Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Registreringar från automatiska mjölkningssystem som informationskälla i genomisk avelsvärdering

Status: Avslutat
Projektnummer: V1330048
Kategori: Research program | Milk
Ansökningsår: 2013
Datum för slutrapport: 2 maj 2019
Huvudsökande: Freddy Fikse
Organisation: SLU
E-postadress: Freddy.Fikse@slu.se
Telefon: 018-671994
Medsökande: Dirk-Jan de Koning
Beviljade medel: 1 900 000 SEK

Genomic selection is revolutionizing animal breeding, since selection is based on the joint genetic merit of all SNP alleles across the genome. Lack of accurate and frequent data, however, forms the most important barrier to realize the full potential of genomic selection. There is on the other hand an enormous unexploited potential to utilize measurements taken by voluntary milking systems in breeding decisions. The overall aim is to investigate how data collected by voluntary milking systems can be used for genome-wide prediction of breeding values for udder conformation, using teat coordinates registered by voluntary milk systems and genotype data for cows. Results will be applicable to other on-farm automatic recording devices, for example used for heat detection and measuring
methane emissions, and as such contribute to genetic improvement in animal welfare and health, greenhouse gas emissions and production, amongst others.

Genomisk selektion har medfört en revolution inom husdjursaveln genom att djur kan selekteras baserat på sin genetiska förmåga, skattad med hjälp av tusentals DNA-markörer i genomet. För att skatta effekter av alla markörer krävs noggranna och frekventa registreringar. Brist på registreringar riskerar att bli begränsningen för att kunna utnyttja potentialen med genomisk selektion. Samtidigt utvecklas mätutrustning och sensorer för att ge lantbrukare stöd till förbättrad företagsstyrning. Syftet med detta projekt är att studera hur data från automatiska mjölkningssystem kan användas för att skatta genomiska avelsvärden för juverexteriör, med hjälp av spenkoordinater registrerade i automatiska mjölkningssystem och markörinformation för mjölkkorna. Resultaten är tillämpbara för andra automatiska registreringssystem, som till exempel används för brunstdetektering, och projektet kan på så sätt bädda för ett ökat genetiskt framsteg i egenskaper som bland annat djurvälfärd och reproduktion.

Syftet med studien var att härleda det effektivaste sättet att introducera genomiskt selektion för nya egenskaper, som de som kommer från mjölkrobotar. Vi studerade två delar av denna utmaning: 1) Effektivisering av imputering av genotyper i nordiska mjölkraser 2) Säkerhet av genomisk selektion med hjälp av omfattande simuleringsstudier.
Resultaten visade att imputering av genotyper med hög säkerhet är möjlig med nordisk data, inklusive imputering av icke-genotypade djur. Med hjälp av en referenspopulation på 5000 kor med genotyper och fenotyper kan användbara genomiska avelsvärden (säkerhet > 0,40) erhållas för egenskaper med en måttlig arvbarhet (0,30). När man använder ytterligare fenotypade djur i en så kallades ’single Step’ blir säkerheten för egenskaper med en arvbarhet omkring 0,15 också acceptabelt (> 0,40). För genomisk prediktion av egenskaper med låg arvbarhet (0,05) kommer ytterligare genotypning och fenotypning att krävas före genomförandet av genomiskt selektion.

År 2016 fanns i Sverige 4048 mjölkgårdar med totalt 337 000 kor. Omkring 20% av gårdarna använder en mjölkrobot som motsvarar 1/3 av alla mjölkkor. Omkring 220 gårdar är deltagare i en rutinmässig genotypprogram som koordineras av Viking Genetics och Växa Sverige, motsvarande cirka 10 000 genotypade kor. Ungefär hälften av dessa gårdar använder en mjölkrobot. Mjölkrobotar samlar stora mängder data som för närvarande används främst för rådgivning om skötsel till bönderna. Dessa egenskaper kan också vara värdefulla för selektiv avel, särskilt när det gäller egenskaper som gör djur bättre lämpade för robotmjölkning. I ett tidigare projekt undersökte vi arvbarhet av en rad egenskaper som kan härledas från robotdata. Det drogs slutsatsen att många av dessa egenskaper har måttliga arvbarheten och kan vara lämpliga för selektiv avel.
För 10 år sedan lanserade bioteknikföretaget Illumina ett så kallat SNP-chip för nötkreatur. Detta möjliggör genetisk kartläggning av mer än 50 000 DNA-markörer(positioner i arvsmassan) per djur. Principen för genomisk selektion är att man skattar samband mellan dessa DNA-markörer (s.k. SNPs) och egenskaper av intresse i avelsarbetet för en referenspopulation, t.ex. bestående av redan avkommeprövade tjurar med många döttrar. Med hjälp av dessa skattningar kan man sedan beräkna ett genomiskt avelsvärde –summan av markörernas effekt – för djur utan egna observationer eller avkomma, redan kort efter födseln.
Syftet med studien var att härleda det effektivaste sättet att introducera genomiskt selektion för nya egenskaper, som de som kommer från mjölkrobotar (även kallade frivilliga mjölkningssystem eller VMS). Även om genotypning har blivit billigare, är kostnader fortfarande betydlig när man ska ha 50 000 DNA markörer kartlagt på alla djur i en besättning. Eftersom det finns redan tiotusentals tjurar som är redan kartlagt för 50 000 markörer, då finns det möjlighet att genotypera våra kor (som är besläktat med dessa tjurar) med en mindre mängd markörer (e.g. 7000) och använda så kallade ”imputering” för att skatta information om de andra 43 000 markörer. I första del av studien kollade vi hur effektiv vi kan använda imputering på nordiska mjölkkor. Slutsatsen var att vi kan imputera med rimlig säkerhet för att tillämpa genomisk selektion inom våra nordiska mjölkraser.
Andra delan av studien fokuserade på säkerhet av möjlig genomisk selektion med hjälp av omfattande simuleringsstudier för ett antal scenarier som informerats av tidigare resultat och nuvarande status för genotypning av besättningar i Sverige. Med hjälp av en referenspopulation på 5000 kor med genotyper och fenotyper kan användbara genomiska avelsvärden (säkerhet > 0,40) erhållas för egenskaper med en måttlig arvbarhet (0,30), förutsatt att genotyper är korrekt imputerad till medeltäthet (45 000 SNP). När man använder ytterligare fenotypade djur i en så kallades ’single Step’ modell (dvs utan ytterligare genotypning) blir säkerheten för egenskaper med en ärftlighet omkring 0,15 också acceptabelt (> 0,40). För genomisk selektion av egenskaper med låg arvbarhet kommer ytterligare genotypning och fenotypning att krävas före genomförandet av genomiskt selektion.
Denna studie har visat att genomiskt urval av egenskaper som mäts av mjölkrobotar är tekniskt möjligt i Sverige utan ytterligare investeringar. Lösningar för datautbyte mellan olika ekonomiska intressenter behöver emellertid utveckla innan detta kan bli verklighet.

 

Antal träffar i projektbanken: 1617

Epidemiologi och betydelse av infektion med adenovirus för kycklingnäringen
Désirée Jansson,

Projektnummer: O-15-20-324 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 29 juni 2018

Matfågel

Fowl adenoviruses (FAdV) belong to a group of poultry viruses, of which some are etiologic agents of emerging diseases associated with negative effects on welfare, production, sustainability and environment at all levels of the meat-producing chicken industry. Currently, one such disease, inclusion …

Läs mer

Forbedret behandling for økt overlevelse etter leddinfeksjon hos føll
Kristin Olstad, Norges miljø- og biovitenskapelige universitet

Projektnummer: H-14-47-051 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 29 juni 2018

Bacterial infection in joints, or septic arthritis, is an important problem in foals because it leads to non-weight bearing lameness that affects the foal’s welfare and because survival after treatment can be as low as 42 %. The prognosis for coming to start in a race is also reduced. A study …

Läs mer

Karaktärisering av hjärtkärlfunktionen hos insulinresistenta hästar
Katarina Nostell, SLU

Projektnummer: H-14-47-020 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 29 juni 2018

Insulin resistance and obesity are common in humans and horses. There is a strong correlation between insulin resistance and laminitis in horses but the pathogenesis of laminitis is not known. One hypothesis is that the development of laminitis is related to an insulin induced dysfunction of the …

Läs mer

Hästens och människans välfärd och värdighet
Henrik Lerner, Ersta Sköndal högskola

Projektnummer: H-16-47-177 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 29 juni 2018

The aim of our project is to develop an ethical evaluation tool for Equine Assisted Therapy that considers the welfare and the dignity of both horse and human. This tool will facilitate the evaluation of a practice giving information on the good life of both the horse and the human. If the practice …

Läs mer

Inverkan av såtidpunkt och utsädesmängd på avkastningen hos aktuella typsorter av höstvete
Jannie Hagman, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1333056 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 21 juni 2018

Winter wheat harvests shows large variations over the years, and for the optimal plant population in the spring sowing time, stand establishment and winter survival is crucial. We want to examine the relation between sowing time, seed rate and temperature, and how it affects winter wheat crop …

Läs mer

Gräsbaserad effektiv nötkreatursproduktion - effekter på ekosystemtjänster och ekonomi
Christel Cederberg

Projektnummer: O-15-21-571 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 12 juni 2018

Kött
Mjölk

A large share of agricultural land is used for cattle production. This land use is important for ecosystem
services and biodiversity. Abandonment of grazed pastureland is a reality. Consumer interest is growing
for environmentally friendly produced milk and beef with high animal welfare standards; …

Läs mer

Bete morgon och kväll eller på natten, viket fungerar bäst på gårdar med automatisk mjölkning?
Eva Spörndly, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: V1430016 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 25 maj 2018

Part time grazing where dairy cows are offered high pasture allowance during daytime has given good results compared with exercise pasture. We now want to study if even better results can be achieved with part-time grazing morning+evening or at night. Results have shown that automatically milked …

Läs mer

Påverkas hästars återhämtning efter arbete av uppstallningsformen?
Anna Jansson, Sveriges Lantbruksuniversitet

Projektnummer: H-16-47-194 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 15 maj 2018

The aim of the proposed project is to examine whether recovery after competition in horses is affected by housing system. Our hypothesis is that horses kept in a housing system where they can move freely in groups recover faster than horses kept in box stalls. We performed such a study in 2015 and, …

Läs mer

Övervakning av Drosophila suzukii och riskbedömning för svensk bärodling
Teun Dekker, Sveriges Lantbruksuniversitet

Projektnummer: S-15-56-589 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 6 april 2018

The invasive fruit fly Drosophila suzukii is spreading in Sweden, from detection of only a few individuals in 2014, to damage in raspberry in 2015. Considering its multibillion € footprint in the EU and US, we urgently need to analyze the crops at risk, and establish measures to minimize spread and …

Läs mer

MALDI-TOF snabb test av bakterier i let-vätske från hästar med misstänkt let-infektion.
Pia Haubro Andersen, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1247133 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 28 februari 2018

Many horses with bacterial infection of a synovial structure do not survive or regain their full athletic performance. One essential prognostic factor is time from contamination until correct treatment is initiated. Proper treatment requires a microbiological diagnosis and this process takes 2 -3 …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress