Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Prognos av växtsjukdomar baserad på molekylära metoder och sporfällor

Status: Avslutat
Projektnummer: H1233053
Kategori: Forskningsprogram | Växtodling
Ansökningsår: 2012
Datum för slutrapport: 30 december 2016
Huvudsökande: Jonathan Yuen
Organisation: Sveriges lantbruksuniversitet, SLU
E-postadress: Jonathan.Yuen@mykopat.slu.se
Telefon: 018 672369
Medsökande: Anna Berlin
Beviljade medel: 2 130 000 SEK

The goal of this project is to determine the best method for detection of plant pathogens from different types of spore traps, as well as to determine which species are present during different time periods, and to relate the information to disease development in the field. Several pathogens are spread by wind. By gathering material from the air with 3 types of traps, the general fungal flora in the air will be studied as well as specific plant pathogens (Puccinia spp., Phytophthora infestans). This will indicate which pathogens are air-borne and can spread to host plants. A comparison of different types of traps is important since it is important that the trap collects representative material for analysis, which is important for the development of predictive systems. Information will be used to develop such predictive systems primarily for rust. Such predictive systems are an important component in the implementation of the EU directive on sustainable use of pesticides and IPM.

Syftet med studien är att undersöka vilken metod som är lämpligast för detektion av växtpatogener från olika typer av sporfällor samt under vilka perioder olika arter finns i luften och relatera information från sporfällorna till utvecklingen av respektive sjukdom i fält. Flera växtpatogener sprids via luft och vind. Genom att samla in material från luften med hjälp av tre typer av fällor, studeras den generella svampfloran i luften samt specifika växtpatogener (Puccinia spp, Phytophthora infestans). Detta ger svar på när olika patogener är luftburna och kan spridas till värdväxter. En jämförelse mellan olika sporfällor är viktig då fällan måste samla in ett representativt prov för analys, vilket är nödvändigt om metoden ska kunna användas i prognossyfte. Informationen användas för utveckling av prognosmodeller för framförallt rostsjukdomar. Sådan prognos är en viktig komponent i implementeringen av direktivet om hållbar användning av bekämpningsmedel och integrerat växtskydd.

Prover samlades in under två växtsäsonger på flera platser i södra Sverige med hjälp av fyra olika typer av sporfällor. Från proverna extraherades DNA och svampsamhället detekterades. Både enskilda arter och samhällets struktur analyseras. Resultat visar att olika typer av sporfällor fångar olika svampsamhällen. Sporfällans placering är viktig att beakta, eftersom högt placerade fällor samlar in den generella svampfloran i ett område medan lågt placerade fällor samlar in den specifika svampfloran där den är placerad. Vi visar också att valet av sekvenseringsmetod påverkar resultatet, därför använde vi oss både av Illumina MiSeq och Pac Bio RS II för att undersöka sporfälleproverna. Resultat från projektet har skapat en robust bas för framtida arbete inom övervakning och molekylär detektion av växtpatogener.

Projektet har skapat en bred kunskapsbas för vidare anpassning av sporfällors användning för övervakning av växtpatogena svampar. Vi har både undersökt olika typer av fällor och vilka arters som kan detekteras med hjälp av de olika fällorna, och betydelsen av fällornas placering. Dessutom har den molekylära detektionsmetoden baserat på ”barcoding” av alla svampar i ett prov utvärderats.

Våra resultat visar att:
• Val av sporfälletyp påverkar vilka svampar som fångas
• Sporfällans placering är viktig att beakta
• Sekvenseringsmetoden kan påverka vilka arter som detekteras

Sporer har veckovis samlats in med hjälp av fyra olika typer av sporfällor, två aktiva (joniserande och Hirst-fällor) och två passiva (tratt eller JB-fällan och filterpapper). Från varje prov har DNA extraherats och svamp detekteras baserat på samhällsanalys av svampsamhället.

Eftersom 454/pyrosekvenserings maskinerna inte längre tillverkas, testade vi vilka av de tre andra sekvenseringsmetoderna som är lämpliga att använda för svampsamhällen.

Sekvenserna analyseras i SCATA och andra liknande pipe-lines för att klustra sekvenserna. Vi letar både efter enskilda, specifika sjukdomsalstrande arter, och efter mönster i svampsamhällets struktur för att öka förståelsen för vilka faktorer som är viktiga för sjukdomsutveckling. Arbetet kommer att fortsätta med att jämföra dessa resultat med vad som verkligen hände i fält.

 

Antal träffar i projektbanken: 1528

Betstämning av rotdjup i spannmålsgrödor med kvantitativ PCR- teknik.
Ulf Axelson, Hushållningssällskapet Skaraborg

Projektnummer: H1333238 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 29 september 2016

In studies of root development in crops has so far the most common method included technics with washing soil from the roots. The aim of this project is to test a method based on quantitative PCR technique to describe root development with respect to rooting depth and root mass and also compare …

Läs mer

Peptider och proteiner – bekämpning av nya missbrukspreparat inom hästsporten
Mikael Hedeland, Statens Veterinärmedicinska Anstalt

Projektnummer: H1347097 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 29 september 2016

The abuse of peptide- and protein-based substances has emerged as a new problem in horse racing. Examples are cobratoxin and dermorphin for pain relief, erythropoietin (EPO) for enhanced oxygen transport, and growth stimulating peptides of different kind. The use of this type of substances creates …

Läs mer

Mjölkkornas välbefinnande i automatiska mjölkningssystem
Hans Wiktorsson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: 0130020 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 23 september 2016

Sammanfattning saknas

Läs mer

TALA SMAK- Matfågel 2015
Lotta Waldenstedt, Svensk Fågel Service AB

Projektnummer: R-15-43-375 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 9 september 2016

Flavour Speak Poultry 2015 ' is part of the mainproject Tala Smak (TS) that provides a basis for a cross-border gastronomic language. The overall purpose is to validate and refine the methodology for describing food, which means that more people can understand, appreciate, and talk about the food …

Läs mer

Kamp mot tramp
Eva Spörndly, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: V1230034 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 1 september 2016

The objective of the first part of the project is to compare four leys with regard to the speed of establishment and the capacity to withstand trampling. In the second part of the project three methods to protect areas especially exposed to trampling will be evaluated. In the first part, new seeds …

Läs mer

Hur används biogas bäst?
Åke Nordberg, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1140116 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 31 augusti 2016

Biogas kan uppgraderas och komprimeras till fordonsbränsle (CBG), men låg energitäthet och begränsad gasinfrastruktur försvårar distribution, lagring och marknadstillgänglighet. I projektet har potentiella tekniker för att framställa flytande drivmedel (flytande biogas (LBG), Fisher Tropsch Diesel, …

Läs mer

Bedömning av risken för frostskador i höstvete utifrån sorters frosttolerans med hjälp av en simuleringsmodell och fältförsöksdata
Henrik Eckersten, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1233151 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 augusti 2016

Winter kill due to low temperatures causes significant losses in winter wheat. The variety specific winter hardiness in winter wheat depends on developmental stage and environmental factors. In field, winter hardiness is assessed by the percentage of surviving plants in spring. Winter-hardiness is …

Läs mer

Integrerat växtskydd- vad kan vi lära av 20 års integrerad växtodling?
Maria Stenberg, Hushållningssällskapet Skaraborg

Projektnummer: V1160064 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 25 augusti 2016

Omkring år 1990 var det stora förändringar i jordbrukspolitiken och miljökraven ökade. Stor överproduktion pressade priserna på produkterna. Det var svårt att få ekonomi i odlingen. Samtidigt utvecklades tankar på nya odlingssystem. Vid denna tid startades ett Europeiskt samarbetsprojekt där man …

Läs mer

Utveckling av integrerade bekämpningstrategier i växthusgurka i samverkan med odlare
Birgitta Rämert, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1256026 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 18 augusti 2016

The project will, in collaboration with farmers, extension officers and researchers, develop integrated pest management strategies against powdery mildew in greenhouse production of cucumber. Microbiological pest control products permitted in the EU and/or other parts of the world as well as other …

Läs mer

Biologisk Markkartering- Integrerad analys av jordburna växtsjukdomar och markkemi i oljeväxter och stråsäd- FAS II
Anders Jonsson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1133275 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 2 augusti 2016

I SLU TEMA-forskningsprogrammet ”Biologisk markkartering av jordburna patogener (BioSoM)” har utvecklats DNA-baserade detektionsmetoder. Specifika DNA-sekvenser och qPCR-teknik används för kvantifiering av växtpatogener i jord. Det gäller detektion och kvantifiering av ärtrotröta (Aphanomyces …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress