elucidate the factors involved in the yield increase. Several factors, e g …

Läs mer

Nya rön om kalkning för högre skördar i sockerbetor
Åsa Olsson, Nordic Beet Research foundation

Projektnummer: H1344057 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 11 februari 2018

Recent results from research at NBR indicate that application of lime on soils with a pH higher than 7,0 increases sugar yield significantly. In this proposed project we want to go further and investigate the long-term effects of lime in the existing field experiments. An important question is …

Läs mer

Kompensatoriska hältmekanismer hos kliniskt halta hästar- är hästen halt på ett eller flera ben?
Marie Rhodin, Sveriges Lantbruksuniversitet

Projektnummer: H-14-47-013 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 7 februari 2018

The veterinarian evaluates the motion pattern of the horse visually to decide which limb is lame. When a horse unloads a limb due to pain a compensatory lameness can be seen in another limb which can be interpreted as lameness by mistake. This could be a very big problem if the wrong limb is …

Läs mer

Effektivt utnyttjande av flytgödsel och rötrest – on-lineanalys av gödselkvalitén som möjliggör anpassad gödsling
Bo Stenberg, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1333211 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 26 januari 2018

The objective of the project is on-line measurement of the nutrient content in sludge and bioslurry by near infrared spectroscopy, either during deployment or during loading of the spreader. It is also an objective to recommend which is the best of these options by deriving the variation at the …

Läs mer

Kortare sintid – inverkan på mjölkavkastning, djurhälsa och fertilitet samt mjölkens sammanfattning och kvalitet
Kjell Holtenius, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1130087 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 25 januari 2018

Sintiden är viktig för kons hälsa och prestationer under den kommande laktationen. I detta projekt har vi undersökt om det är fördelaktigt att minska sintiden från 8 veckor ned till 4 veckor. I ett försök med 77 mjölkkor, som representerade de två i Sverige dominerande raserna Svensk Holstein …

Läs mer

Rörelseasymmetrier i ridhästpopulationen - biologisk variation eller hälta?
Marie Rhodin, SLU

Projektnummer: H1347029 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 19 januari 2018

Many horses in regular training/competing have an asymmetric motion pattern to a similar degree as horses examined for lameness. To what extent these asymmetries are caused by pain is unknown and might be a potential welfare problem for the horse. The aim is to investigate movement asymmetries in …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress