Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Prognos av växtsjukdomar baserad på molekylära metoder och sporfällor

Status: Avslutat
Projektnummer: H1233053
Kategori: Forskningsprogram | Växtodling
Ansökningsår: 2012
Datum för slutrapport: 30 december 2016
Huvudsökande: Jonathan Yuen
Organisation: Sveriges lantbruksuniversitet, SLU
E-postadress: Jonathan.Yuen@mykopat.slu.se
Telefon: 018 672369
Medsökande: Anna Berlin
Beviljade medel: 2 130 000 SEK

The goal of this project is to determine the best method for detection of plant pathogens from different types of spore traps, as well as to determine which species are present during different time periods, and to relate the information to disease development in the field. Several pathogens are spread by wind. By gathering material from the air with 3 types of traps, the general fungal flora in the air will be studied as well as specific plant pathogens (Puccinia spp., Phytophthora infestans). This will indicate which pathogens are air-borne and can spread to host plants. A comparison of different types of traps is important since it is important that the trap collects representative material for analysis, which is important for the development of predictive systems. Information will be used to develop such predictive systems primarily for rust. Such predictive systems are an important component in the implementation of the EU directive on sustainable use of pesticides and IPM.

Syftet med studien är att undersöka vilken metod som är lämpligast för detektion av växtpatogener från olika typer av sporfällor samt under vilka perioder olika arter finns i luften och relatera information från sporfällorna till utvecklingen av respektive sjukdom i fält. Flera växtpatogener sprids via luft och vind. Genom att samla in material från luften med hjälp av tre typer av fällor, studeras den generella svampfloran i luften samt specifika växtpatogener (Puccinia spp, Phytophthora infestans). Detta ger svar på när olika patogener är luftburna och kan spridas till värdväxter. En jämförelse mellan olika sporfällor är viktig då fällan måste samla in ett representativt prov för analys, vilket är nödvändigt om metoden ska kunna användas i prognossyfte. Informationen användas för utveckling av prognosmodeller för framförallt rostsjukdomar. Sådan prognos är en viktig komponent i implementeringen av direktivet om hållbar användning av bekämpningsmedel och integrerat växtskydd.

Prover samlades in under två växtsäsonger på flera platser i södra Sverige med hjälp av fyra olika typer av sporfällor. Från proverna extraherades DNA och svampsamhället detekterades. Både enskilda arter och samhällets struktur analyseras. Resultat visar att olika typer av sporfällor fångar olika svampsamhällen. Sporfällans placering är viktig att beakta, eftersom högt placerade fällor samlar in den generella svampfloran i ett område medan lågt placerade fällor samlar in den specifika svampfloran där den är placerad. Vi visar också att valet av sekvenseringsmetod påverkar resultatet, därför använde vi oss både av Illumina MiSeq och Pac Bio RS II för att undersöka sporfälleproverna. Resultat från projektet har skapat en robust bas för framtida arbete inom övervakning och molekylär detektion av växtpatogener.

Projektet har skapat en bred kunskapsbas för vidare anpassning av sporfällors användning för övervakning av växtpatogena svampar. Vi har både undersökt olika typer av fällor och vilka arters som kan detekteras med hjälp av de olika fällorna, och betydelsen av fällornas placering. Dessutom har den molekylära detektionsmetoden baserat på ”barcoding” av alla svampar i ett prov utvärderats.

Våra resultat visar att:
• Val av sporfälletyp påverkar vilka svampar som fångas
• Sporfällans placering är viktig att beakta
• Sekvenseringsmetoden kan påverka vilka arter som detekteras

Sporer har veckovis samlats in med hjälp av fyra olika typer av sporfällor, två aktiva (joniserande och Hirst-fällor) och två passiva (tratt eller JB-fällan och filterpapper). Från varje prov har DNA extraherats och svamp detekteras baserat på samhällsanalys av svampsamhället.

Eftersom 454/pyrosekvenserings maskinerna inte längre tillverkas, testade vi vilka av de tre andra sekvenseringsmetoderna som är lämpliga att använda för svampsamhällen.

Sekvenserna analyseras i SCATA och andra liknande pipe-lines för att klustra sekvenserna. Vi letar både efter enskilda, specifika sjukdomsalstrande arter, och efter mönster i svampsamhällets struktur för att öka förståelsen för vilka faktorer som är viktiga för sjukdomsutveckling. Arbetet kommer att fortsätta med att jämföra dessa resultat med vad som verkligen hände i fält.

 

Antal träffar i projektbanken: 1528

Utveckling av sortprovning av ensilagemajs, kvalitet och riskmanagement
Mårten Hetta, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1260158 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 10 mars 2017

Forage maize is an important forage type for dairy and beef production. Maize is different from other forages due to its physiology, large number of hybrids with variation in maturity, yield and quality. The turnover of the hybrids is high due to that new hybrids are introduced every year. The …

Läs mer

Rumslig variation i kvävefixering i åkerböna och klövervall inom enskilda fält och på gårdsnivå
Maria Stenberg, SLU

Projektnummer: H0941326 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 3 mars 2017

Hur mycket varierar den symbiotiska fixeringen av kväve i baljväxter inom ett fält? I den här kunskapssammanställningen belyser vi faktorer som påverkar kvävefixering i fält. Mängden fixerat kväve i en gröda kan uppgå till så mycket som 1000 kg N per ha och den variera mycket inom ett fält. Det är …

Läs mer

Har mjölkfettet en hämmande verkan på mjölkfettsyntesen - och hur kan det i så fall utnyttjas i praktiken?
Kerstin Svennersten Sjaunja, SLU

Projektnummer: V1330038 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 1 mars 2017

The prerequisite for sustainable dairy production is persistent lactation and high yield. The trend is fewer but bigger herds with increasing level of automation, like automatic milking (AM). To increase the efficiency in AM, automatic cluster take off can be done at high milk flow levels and with …

Läs mer

Agroväst Nöt- och lammköttsprogram
Mats Emilson, Agroväst Livsmedel AB

Projektnummer: R--16-62-606 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 23 februari 2017

The overall aim of the Agroväst Beef and Lamb Program is to improve the resource-efficiency and profitability of the Swedish beef and lamb production. Specific objectives of the different projects are
• to study the effect of tall fescue and timothy grass silage harvested at different maturity …

Läs mer

Snabb och säker diagnos av rödklöverpatogener i jord och rot samt värmebehandling av rödklöverfrö för ökad utsädeskvalitet
Ann-Charlotte Wallenhammar, HS Konsult AB

Projektnummer: H1160210 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 31 januari 2017

Realtids- PCR teknik utvecklades i projektet för att identifiera och kvantifiera fyra patogener som orsakar rotröta i rödklöver. Sjukdomsutvecklingen hos 18 sorter har undersökts på olika försöksplatser. Vi har visat att Cylindrocarpon destructans troligtvis är den svamp som till störst del orsakar …

Läs mer

Proteiner i osteochondrose: nøkkelen til hvordan sykdomsprosessen styres og nedarves
Nils Ivar Dolvik, NMBU Veterinærhøgskolen

Projektnummer: H1247099 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 31 januari 2017

The project aim was to identify proteins that are involved in the control and heritability of osteochondrosis. Four proteins that could potentially be involved had been identified in previous own studies, and during the course of the project, a major genetic study in pigs was completed which …

Läs mer

Kornas dricksvattenintag som mått på foderkonsumtion, optimal mjölkureahalt och hälsotillstånd
Torsten Eriksson, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: V1330056 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 31 december 2016

Water intake can be recorded at reasonable cost on dairy farms. There is a strong linear relationship between mineral intake, water intake and milk urea concentration. If dietary mineral content is taken into account, it may be possible to estimate dry matter intake from water consumption. …

Läs mer

Forskning och Innovation Vreta Kluster
Helene Oscarsson, Sankt Kors Fastighetsaktiebolag

Projektnummer: R--16-62-607 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 31 december 2016

Vreta Kluster aims at supporting projects of the newly developed research- and innovation (R&I) -agenda. During autumn 2015, we have developed project ideas that both meet SLF criteria and are in line with the R&I agenda. The priority projects are:
1. Knowledge compilation and dissemination …

Läs mer

Sykdomskontroll og forbedret dyrevelferd ved hjelp av genetiske markører: En pilotstudie av osteochondrose og Birkelandfraktur hos hest
Gunnar Klemetsdal, Universitetet for miljø og biovitenskap (UMB)

Projektnummer: H1247154 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2012

The project aims to verify our current findings of QTLs with effect on osteochondrosis and Birkelandfracture in the Standarbred trotter. The project triples the sizes of the groups in the genome-wise association studies. The project will serve a basis for international involvement, either to …

Läs mer

Prognos av växtsjukdomar baserad på molekylära metoder och sporfällor
Jonathan Yuen, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1233053 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 december 2016

The goal of this project is to determine the best method for detection of plant pathogens from different types of spore traps, as well as to determine which species are present during different time periods, and to relate the information to disease development in the field. Several pathogens are …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress