Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Runs of homozygosity brukt på fjordhestpopulasjonene i Norge og Sverige

Status: Avslutat
Projektnummer: H-14-47-015
Kategori: Forskningsprogram | Häst
Ansökningsår: 2014
Datum för slutrapport: 16 februari 2018
Huvudsökande: Nils Ivar Dolvik
Organisation: NMBU-Norges Miljø- og Biovitenskaplige universitet
E-postadress: nils.ivar.dolvik@nmbu.no
Telefon: 4790607757
Medsökande: Gunnar Klemetsdal

The project will establish a model for calculation of relationship within and between various Fjord Horse populations (by use of nose swabs to collect DNA), as basis for calculation of future international breeding values by use of BLUP. The establishment of the model is founded on utilizing data from breeding animals of the Fjord breed in Norway and in Sweden.

Prosjektet vil etablere en modell for slektskapsberegning mellom ulike Fjordhestpopulasjoner basert på DNA (via nesesvabere til å samle DNA), som grunnlag for fremtidig avlsverdiberegning over landegrenser og populasjoner ved hjelp av BLUP. Modelletableringen baserer seg på å utnytte data på avlsdyr av Fjordhest i Norge og i Sveige.

Norge er opprinnelseslandet til fjordhesten, men flere små populasjoner av fjordhest over hele verden utgjør til sammen en ganske stor populasjon. Et viktig mål er derfor å utvikle en internasjonal database, som muliggjør utvikling av internasjonal BLUP-evaluering og utveksling av genetisk informasjon mellom subpopulasjonene. Det er helt nødvendig å utnytte genomisk informasjon til dette, og prosjektets mål var å utforske mulighetene dette gir. Populasjonene er ulikt berørt av importerte individer, noe som resulterer i en høyere effektiv populasjonsstørrelse hos svensk fjordhest, sammenliknet med den norske. Samtidig er den svenske populasjonen sterkt influert av norske importer. De to valgte metodene for beregning av genetisk variasjon viser lav sammenheng til tross for at estimatene av effektiv populasjonsstørrelse peker i samme retning. Metoden med observert homozygoti er følsom for antall records, og gir et behov for å utvide med en tredje metode som utnytter koblingsulikevekt.

Fjordhesten og dens bruksområder har i løpet av noen tiår gått fra å være arbeidshest i skog- og landbruk til å være en sports- og fritidshest, og møter samtidig hard konkurranse fra importerte og spesialiserte raser i denne delen av markedet. Den norske populasjonen av fjordhest anses for å utgjøre opprinnelsen til rasen, men det finnes flere små populasjoner av fjordhest i ulike land rundt omkring i verden, som nedstammer fra Norge og som til sammen utgjør en betydelig større populasjon enn den norske populasjonen alene. Det har imidlertid aldri blitt initiert en internasjonal organisering av avl på fjordhest, utover uforpliktende samarbeid gjennom Fjord Horse International (FHI). For å kunne forvalte den verdensomspennende populasjonen av fjordhest vil det være nødvendig med utvikling av et mer forpliktende samarbeid, med felles avlsmål og en felles database som gir mulighet for å systematisere avlsarbeidet.

Den største utfordringen rundt utvikling av felles database er at identifikasjonssystemene er ulikt i de ulike populasjonene. Det blir derfor nærmest en umulig oppgave å beregne slektskap mellom ulike populasjoner, men også innen populasjon. Praksis med import er også svært ulik mellom land, og i opphavslandet Norge er mindre enn 1% dyr registrert med annet opphavsland enn Norge. Til sammenlikning har Sverige sin stamtavle over fjordhest over 30% dyr med annet opphavsland enn Sverige, hvorav 17% kommer fra Norge og 13% kommer fra Danmark.

Ved å benytte informasjon basert på Single Nucleotide Polymorphisms (SNP’er) har man i dag mulighet til å beregne slektskap og genetisk variasjon på et helt annet presisjonsnivå enn hva man kan ved bruk av informasjon basert på stamtavler. Gjennom prosjektet samlet vi inn blodprøver fra totalt 468 fjordhester, hvorav 336 prøver ble chippet (233 norske og 103 svenske). Ved en gjennomgang av stamtavlene til forsøksdyra fant vi at både norsk og svensk populasjon har ganske komplette stamtavler i 8-10 generasjoner, men at opplysninger om fødselsår er langt mer mangelfullt i den svenske populasjonen sammenliknet med den norske. Gjennomsnittlig innavlsnivå (F) basert på stamtavleinformasjon ligger et par prosent lavere i den svenske populasjonen (F = 5,1%) sammenliknet med den norske (F = 7,6%), men den høye andelen dyr med annet opprinnelsesland i Sverige tilsier at dette er fornuftig.

Generasjonsintervallet (L) sier noe om gjennomsnittlig alder på foreldrene når avkom som velges til bruk i avl blir født. Generasjonsintervallet i stamtavla til de norske forsøksdyra (L = 9,08) var betydelig kortere enn på svensk side (L = 11,60). Et langt generasjonsintervall kan si noe om varigheten på prosessen rundt utvalg av avlsdyr, men det kan også si noe om hvor lenge dyra står i avl. Vi er derfor opptatt av at generasjonsintervallet ikke skal bli unødvendig langt, og på norsk fjordhest har dette blitt fokusert på gjennom å få brukt mange, unge hingster i avl.

Gjennom beregning av genetisk variasjon basert både på informasjon fra stamtavler og gjennom informasjon fra genetiske markører (SNP’er) fant vi ganske overensstemmende tall på norsk side, mens det på svensk side var noe mer sprik mellom de to metodene. Det må legges til at antallet testdyr kun er halvparten på svensk side, og resultatene synliggjorde at bruk av genetiske markører også er følsomt for lite data, noe som ga et stort utfallsrom på effektiv populasjonsstørrelse, som vi bruker som et mål på genetisk variasjon. Effektiv populasjonsstørrelse tilsvarer det antallet dyr i en ideell populasjon (blant annet ingen seleksjon, migrasjon eller mutasjon) som må til for å oppnå samme genetiske variasjon man har i den virkelige populasjonen. Hos norsk fjordhest fant vi en effektiv populasjonsstørrelse på 76 (stamtavle) og 83 (genetiske markører), mens hos svensk fjordhest fant vi 246 (stamtavle) og 147 (genetiske markører).

Når vi så på sammenhengen mellom innavlskoeffisienter basert på stamtavler og de basert på genetiske markører, fant vi at denne ikke var veldig høy og tilsvarer en korrelasjonskoeffisient på 0,5 (norsk side) eller 0,4 (svensk side). Dette sier oss at de to størrelsene ikke er helt sammenliknbare, og at det sannsynlig er andre ting som påvirker innavlskoeffisienten basert på genetiske markører enn innavlskoeffisienten basert på stamtavleinformasjon. Det var betydelig mindre feil heftet ved de norske beregningene, hvor antallet testdyr var over dobbelt så høyt som på svensk side. Usikkerheten knyttet til beregningene avdekket et behov for å utvide metoden ved bruk av koblingsulikevekt. På denne måten får vi også bedre utnyttet de kostbare dataene med genetiske markører, men dette arbeidet vil komme som egen publikasjon etter prosjektslutt.

 

Antal träffar i projektbanken: 1578

Evolutionär management i stora mjölkbesättningar – en väg till bättre juverhälsa
Ulf Emanuelson, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: H1330107 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2013

The aim of this project is to optimize management decisions in large dairy herds by integrating systematic on-farm experimentation into advanced dairy herd management systems, i.e. an evolutionary management system. Systematic experimentation is a way to detect and estimate the effects of changing …

Läs mer

Kartläggning av prestationsegenskaper, genetisk variation och hälsa hos kallblodstravaren
Gabriella Lindgren, Sveriges Lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H-15-47-075 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2015

This SLU - NMBU collaborative study seeks to improve the performance, health and welfare of the Norwegian/ Swedish Coldblooded trotter. Experts in Equine clinical veterinary medicine, performance evaluation and genetic testing will analyze the genome of this horse breed for: 1) race performance …

Läs mer

Förbättrad kryoöverlevnad hos hingstspermier avsedda för artificiell insemination
Jane Morrell Darby, Sveriges Lantbruksuniversitet

Projektnummer: H-14-47-008 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2014

It is still not possible to freeze all stallion ejaculates successfully and post-thaw sperm survival is short. The differences in cryosurvival among stallion ejaculates with similar pre-freeze sperm quality could be due to variations in seminal plasma. The objectives of this project are to …

Läs mer

Övervakning av Drosophila suzukii och riskbedömning för svensk bärodling
Teun Dekker, Sveriges Lantbruksuniversitet

Projektnummer: S-15-56-589 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 6 april 2018

The invasive fruit fly Drosophila suzukii is spreading in Sweden, from detection of only a few individuals in 2014, to damage in raspberry in 2015. Considering its multibillion € footprint in the EU and US, we urgently need to analyze the crops at risk, and establish measures to minimize spread and …

Läs mer

MALDI-TOF snabb test av bakterier i let-vätske från hästar med misstänkt let-infektion.
Pia Haubro Andersen, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1247133 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 28 februari 2018

Many horses with bacterial infection of a synovial structure do not survive or regain their full athletic performance. One essential prognostic factor is time from contamination until correct treatment is initiated. Proper treatment requires a microbiological diagnosis and this process takes 2 -3 …

Läs mer

Fasta körspår – skördepotential och effekt på markstruktur
Anna-Karin Krijger, Hushållningssällskapet Skaraborg

Projektnummer: H1160111 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 22 februari 2018

Projektets syfte var att renodla effekten av att koncentrera körspåren jämfört med slumpmässig körning i annars likvärdiga bearbetningssystem. De bearbetnings system som jämförts är djup och grund plöjningsfri odling, direktsådd och plöjning. Plöjning och djup bearbetning i plöjningsfri odling …

Läs mer

Produktionsplanering i växthus – optimering av ekonomi och energi
Bengt Håkansson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1156204 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 21 februari 2018

Odlingsytan i växthus är en dyrbar resurs som med tanke på ekonomi och energihushållning bör utnyttjas så effektivt som möjligt. Ytplaneringen är central och komplicerad vid odling av krukväxter och andra korta kulturer. Ett tidigare existerande datorprogram för produktionsplanering, som under lång …

Läs mer

Basfinansiering av den regionala fältförsöksverksamheten (Sverigeförsöken) 2017
Anna-Karin Krijger, Hushållningssällskapets förbund

Projektnummer: S-16-60-623 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 20 februari 2018

A safe and well documented decisionmaking is necessary to achieve the best economic and environmental performance for Swedish agriculture and farmers. In this work, experiments, research and development have an important function and the regional field trials is a very important part in this …

Läs mer

Basfinansiering av den regionala fältförsöksverksamheten (Sverigeförsöken) 2017
Anna-Karin Krijger, Hushållningssällskapets förbund

Projektnummer: S-16-60-621 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 20 februari 2018

A safe and well documented decisionmaking is necessary to achieve the best economic and environmental performance for Swedish agriculture and farmers. In this work, experiments, research and development have an important function and the regional field trials is a very important part in this …

Läs mer

Basfinansiering av den regionala fältförsöksverksamheten (Sverigeförsöken) 2017
Anna-Karin Krijger, Hushållningssällskapens förbund

Projektnummer: S-16-60-618 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 20 februari 2018

A safe and well documented decisionmaking is necessary to achieve the best economic and environmental performance for Swedish agriculture and farmers. In this work, experiments, research and development have an important function and the regional field trials is a very important part in this …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress