Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Prognos av växtsjukdomar baserad på molekylära metoder och sporfällor

Status: Avslutat
Projektnummer: H1233053
Kategori: Forskningsprogram | Växtodling
Ansökningsår: 2012
Datum för slutrapport: 30 december 2016
Huvudsökande: Jonathan Yuen
Organisation: Sveriges lantbruksuniversitet, SLU
E-postadress: Jonathan.Yuen@mykopat.slu.se
Telefon: 018 672369
Medsökande: Anna Berlin
Beviljade medel: 2 130 000 SEK

The goal of this project is to determine the best method for detection of plant pathogens from different types of spore traps, as well as to determine which species are present during different time periods, and to relate the information to disease development in the field. Several pathogens are spread by wind. By gathering material from the air with 3 types of traps, the general fungal flora in the air will be studied as well as specific plant pathogens (Puccinia spp., Phytophthora infestans). This will indicate which pathogens are air-borne and can spread to host plants. A comparison of different types of traps is important since it is important that the trap collects representative material for analysis, which is important for the development of predictive systems. Information will be used to develop such predictive systems primarily for rust. Such predictive systems are an important component in the implementation of the EU directive on sustainable use of pesticides and IPM.

Syftet med studien är att undersöka vilken metod som är lämpligast för detektion av växtpatogener från olika typer av sporfällor samt under vilka perioder olika arter finns i luften och relatera information från sporfällorna till utvecklingen av respektive sjukdom i fält. Flera växtpatogener sprids via luft och vind. Genom att samla in material från luften med hjälp av tre typer av fällor, studeras den generella svampfloran i luften samt specifika växtpatogener (Puccinia spp, Phytophthora infestans). Detta ger svar på när olika patogener är luftburna och kan spridas till värdväxter. En jämförelse mellan olika sporfällor är viktig då fällan måste samla in ett representativt prov för analys, vilket är nödvändigt om metoden ska kunna användas i prognossyfte. Informationen användas för utveckling av prognosmodeller för framförallt rostsjukdomar. Sådan prognos är en viktig komponent i implementeringen av direktivet om hållbar användning av bekämpningsmedel och integrerat växtskydd.

Prover samlades in under två växtsäsonger på flera platser i södra Sverige med hjälp av fyra olika typer av sporfällor. Från proverna extraherades DNA och svampsamhället detekterades. Både enskilda arter och samhällets struktur analyseras. Resultat visar att olika typer av sporfällor fångar olika svampsamhällen. Sporfällans placering är viktig att beakta, eftersom högt placerade fällor samlar in den generella svampfloran i ett område medan lågt placerade fällor samlar in den specifika svampfloran där den är placerad. Vi visar också att valet av sekvenseringsmetod påverkar resultatet, därför använde vi oss både av Illumina MiSeq och Pac Bio RS II för att undersöka sporfälleproverna. Resultat från projektet har skapat en robust bas för framtida arbete inom övervakning och molekylär detektion av växtpatogener.

Projektet har skapat en bred kunskapsbas för vidare anpassning av sporfällors användning för övervakning av växtpatogena svampar. Vi har både undersökt olika typer av fällor och vilka arters som kan detekteras med hjälp av de olika fällorna, och betydelsen av fällornas placering. Dessutom har den molekylära detektionsmetoden baserat på ”barcoding” av alla svampar i ett prov utvärderats.

Våra resultat visar att:
• Val av sporfälletyp påverkar vilka svampar som fångas
• Sporfällans placering är viktig att beakta
• Sekvenseringsmetoden kan påverka vilka arter som detekteras

Sporer har veckovis samlats in med hjälp av fyra olika typer av sporfällor, två aktiva (joniserande och Hirst-fällor) och två passiva (tratt eller JB-fällan och filterpapper). Från varje prov har DNA extraherats och svamp detekteras baserat på samhällsanalys av svampsamhället.

Eftersom 454/pyrosekvenserings maskinerna inte längre tillverkas, testade vi vilka av de tre andra sekvenseringsmetoderna som är lämpliga att använda för svampsamhällen.

Sekvenserna analyseras i SCATA och andra liknande pipe-lines för att klustra sekvenserna. Vi letar både efter enskilda, specifika sjukdomsalstrande arter, och efter mönster i svampsamhällets struktur för att öka förståelsen för vilka faktorer som är viktiga för sjukdomsutveckling. Arbetet kommer att fortsätta med att jämföra dessa resultat med vad som verkligen hände i fält.

 

Antal träffar i projektbanken: 1555

Utveckling av den didaktiska processen i ridundervisning: samspelet mellan ryttare, ridlärare och häst
Charlotte Lundgren, Linköpings Universitet

Projektnummer: H1247206 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 28 augusti 2017

Riding performance is influenced by the interplay between horse and rider and success is dependent on a good interaction. In an educational context this rider-horse dyad is complemented with a riding instructor/trainer. The study aims to describe and analyse the communication between rider and …

Läs mer

Hög mjölkavkastning försämrar brunstvisningsförmågan - hur ska vi få korna dräktiga? Del II.
Britt Berglund, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: V1130050 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 23 augusti 2017

Mjölkkornas brunster blev svagare och kortare över de studerade sexton åren. Generellt så hade Svensk Röd boskap (SR), både i lösdrift och i uppbundet, högre andel lyckade dräktigheter samt starkare och längre brunster jämfört med Svenska Holstein (SH) kor. De första och mest upprepade …

Läs mer

Optimering av penicillinbehandlingar till häst för att minska resistensutveckling
Lena Olsén, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: H1347153 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 3 juli 2017

Antibiotic resistance could be impeded by choosing narrow-spectrum antibiotic and correct dosage. Penicillin has narrow spectrum, is efficient, and the most valuable antibiotic used in horses. Infectious arthritis is devastating to the horse's function, risking irreversible damage unless treated …

Läs mer

Optimering av reproduktiv effektivitet hos mjölkkor genom förbättring av spermiekvaliteten inför artificiell insemination
Jane Morrell, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1330039 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 juni 2017

The purpose of the proposed project is to improve sperm quality in bull semen doses for artificial insemination (AI), in an effort to reverse the trend towards declining fertility seen in dairy cattle worldwide. The content of reactive oxygen species (ROS) will be analysed in semen samples from …

Läs mer

Långsiktigt hållbara produktionssystem för ekologist kycklingkött – Effekt av avelsmaterial och produktionsmiljö på produktivitet, djurvälfärd och miljöbelastning
Anna Wallenbeck, SLU

Projektnummer: H1343143 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 juni 2017

The goal of this interdisciplinary research project is to contribute with knowledge to a sustainable development of organic broiler production in Sweden. With the starting point in current conditions, the project aims to analyse and manage future challenges for organic broiler producers. The aim in …

Läs mer

MALDI-TOF snabb test av bakterier i let-vätske från hästar med misstänkt let-infektion.
Pia Haubro Andersen, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1247133 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2012

Many horses with bacterial infection of a synovial structure do not survive or regain their full athletic performance. One essential prognostic factor is time from contamination until correct treatment is initiated. Proper treatment requires a microbiological diagnosis and this process takes 2 -3 …

Läs mer

Tysta smittbärare av kvarkabakterien Streptococcus equi – utökad longitudinell studie
Gittan Gröndahl, Statens Veterinärmedicinska Anstalt

Projektnummer: H1247189 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 juni 2017

Strangles, Streptococcus equi infection, is a considerable problem for the horse industry. Silent carriers cause uncontrolled spread today. In an ongoing project, “Stop the spread of strangles (…)” (H1147203), diagnostics to find silent carriers are studied and the frequency of carriers within 4 …

Läs mer

Patomorfologi och immunbiologi vid Acquired Equine Polyneuropathy (AEP); en nyckel till etiologin?
Karin Hultin Jäderlund, Norges miljø- og biovitenskaplige universitet (korrekt org nr 969159570, men det tar inte systemet))

Projektnummer: H-14-47-014 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 juni 2017

Acquired Equine Polyneuropathy (AEP) is a serious herd-related disease of the peripheral nervous system in horses. The aetiology is unclear, but an environmental, probably forage-related factor has been suggested. Unique accumulations in the perikaryon of the myelin-producing Schwann cells are …

Läs mer

Ökad hästvälfärd genom utvärdering och återkoppling
Harry Blokhuis, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1247017 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 28 juni 2017

This project develops a system to deliver feedback from horse welfare assessments to owners. The assessment protocol includes animal- and resource based measures covering aspects of health, housing, behaviour and management regimes. The feedbacksystem will present transparent and accessible …

Läs mer

Utvärdering av tränings- och tävlingsunderlag inom hoppsporten
Lars Roepstorff, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: H1247182 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 maj 2017

The role of training and competition surfaces as a cause of orthopaedic injury in equestrian disciplines has been given attention over the last years. This has led to a need for objective description of arena properties. With means from FEI, SH and other donating bodies our research group has …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress