Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Prognos av växtsjukdomar baserad på molekylära metoder och sporfällor

Status: Avslutat
Projektnummer: H1233053
Kategori: Forskningsprogram | Växtodling
Ansökningsår: 2012
Datum för slutrapport: 30 december 2016
Huvudsökande: Jonathan Yuen
Organisation: Sveriges lantbruksuniversitet, SLU
E-postadress: Jonathan.Yuen@mykopat.slu.se
Telefon: 018 672369
Medsökande: Anna Berlin
Beviljade medel: 2 130 000 SEK

The goal of this project is to determine the best method for detection of plant pathogens from different types of spore traps, as well as to determine which species are present during different time periods, and to relate the information to disease development in the field. Several pathogens are spread by wind. By gathering material from the air with 3 types of traps, the general fungal flora in the air will be studied as well as specific plant pathogens (Puccinia spp., Phytophthora infestans). This will indicate which pathogens are air-borne and can spread to host plants. A comparison of different types of traps is important since it is important that the trap collects representative material for analysis, which is important for the development of predictive systems. Information will be used to develop such predictive systems primarily for rust. Such predictive systems are an important component in the implementation of the EU directive on sustainable use of pesticides and IPM.

Syftet med studien är att undersöka vilken metod som är lämpligast för detektion av växtpatogener från olika typer av sporfällor samt under vilka perioder olika arter finns i luften och relatera information från sporfällorna till utvecklingen av respektive sjukdom i fält. Flera växtpatogener sprids via luft och vind. Genom att samla in material från luften med hjälp av tre typer av fällor, studeras den generella svampfloran i luften samt specifika växtpatogener (Puccinia spp, Phytophthora infestans). Detta ger svar på när olika patogener är luftburna och kan spridas till värdväxter. En jämförelse mellan olika sporfällor är viktig då fällan måste samla in ett representativt prov för analys, vilket är nödvändigt om metoden ska kunna användas i prognossyfte. Informationen användas för utveckling av prognosmodeller för framförallt rostsjukdomar. Sådan prognos är en viktig komponent i implementeringen av direktivet om hållbar användning av bekämpningsmedel och integrerat växtskydd.

Prover samlades in under två växtsäsonger på flera platser i södra Sverige med hjälp av fyra olika typer av sporfällor. Från proverna extraherades DNA och svampsamhället detekterades. Både enskilda arter och samhällets struktur analyseras. Resultat visar att olika typer av sporfällor fångar olika svampsamhällen. Sporfällans placering är viktig att beakta, eftersom högt placerade fällor samlar in den generella svampfloran i ett område medan lågt placerade fällor samlar in den specifika svampfloran där den är placerad. Vi visar också att valet av sekvenseringsmetod påverkar resultatet, därför använde vi oss både av Illumina MiSeq och Pac Bio RS II för att undersöka sporfälleproverna. Resultat från projektet har skapat en robust bas för framtida arbete inom övervakning och molekylär detektion av växtpatogener.

Projektet har skapat en bred kunskapsbas för vidare anpassning av sporfällors användning för övervakning av växtpatogena svampar. Vi har både undersökt olika typer av fällor och vilka arters som kan detekteras med hjälp av de olika fällorna, och betydelsen av fällornas placering. Dessutom har den molekylära detektionsmetoden baserat på ”barcoding” av alla svampar i ett prov utvärderats.

Våra resultat visar att:
• Val av sporfälletyp påverkar vilka svampar som fångas
• Sporfällans placering är viktig att beakta
• Sekvenseringsmetoden kan påverka vilka arter som detekteras

Sporer har veckovis samlats in med hjälp av fyra olika typer av sporfällor, två aktiva (joniserande och Hirst-fällor) och två passiva (tratt eller JB-fällan och filterpapper). Från varje prov har DNA extraherats och svamp detekteras baserat på samhällsanalys av svampsamhället.

Eftersom 454/pyrosekvenserings maskinerna inte längre tillverkas, testade vi vilka av de tre andra sekvenseringsmetoderna som är lämpliga att använda för svampsamhällen.

Sekvenserna analyseras i SCATA och andra liknande pipe-lines för att klustra sekvenserna. Vi letar både efter enskilda, specifika sjukdomsalstrande arter, och efter mönster i svampsamhällets struktur för att öka förståelsen för vilka faktorer som är viktiga för sjukdomsutveckling. Arbetet kommer att fortsätta med att jämföra dessa resultat med vad som verkligen hände i fält.

 

Antal träffar i projektbanken: 1528

Proteinvärdering med vätesulfid
Torsten Eriksson, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: V1330052 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 7 juli 2016

Improvements in nitrogen efficiency in ruminants are needed. Correct feed evaluation is a prerequisite and protein degradation in the rumen is one of the most important factors to consider. This project aims at developing a routine assay for protein degradation in ruminant feeds, where gaseous …

Läs mer

Framtagning av bladmögelresistenta matpotatissorter för hela Sverige
Ulrika Carlson-Nilsson, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: H1342236 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 6 juli 2016

The project goal is to develop commercially interesting potato cultivars for the whole of Sweden as a combination project together with the excisting plant breeding program at SLU Alnarp. Focus is to develop cultivars with sustainable resistance to late blight and brown rot caused by Phytophthora …

Läs mer

Hur påverkas slaktvikt och skinnkvalitet hos lamm av övernattning på slakteriet?
Katarina Arvidsson, SLU

Projektnummer: H1350229 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 6 juli 2016

An increasing proportion of animals are staying overnight at abattoirs before slaughter. Some studies conclude that lairage after transport allows the animal to rest, regenerate body reserves and reduce the degree of dehydration, while others believe that the lairage environment itself may inhibit …

Läs mer

Biologi och teknik för förbättrad markanvändning i potatisodling - Aktörsamverkan för hållbar kunskapsutveckling
Paula Persson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1042201 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 4 juli 2016

Sammanfattning av forskningsprojektet (svenska)
Syftet är att utveckla en långsiktigt fungerande plattform för aktörssamverkan kring potatisforskning mellan
forskare, rådgivare, lantbrukare och andra intressenter. Målet är att gemensamt utveckla en modell för hållbar
kunskap kring effektiv, lönsam …

Läs mer

Biologi och Teknik för förbättrad markanvändning i potatisodling - Aktörsamverkan för hållbar kunskapsutveckling, BoT-A, år 4
Paula Persson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1342225 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 4 juli 2016

The objective is to develop a long-term platform serving as cooperative participation concerning potato research
between scientists, advisors, farmers and industry. The aim is to jointly develop a model for sustainable knowledge
round efficient, profitable and competitive production. Traditional …

Läs mer

Ensilering av grovfoder. Del II - Stoppa varmgången
Rolf Spörndly, SLU

Projektnummer: V1330016 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 1 juli 2016

Spontaneous heating in the silage at opening the silos is the most common problem in feed storage systems at Swedish dairy farms. Large volumes of feed are discarded causing economical loss and feeds in the process of deterioration are a risk to animal health. Yeast is identified as the most …

Läs mer

Billiga jordanalyser oavsett gårdsstorlek med en nationell NIR-databas
Johanna Wetterlind, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1333187 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 1 juli 2016

The overall aim with the project is to make good predictions of within-field soil variation to a reasonable cost regardless of farm size. This will be done by constructing a national database with 5000 soils analyzed with near infrared reflectance (NIR) spectroscopy. Such a large database, covering …

Läs mer

Fodereffektiva kor
Pekka Huhtanen, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: V1230028 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 1 juli 2016

This project represents SLU´s contribution to a Nordic initiative for improved feed efficiency (FE) in dairy production and reduced environmental impact. The concept FE represents how effective nutrients are transformed to animal products. FE has been used a benchmark within poultry, swine and beef …

Läs mer

MHC – Centrum av Hästens Immunsystem
Tomas Bergström, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1147283 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 1 juli 2016

MHC-regionen kännetecknas av ett stort antal polymorfa gener med viktiga funktioner i immunsystemet . Den höga graden av variation i MHC-regionen gör sekvensering extremt svårt men skulle kunna lösas genom nya sekvenseringstekniker, s.k. ”next generation sequencing ” (NGS). Resultaten visade att …

Läs mer

Genetisk bakgrund till prestationsegenskaper hos svenskt varmblod (SWB)
Sofia Mikko, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1147215 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 1 juli 2016

Treåriga svenska varmblood (SWB)-hästar har traditionellt bedömts på en tiogradig skala men under 2013 infördes istället linjärbedömning. Hästarna bedöms för egenskaper som exteriör, gångarter och hoppförmåga. Denna studie syftade till att hitta genomregioner i kopplade till dessa egenskaper. …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress