Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Prognos av växtsjukdomar baserad på molekylära metoder och sporfällor

Status: Avslutat
Projektnummer: H1233053
Kategori: Forskningsprogram | Växtodling
Ansökningsår: 2012
Datum för slutrapport: 30 december 2016
Huvudsökande: Jonathan Yuen
Organisation: Sveriges lantbruksuniversitet, SLU
E-postadress: Jonathan.Yuen@mykopat.slu.se
Telefon: 018 672369
Medsökande: Anna Berlin
Beviljade medel: 2 130 000 SEK

The goal of this project is to determine the best method for detection of plant pathogens from different types of spore traps, as well as to determine which species are present during different time periods, and to relate the information to disease development in the field. Several pathogens are spread by wind. By gathering material from the air with 3 types of traps, the general fungal flora in the air will be studied as well as specific plant pathogens (Puccinia spp., Phytophthora infestans). This will indicate which pathogens are air-borne and can spread to host plants. A comparison of different types of traps is important since it is important that the trap collects representative material for analysis, which is important for the development of predictive systems. Information will be used to develop such predictive systems primarily for rust. Such predictive systems are an important component in the implementation of the EU directive on sustainable use of pesticides and IPM.

Syftet med studien är att undersöka vilken metod som är lämpligast för detektion av växtpatogener från olika typer av sporfällor samt under vilka perioder olika arter finns i luften och relatera information från sporfällorna till utvecklingen av respektive sjukdom i fält. Flera växtpatogener sprids via luft och vind. Genom att samla in material från luften med hjälp av tre typer av fällor, studeras den generella svampfloran i luften samt specifika växtpatogener (Puccinia spp, Phytophthora infestans). Detta ger svar på när olika patogener är luftburna och kan spridas till värdväxter. En jämförelse mellan olika sporfällor är viktig då fällan måste samla in ett representativt prov för analys, vilket är nödvändigt om metoden ska kunna användas i prognossyfte. Informationen användas för utveckling av prognosmodeller för framförallt rostsjukdomar. Sådan prognos är en viktig komponent i implementeringen av direktivet om hållbar användning av bekämpningsmedel och integrerat växtskydd.

Prover samlades in under två växtsäsonger på flera platser i södra Sverige med hjälp av fyra olika typer av sporfällor. Från proverna extraherades DNA och svampsamhället detekterades. Både enskilda arter och samhällets struktur analyseras. Resultat visar att olika typer av sporfällor fångar olika svampsamhällen. Sporfällans placering är viktig att beakta, eftersom högt placerade fällor samlar in den generella svampfloran i ett område medan lågt placerade fällor samlar in den specifika svampfloran där den är placerad. Vi visar också att valet av sekvenseringsmetod påverkar resultatet, därför använde vi oss både av Illumina MiSeq och Pac Bio RS II för att undersöka sporfälleproverna. Resultat från projektet har skapat en robust bas för framtida arbete inom övervakning och molekylär detektion av växtpatogener.

Projektet har skapat en bred kunskapsbas för vidare anpassning av sporfällors användning för övervakning av växtpatogena svampar. Vi har både undersökt olika typer av fällor och vilka arters som kan detekteras med hjälp av de olika fällorna, och betydelsen av fällornas placering. Dessutom har den molekylära detektionsmetoden baserat på ”barcoding” av alla svampar i ett prov utvärderats.

Våra resultat visar att:
• Val av sporfälletyp påverkar vilka svampar som fångas
• Sporfällans placering är viktig att beakta
• Sekvenseringsmetoden kan påverka vilka arter som detekteras

Sporer har veckovis samlats in med hjälp av fyra olika typer av sporfällor, två aktiva (joniserande och Hirst-fällor) och två passiva (tratt eller JB-fällan och filterpapper). Från varje prov har DNA extraherats och svamp detekteras baserat på samhällsanalys av svampsamhället.

Eftersom 454/pyrosekvenserings maskinerna inte längre tillverkas, testade vi vilka av de tre andra sekvenseringsmetoderna som är lämpliga att använda för svampsamhällen.

Sekvenserna analyseras i SCATA och andra liknande pipe-lines för att klustra sekvenserna. Vi letar både efter enskilda, specifika sjukdomsalstrande arter, och efter mönster i svampsamhällets struktur för att öka förståelsen för vilka faktorer som är viktiga för sjukdomsutveckling. Arbetet kommer att fortsätta med att jämföra dessa resultat med vad som verkligen hände i fält.

 

Antal träffar i projektbanken: 1528

Kan klövspaltsinflammation hos mjölkkor framgångsrikt behandlas med lokalt administrerat penicillin?
Ylva Persson, Statens Veterinärmedicinska Anstalt

Projektnummer: V1330024 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2013

The aim of this study is to evaluate if local treatment with penicillin of interdigital phlegmon in dairy cows is as efficient as intramuscular treatment with penicillin. Interdigital phlegmona is a common disease in dairy cows. The standard treatment is often intramuscular injection with …

Läs mer

3D-kamera för bestämning av markens ytstruktur, främst såbäddsegenskaper
Johan Arvidsson, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: H1333186 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2013

The soil microrelief has strong implications for plant growth, especially the conditions for germination and establishment. The aggregate size distribution is the most important tillage outcome, and is usually determined by sieving. In 2013 a 3D-camera was tested in an ongoing project with very …

Läs mer

Kalks effekt på kryptosporidier och kalvhälsa - ett fältförsök
Camilla Björkman, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: V1430019 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2014

The aim of the study is to investigate if treatment of calf pens with slaked lime will prevent spread of C. parvum and improve the calf health in herds with C. parvum associated diarrhea problems. Diarrhea is common in young dairy calves in Sweden and is often caused by C. parvum. The parasite is …

Läs mer

Insulinkänslighet och insulinsignalering efter viktminskning hos hästar med metabolt syndrom - en möjlighet att förstå mekanismerna bakom insulinresistens och fång
Johan Bröjer, SLU

Projektnummer: H1347212 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2013

Equine metabolic syndrome (EMS) is a commonly recognized condition in horses. EMS is characterized by obesity, insulin resistance (IR), increased risk for laminitis as well as abnormalities in glucose and fat metabolism.

The purpose of the study is to determine abnormalities in the intracellular …

Läs mer

Successiv utveckling av hållbara odlingssystem i långliggande grönsaksförsök
Anita Gunnarsson, Hushållningssällskapet, Kristianstad

Projektnummer: H1256181 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 1 november 2017

Research with multiple cropping systems in parallel increases the potential for knowledge transfer from organic to conventional systems, and vice versa. In this project, whose aim is to develop cropping systems towards greater sustainability, we work on long-term trials that have a unique …

Läs mer

Studie över naturliga fienders roll vid bekämpning av bladlöss och sköldlöss i äppelodlingar samt odlingsteknikens inverkan på den naturliga regleringen av skadeinsekter
mario porcel, SLU

Projektnummer: H1256150 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 26 oktober 2017

Through this project we intent to provide information on the state of the ecosystem service provided by natural enemies through the regulation of several relevant pests in Swedish apple orchards: The woolly apple aphid (Eriosoma lanigerum), the mussel scale (Lepidosaphes ulmi) and the rosy apple …

Läs mer

Kombinationer av sort och behandlingar mot torrfläcksjuka i potatis samt studier av strobilurin-resistens i Alternaria solani
Erland Liljeroth, SLU

Projektnummer: H1342054 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 12 oktober 2017

One aim of the project is to investigate if early blight can be controlled with lower amounts of fungicides in potato cultivar with partial resistance to Alternaria solani. A less intensive treatment program on resistant cultivars provides both environmental and economic gains, in line with the EU …

Läs mer

Utveckling av färskskördad åkerböna/bondböna till den svenska och internationella marknaden
Fredrik Fogelberg, JTI - Instiutet för jordbruks- och miljöteknik

Projektnummer: S-15-56-596 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 9 oktober 2017

In cooperation with two industrial partners (Toppfrys AB and Kalmar Öland Trädgårdsprodukter ek för, KÖTP), the projects studies the possibility to produce fresh frozen horse beans / broad beans for Swedish as well as the export market. The project studies 5-7 bean varieties and optimum harvest …

Läs mer

Integrerat växtskydd mot jordloppor i vårraps
Riccardo Bommarco, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: V1433001 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 2 oktober 2017

Attacks by flee beetles is a major threat to the cultivation of spring oilseed rape in Sweden. The situation is especially problematic since seed treatments with neonicotinoid insecticides has been banned, and this has been the main control method against flee beetles in spring oilseed rape. We …

Läs mer

Åkerböna till gris i konventionell och ekologisk produktion - egenskaper och användbarhet hos olika sorter
Maria Neil, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1350188 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 22 september 2017

Our dependence on imported soy has recently become an issue. Faba beans may at least partly replace the soy. This is important for conventional as well as for organic production. The white-flowered cultivars are recommended for pig diets. The colour-flowered cultivars have better yields and …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress