Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Prognos av växtsjukdomar baserad på molekylära metoder och sporfällor

Status: Avslutat
Projektnummer: H1233053
Kategori: Forskningsprogram | Växtodling
Ansökningsår: 2012
Datum för slutrapport: 30 december 2016
Huvudsökande: Jonathan Yuen
Organisation: Sveriges lantbruksuniversitet, SLU
E-postadress: Jonathan.Yuen@mykopat.slu.se
Telefon: 018 672369
Medsökande: Anna Berlin
Beviljade medel: 2 130 000 SEK

The goal of this project is to determine the best method for detection of plant pathogens from different types of spore traps, as well as to determine which species are present during different time periods, and to relate the information to disease development in the field. Several pathogens are spread by wind. By gathering material from the air with 3 types of traps, the general fungal flora in the air will be studied as well as specific plant pathogens (Puccinia spp., Phytophthora infestans). This will indicate which pathogens are air-borne and can spread to host plants. A comparison of different types of traps is important since it is important that the trap collects representative material for analysis, which is important for the development of predictive systems. Information will be used to develop such predictive systems primarily for rust. Such predictive systems are an important component in the implementation of the EU directive on sustainable use of pesticides and IPM.

Syftet med studien är att undersöka vilken metod som är lämpligast för detektion av växtpatogener från olika typer av sporfällor samt under vilka perioder olika arter finns i luften och relatera information från sporfällorna till utvecklingen av respektive sjukdom i fält. Flera växtpatogener sprids via luft och vind. Genom att samla in material från luften med hjälp av tre typer av fällor, studeras den generella svampfloran i luften samt specifika växtpatogener (Puccinia spp, Phytophthora infestans). Detta ger svar på när olika patogener är luftburna och kan spridas till värdväxter. En jämförelse mellan olika sporfällor är viktig då fällan måste samla in ett representativt prov för analys, vilket är nödvändigt om metoden ska kunna användas i prognossyfte. Informationen användas för utveckling av prognosmodeller för framförallt rostsjukdomar. Sådan prognos är en viktig komponent i implementeringen av direktivet om hållbar användning av bekämpningsmedel och integrerat växtskydd.

Prover samlades in under två växtsäsonger på flera platser i södra Sverige med hjälp av fyra olika typer av sporfällor. Från proverna extraherades DNA och svampsamhället detekterades. Både enskilda arter och samhällets struktur analyseras. Resultat visar att olika typer av sporfällor fångar olika svampsamhällen. Sporfällans placering är viktig att beakta, eftersom högt placerade fällor samlar in den generella svampfloran i ett område medan lågt placerade fällor samlar in den specifika svampfloran där den är placerad. Vi visar också att valet av sekvenseringsmetod påverkar resultatet, därför använde vi oss både av Illumina MiSeq och Pac Bio RS II för att undersöka sporfälleproverna. Resultat från projektet har skapat en robust bas för framtida arbete inom övervakning och molekylär detektion av växtpatogener.

Projektet har skapat en bred kunskapsbas för vidare anpassning av sporfällors användning för övervakning av växtpatogena svampar. Vi har både undersökt olika typer av fällor och vilka arters som kan detekteras med hjälp av de olika fällorna, och betydelsen av fällornas placering. Dessutom har den molekylära detektionsmetoden baserat på ”barcoding” av alla svampar i ett prov utvärderats.

Våra resultat visar att:
• Val av sporfälletyp påverkar vilka svampar som fångas
• Sporfällans placering är viktig att beakta
• Sekvenseringsmetoden kan påverka vilka arter som detekteras

Sporer har veckovis samlats in med hjälp av fyra olika typer av sporfällor, två aktiva (joniserande och Hirst-fällor) och två passiva (tratt eller JB-fällan och filterpapper). Från varje prov har DNA extraherats och svamp detekteras baserat på samhällsanalys av svampsamhället.

Eftersom 454/pyrosekvenserings maskinerna inte längre tillverkas, testade vi vilka av de tre andra sekvenseringsmetoderna som är lämpliga att använda för svampsamhällen.

Sekvenserna analyseras i SCATA och andra liknande pipe-lines för att klustra sekvenserna. Vi letar både efter enskilda, specifika sjukdomsalstrande arter, och efter mönster i svampsamhällets struktur för att öka förståelsen för vilka faktorer som är viktiga för sjukdomsutveckling. Arbetet kommer att fortsätta med att jämföra dessa resultat med vad som verkligen hände i fält.

 

Antal träffar i projektbanken: 1528

Sortblandning – ett robust odlingssystem
Velemir Ninkovic, SLU

Projektnummer: H1333072 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 11 september 2017

We will investigate the use of barley cultivar of mixtures to reduce aphid attack. Our hypothesis is that cultivar mixing mobilizes the crop’s induced resistance, reducing aphid colonisation and population growth. The aim is to contribute to the development of a robust crop production system based …

Läs mer

Ammoniak från slaktkycklingstallar – utveckling av mätmetod och uppmätning av emissioner
Sven Nimmermark, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: H1243106 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 8 september 2017

Producers of broiler chickens are forced to report emissions of ammonia due to environmental considerations. By now no data regarding emissions of ammonia from modern Swedish broiler chicken houses are available. For field measurement there is a need for a simple method for quantification of these …

Läs mer

Kontroll av skadeinsekter i klöverfröodlingar med biologiska metoder
Olle Anderbrant, Lunds Universitet

Projektnummer: H1333073 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 8 september 2017

Clover is used in agriculture for fodder and green manure and today Sweden is world leading in producing organic clover seeds. However, the yield varies heavily between years and growers, partly because of damages by clover seed weevils. Effective suppression methods are entirely missing for …

Läs mer

Producera mjölk på bara vall och spannmål - en ekologisk modell som kan vara ekonomiskt lönsam, men passar alla kor?
Rolf Spörndly, SLU

Projektnummer: H1330241 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 6 september 2017

The supply is limited and hte price is high. A feeding ration with only forage and cereal grain would be possible for on-farm production at most organic farms in Sweden. The model has been tested in short-term experiments covering the initial part of the lactation and results indicate lower milk …

Läs mer

Hög mjölkavkastning försämrar brunstvisningsförmågan - hur ska vi få korna dräktiga? Del II.
Britt Berglund, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: V1130050 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 23 augusti 2017

Mjölkkornas brunster blev svagare och kortare över de studerade sexton åren. Generellt så hade Svensk Röd boskap (SR), både i lösdrift och i uppbundet, högre andel lyckade dräktigheter samt starkare och längre brunster jämfört med Svenska Holstein (SH) kor. De första och mest upprepade …

Läs mer

Optimering av reproduktiv effektivitet hos mjölkkor genom förbättring av spermiekvaliteten inför artificiell insemination
Jane Morrell, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1330039 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 juni 2017

The purpose of the proposed project is to improve sperm quality in bull semen doses for artificial insemination (AI), in an effort to reverse the trend towards declining fertility seen in dairy cattle worldwide. The content of reactive oxygen species (ROS) will be analysed in semen samples from …

Läs mer

Långsiktigt hållbara produktionssystem för ekologist kycklingkött – Effekt av avelsmaterial och produktionsmiljö på produktivitet, djurvälfärd och miljöbelastning
Anna Wallenbeck, SLU

Projektnummer: H1343143 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 juni 2017

The goal of this interdisciplinary research project is to contribute with knowledge to a sustainable development of organic broiler production in Sweden. With the starting point in current conditions, the project aims to analyse and manage future challenges for organic broiler producers. The aim in …

Läs mer

Slutförande av projektet Effektivisering av salmonellakontrollen i svenska mjölkbesättningar
Susanna Sternberg Lewerin, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: V1430004 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 12 maj 2017

The proposed project is a completion of a SLF funded project on developing strategies for detection of salmonella, prevention of salmonella infection and increased cost-effectiveness of salmonella eradication, in Swedish dairy herds. The aim is to decrease the prevalence of salmonella in Swedish …

Läs mer

Är strukturkalkning lönsam för både lantbrukaren och miljön? Studier av de långsiktiga effekterna av strukturkalkning på markstruktur och risken för fosforförluster
Kerstin Berglund, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1233136 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 28 april 2017

The aim of this project is to evaluate long term effects of liming with burnt and slaked lime on soil structure and mitigation of phosphorus losses from arable soils. Experiences from practical use indicate that the effects on soil structure can last very long. The studies will be carried out using …

Läs mer

Utveckling av sortprovning av ensilagemajs, kvalitet och riskmanagement
Mårten Hetta, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1260158 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 10 mars 2017

Forage maize is an important forage type for dairy and beef production. Maize is different from other forages due to its physiology, large number of hybrids with variation in maturity, yield and quality. The turnover of the hybrids is high due to that new hybrids are introduced every year. The …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress