Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Prognos av växtsjukdomar baserad på molekylära metoder och sporfällor

Status: Avslutat
Projektnummer: H1233053
Kategori: Forskningsprogram | Växtodling
Ansökningsår: 2012
Datum för slutrapport: 30 december 2016
Huvudsökande: Jonathan Yuen
Organisation: Sveriges lantbruksuniversitet, SLU
E-postadress: Jonathan.Yuen@mykopat.slu.se
Telefon: 018 672369
Medsökande: Anna Berlin
Beviljade medel: 2 130 000 SEK

The goal of this project is to determine the best method for detection of plant pathogens from different types of spore traps, as well as to determine which species are present during different time periods, and to relate the information to disease development in the field. Several pathogens are spread by wind. By gathering material from the air with 3 types of traps, the general fungal flora in the air will be studied as well as specific plant pathogens (Puccinia spp., Phytophthora infestans). This will indicate which pathogens are air-borne and can spread to host plants. A comparison of different types of traps is important since it is important that the trap collects representative material for analysis, which is important for the development of predictive systems. Information will be used to develop such predictive systems primarily for rust. Such predictive systems are an important component in the implementation of the EU directive on sustainable use of pesticides and IPM.

Syftet med studien är att undersöka vilken metod som är lämpligast för detektion av växtpatogener från olika typer av sporfällor samt under vilka perioder olika arter finns i luften och relatera information från sporfällorna till utvecklingen av respektive sjukdom i fält. Flera växtpatogener sprids via luft och vind. Genom att samla in material från luften med hjälp av tre typer av fällor, studeras den generella svampfloran i luften samt specifika växtpatogener (Puccinia spp, Phytophthora infestans). Detta ger svar på när olika patogener är luftburna och kan spridas till värdväxter. En jämförelse mellan olika sporfällor är viktig då fällan måste samla in ett representativt prov för analys, vilket är nödvändigt om metoden ska kunna användas i prognossyfte. Informationen användas för utveckling av prognosmodeller för framförallt rostsjukdomar. Sådan prognos är en viktig komponent i implementeringen av direktivet om hållbar användning av bekämpningsmedel och integrerat växtskydd.

Prover samlades in under två växtsäsonger på flera platser i södra Sverige med hjälp av fyra olika typer av sporfällor. Från proverna extraherades DNA och svampsamhället detekterades. Både enskilda arter och samhällets struktur analyseras. Resultat visar att olika typer av sporfällor fångar olika svampsamhällen. Sporfällans placering är viktig att beakta, eftersom högt placerade fällor samlar in den generella svampfloran i ett område medan lågt placerade fällor samlar in den specifika svampfloran där den är placerad. Vi visar också att valet av sekvenseringsmetod påverkar resultatet, därför använde vi oss både av Illumina MiSeq och Pac Bio RS II för att undersöka sporfälleproverna. Resultat från projektet har skapat en robust bas för framtida arbete inom övervakning och molekylär detektion av växtpatogener.

Projektet har skapat en bred kunskapsbas för vidare anpassning av sporfällors användning för övervakning av växtpatogena svampar. Vi har både undersökt olika typer av fällor och vilka arters som kan detekteras med hjälp av de olika fällorna, och betydelsen av fällornas placering. Dessutom har den molekylära detektionsmetoden baserat på ”barcoding” av alla svampar i ett prov utvärderats.

Våra resultat visar att:
• Val av sporfälletyp påverkar vilka svampar som fångas
• Sporfällans placering är viktig att beakta
• Sekvenseringsmetoden kan påverka vilka arter som detekteras

Sporer har veckovis samlats in med hjälp av fyra olika typer av sporfällor, två aktiva (joniserande och Hirst-fällor) och två passiva (tratt eller JB-fällan och filterpapper). Från varje prov har DNA extraherats och svamp detekteras baserat på samhällsanalys av svampsamhället.

Eftersom 454/pyrosekvenserings maskinerna inte längre tillverkas, testade vi vilka av de tre andra sekvenseringsmetoderna som är lämpliga att använda för svampsamhällen.

Sekvenserna analyseras i SCATA och andra liknande pipe-lines för att klustra sekvenserna. Vi letar både efter enskilda, specifika sjukdomsalstrande arter, och efter mönster i svampsamhällets struktur för att öka förståelsen för vilka faktorer som är viktiga för sjukdomsutveckling. Arbetet kommer att fortsätta med att jämföra dessa resultat med vad som verkligen hände i fält.

 

Antal träffar i projektbanken: 1528

Regional jordbruksforskning för norra Sverige (RJN)
Torkel Ekman, SLU

Projektnummer: R--16-62-605 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 21 december 2016

Within Agricultural research for Northern Sweden (RJN) farmers organisations/companies and SLU has cooperated since 1996. The agreement has been renewed every third year since 1996 and a revised agreement is now ready that covers 2016-2017. With this application we seek cofounding for 2016. Funding …

Läs mer

Basfinansiering av den regionala försöksverksamheten (Sverigeförsöken) 2016
Anna-Karin Krijger, Hushållningssällskapet

Projektnummer: R-16-60-603 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 21 december 2016

A safe and well documented decisionmaking is necessary to achieve the best economic and environmental performance for Swedish agriculture and farmers. In this work, experiments, research and development have an important function and the regional field trials is a very important part in this …

Läs mer

Bekämpningsstrategier för hållbar produktion av jordgubbar i substrat
Lisa Germundsson, Sveriges Lantbruksuniversitet

Projektnummer: R--16-62-608 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 14 december 2016

The project aims to contribute to increased profitability, competitiveness and growth within berry cultivation, by developing effective control strategies for the sustainable production of strawberries in substrate. Substrate cultivation in tunnel is approved for better growth and higher yield than …

Läs mer

Arbetsolycksfall i jord- och skogsbruk 2013. Utvärdering av sektorns kraftsamling.
Stefan Pinzke, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1346223 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 13 december 2016

The aim is to perform a questionnaire and interview survey regarding injuries in agriculture and forestry
during 2013 to gain actual statistics as base for both preventive measures and evaluation of implemented
measures. The project is a repetition of the corresponding study performed in 2005.
A …

Läs mer

Förbättrad precision vid applicering av växtskyddsmedel i fruktodlingar
Klara Löfkvist, JTI

Projektnummer: S-15-56-595 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 9 december 2016

Safe and environmentally sound application of pesticides in orchards is a prerequisite for continued Swedish fruit production. More and more chemical, biological and physical pesticides have user conditions and drift reducing techniques have to be used during application. How these techniques shall …

Läs mer

Räkna med vall – ekonomi och miljöeffekter av vall i spannmålsdominerade växtföljder
Pernilla Tidåker, JTI Institutet för jordbruks- och miljöteknik AB

Projektnummer: H1333202 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 november 2016

Grass/clover in crop sequences increases the yield of subsequent crops, decreases nutrient leaching and increases carbon sequestration. However, ley is often substituted with other crops as fodder or as substrate for biogas production. Profitability is a prerequisite for the farmer to introduce …

Läs mer

Drivkrafter för lönsam grisproduktion i Sverige
Helena Hansson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: V1146009 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 25 november 2016

Det övergripande syftet var att presentera en plan över hur lantbruksföretag med grisproduktion kan använda sina resurser bättre, öka sina intäkter och bli mer lönsamma. Vi gjorde detta genom tre delstudier där vi undersökte olika aspekter av lönsamhet och resurseffektivitet. Bakgrunden till …

Läs mer

Spridningsvägar för kemiska bekämpningsmedel till ytvatten
Jenny Kreuger, SLU

Projektnummer: H1133108 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 13 oktober 2016

Det finns fortfarande kunskapsluckor i Sverige kring vilka/vilken av de olika transportvägarna för bekämpningsmedel till vattendragen som har störst betydelse. Förbättrade kunskaper är nödvändiga för att identifiera och implementera lämpliga och kostnadseffektiva motåtgärder. I den här studien …

Läs mer

Epidemiologi och kontroll av vetedvärgvirus
Anders Kvarnheden, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1133221 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 september 2016

Vetedvärgsjuka är ett återkommande problem, och för att hålla sjukdomen under kontroll är det viktigt med förbättrade kunskaper om dess epidemiologi och tillförlitliga prognoser. I projektet har vi kunnat bekräfta att rajgräs utgör en potentiell smittkälla för vetedvärgvirus (WDV) som orsakar …

Läs mer

Mer närodlat och lägre kväve-emission genom sänkt proteininnehåll i fodret och utnyttjande av slaktgrisars förmåga till kompensatorisk tillväxt
Leif Göransson, SLU

Projektnummer: H1250010 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 29 september 2016

In modern pig production profitability, meat quality, animal welfare and low nitrogen-emission are highly valued. The amino acid requirements of slaughter pigs, except for the first limiting ones, are not very well investigated and accordingly high safety margins for protein are applied. Our first …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress