Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Runs of homozygosity brukt på fjordhestpopulasjonene i Norge og Sverige

Status: Avslutat
Projektnummer: H-14-47-015
Kategori: Forskningsprogram | Häst
Ansökningsår: 2014
Datum för slutrapport: 16 februari 2018
Huvudsökande: Nils Ivar Dolvik
Organisation: NMBU-Norges Miljø- og Biovitenskaplige universitet
E-postadress: nils.ivar.dolvik@nmbu.no
Telefon: 4790607757
Medsökande: Gunnar Klemetsdal

The project will establish a model for calculation of relationship within and between various Fjord Horse populations (by use of nose swabs to collect DNA), as basis for calculation of future international breeding values by use of BLUP. The establishment of the model is founded on utilizing data from breeding animals of the Fjord breed in Norway and in Sweden.

Prosjektet vil etablere en modell for slektskapsberegning mellom ulike Fjordhestpopulasjoner basert på DNA (via nesesvabere til å samle DNA), som grunnlag for fremtidig avlsverdiberegning over landegrenser og populasjoner ved hjelp av BLUP. Modelletableringen baserer seg på å utnytte data på avlsdyr av Fjordhest i Norge og i Sveige.

Norge er opprinnelseslandet til fjordhesten, men flere små populasjoner av fjordhest over hele verden utgjør til sammen en ganske stor populasjon. Et viktig mål er derfor å utvikle en internasjonal database, som muliggjør utvikling av internasjonal BLUP-evaluering og utveksling av genetisk informasjon mellom subpopulasjonene. Det er helt nødvendig å utnytte genomisk informasjon til dette, og prosjektets mål var å utforske mulighetene dette gir. Populasjonene er ulikt berørt av importerte individer, noe som resulterer i en høyere effektiv populasjonsstørrelse hos svensk fjordhest, sammenliknet med den norske. Samtidig er den svenske populasjonen sterkt influert av norske importer. De to valgte metodene for beregning av genetisk variasjon viser lav sammenheng til tross for at estimatene av effektiv populasjonsstørrelse peker i samme retning. Metoden med observert homozygoti er følsom for antall records, og gir et behov for å utvide med en tredje metode som utnytter koblingsulikevekt.

Fjordhesten og dens bruksområder har i løpet av noen tiår gått fra å være arbeidshest i skog- og landbruk til å være en sports- og fritidshest, og møter samtidig hard konkurranse fra importerte og spesialiserte raser i denne delen av markedet. Den norske populasjonen av fjordhest anses for å utgjøre opprinnelsen til rasen, men det finnes flere små populasjoner av fjordhest i ulike land rundt omkring i verden, som nedstammer fra Norge og som til sammen utgjør en betydelig større populasjon enn den norske populasjonen alene. Det har imidlertid aldri blitt initiert en internasjonal organisering av avl på fjordhest, utover uforpliktende samarbeid gjennom Fjord Horse International (FHI). For å kunne forvalte den verdensomspennende populasjonen av fjordhest vil det være nødvendig med utvikling av et mer forpliktende samarbeid, med felles avlsmål og en felles database som gir mulighet for å systematisere avlsarbeidet.

Den største utfordringen rundt utvikling av felles database er at identifikasjonssystemene er ulikt i de ulike populasjonene. Det blir derfor nærmest en umulig oppgave å beregne slektskap mellom ulike populasjoner, men også innen populasjon. Praksis med import er også svært ulik mellom land, og i opphavslandet Norge er mindre enn 1% dyr registrert med annet opphavsland enn Norge. Til sammenlikning har Sverige sin stamtavle over fjordhest over 30% dyr med annet opphavsland enn Sverige, hvorav 17% kommer fra Norge og 13% kommer fra Danmark.

Ved å benytte informasjon basert på Single Nucleotide Polymorphisms (SNP’er) har man i dag mulighet til å beregne slektskap og genetisk variasjon på et helt annet presisjonsnivå enn hva man kan ved bruk av informasjon basert på stamtavler. Gjennom prosjektet samlet vi inn blodprøver fra totalt 468 fjordhester, hvorav 336 prøver ble chippet (233 norske og 103 svenske). Ved en gjennomgang av stamtavlene til forsøksdyra fant vi at både norsk og svensk populasjon har ganske komplette stamtavler i 8-10 generasjoner, men at opplysninger om fødselsår er langt mer mangelfullt i den svenske populasjonen sammenliknet med den norske. Gjennomsnittlig innavlsnivå (F) basert på stamtavleinformasjon ligger et par prosent lavere i den svenske populasjonen (F = 5,1%) sammenliknet med den norske (F = 7,6%), men den høye andelen dyr med annet opprinnelsesland i Sverige tilsier at dette er fornuftig.

Generasjonsintervallet (L) sier noe om gjennomsnittlig alder på foreldrene når avkom som velges til bruk i avl blir født. Generasjonsintervallet i stamtavla til de norske forsøksdyra (L = 9,08) var betydelig kortere enn på svensk side (L = 11,60). Et langt generasjonsintervall kan si noe om varigheten på prosessen rundt utvalg av avlsdyr, men det kan også si noe om hvor lenge dyra står i avl. Vi er derfor opptatt av at generasjonsintervallet ikke skal bli unødvendig langt, og på norsk fjordhest har dette blitt fokusert på gjennom å få brukt mange, unge hingster i avl.

Gjennom beregning av genetisk variasjon basert både på informasjon fra stamtavler og gjennom informasjon fra genetiske markører (SNP’er) fant vi ganske overensstemmende tall på norsk side, mens det på svensk side var noe mer sprik mellom de to metodene. Det må legges til at antallet testdyr kun er halvparten på svensk side, og resultatene synliggjorde at bruk av genetiske markører også er følsomt for lite data, noe som ga et stort utfallsrom på effektiv populasjonsstørrelse, som vi bruker som et mål på genetisk variasjon. Effektiv populasjonsstørrelse tilsvarer det antallet dyr i en ideell populasjon (blant annet ingen seleksjon, migrasjon eller mutasjon) som må til for å oppnå samme genetiske variasjon man har i den virkelige populasjonen. Hos norsk fjordhest fant vi en effektiv populasjonsstørrelse på 76 (stamtavle) og 83 (genetiske markører), mens hos svensk fjordhest fant vi 246 (stamtavle) og 147 (genetiske markører).

Når vi så på sammenhengen mellom innavlskoeffisienter basert på stamtavler og de basert på genetiske markører, fant vi at denne ikke var veldig høy og tilsvarer en korrelasjonskoeffisient på 0,5 (norsk side) eller 0,4 (svensk side). Dette sier oss at de to størrelsene ikke er helt sammenliknbare, og at det sannsynlig er andre ting som påvirker innavlskoeffisienten basert på genetiske markører enn innavlskoeffisienten basert på stamtavleinformasjon. Det var betydelig mindre feil heftet ved de norske beregningene, hvor antallet testdyr var over dobbelt så høyt som på svensk side. Usikkerheten knyttet til beregningene avdekket et behov for å utvide metoden ved bruk av koblingsulikevekt. På denne måten får vi også bedre utnyttet de kostbare dataene med genetiske markører, men dette arbeidet vil komme som egen publikasjon etter prosjektslutt.

 

Antal träffar i projektbanken: 1612

Tredje steget i en 3-stegsraket – kalkens potential för struktur, växtnäring växtskydd och ekonomi
Anita Gunnarsson,

Projektnummer: O-15-20-357 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2015

Växtodling
Potatis

Lime is known to have many positive effects, some of which can be unexpected. The proposed study will measure the effects of carbonate lime (CaCO3) and mixed lime (CaCO3 and Ca(OH)2) on all crops in a rotation (cereal, oilseed rape, canning peas, potatoes). The combined effects of liming on soil …

Läs mer

Ny havre för livsmedelsindustrin
Olof Olsson,

Projektnummer: O-15-20-346 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2015

Växtodling

The long-term goal is to develop oat with new and unique properties that can be used as whole grain or fractionated for use in the food industry. The focus here will be on the pre-breeding and early variety development stages. The final variety will be developed in collaboration with oat breeders. …

Läs mer

Bättre modersegenskaper och hållbarhet med selektion grundad på genomisk information och registreringar från korsningssuggor
Elisenda Rius-Vilarrasa, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1350210 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2013

The project aims to develop a novel strategy to improve longevity and maternal traits in a pig breeding program. We will evaluate the use of genetic markers on crossbred animals to strength pig breeding. A method called genomic selection (GS) will be used, which utilizes DNA-markers for the genetic …

Läs mer

Digitalt hjälpmedel för att identifiera och lokalisera bladmögel i ekologisk potatisodling
Lisa Germundsson, Sveriges Lantbruksuniversitet

Projektnummer: R-17-20-002 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 22 november 2018

One of the most difficult disease problems to handle in organic farming is potato late blight. Late blight is a very aggressive disease and an established infestation can result in interrupted cultivation. This means greatly reduced or even completely lost harvest. Because chemical control is not …

Läs mer

Underlag för nya kaliumrekommendationer till svensk potatisproduktion
Helene Larsson Jönsson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1342093 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 5 november 2018

The aim of this research proposal is to support well-founded potassium recommendations for Swedish table potatoes. The main issue today is that the recommendations are based on a few old experiments which were carried out with old management practices. There is a general practice among Swedish …

Läs mer

Appliceringsteknik med fokus på biologiska växtskyddsmedel
Klara Löfkvist, Institutet för jordbruks- och miljöteknik JTI

Projektnummer: H1356063 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 15 oktober 2018

A crucial factor for the success of plant protection is the application of plant protection product in the right place. This is particularly important for the biological plant protection products as they are usually contact acting. The project aims to find solutions for application technology to …

Läs mer

Smågrisdödlighet- en parallell jämförelse mellan två boxsystem i kombination med optimala skötselrutiner
Anne-Charlotte Olsson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: V1450008 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2014

Piglet mortality in Swedish pig herds is too high and if the sow should be completely loose or fixed a short time in connection with farrowing, is an important issue.
However, to perform internationally publishable studies of piglet mortality, parallel studies in the same herd, are required. These …

Läs mer

Sykdomskontroll og forbedret dyrevelferd ved hjelp av genetiske markører: En pilotstudie av osteochondrose og Birkelandfraktur hos hest
Gunnar Klemetsdal, Universitetet for miljø og biovitenskap (UMB)

Projektnummer: H1247154 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 september 2018

The project aims to verify our current findings of QTLs with effect on osteochondrosis and Birkelandfracture in the Standarbred trotter. The project triples the sizes of the groups in the genome-wise association studies. The project will serve a basis for international involvement, either to …

Läs mer

Inhysningens betydelse för hästvälfärd, arbete, säkerhet och pedagogik på svenska ridskolor
Jenny Yngvesson, SLU

Projektnummer: H-15-47-078 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2015

This three year project will investigate how ridinschools choose and ethically motivate their choices of horse housing system. The project will compare two groups of riding schools - group A with loose housing and group B with traditional housing, concerning horse welfare and working environment. …

Läs mer

Lönsam produktion och användning av proteinfoder till mjölkkor i norra Sverige- RJN ansökan
Margareta Emanuelson, Sveriges lantbruksuniversitet

Projektnummer: R-17-21-001 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 21 september 2018

Regional Agricultural Research for Northern Sweden (RJN) is applying for co-financing of a project for 2017. In the current project, a review is made of protein crops that can be produced in northern Sweden. A compilation of dairy cows responses to various protein feeds will be conducted and an …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress