Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Runs of homozygosity brukt på fjordhestpopulasjonene i Norge og Sverige

Status: Pågående
Projektnummer: H-14-47-015
Kategori: Forskningsprogram | Häst
Ansökningsår: 2014
Datum för slutrapport: 16 februari 2018
Huvudsökande: Nils Ivar Dolvik
Organisation: NMBU-Norges Miljø- og Biovitenskaplige universitet
E-postadress: nils.ivar.dolvik@nmbu.no
Telefon: 4790607757
Medsökande: Gunnar Klemetsdal

The project will establish a model for calculation of relationship within and between various Fjord Horse populations (by use of nose swabs to collect DNA), as basis for calculation of future international breeding values by use of BLUP. The establishment of the model is founded on utilizing data from breeding animals of the Fjord breed in Norway and in Sweden.

Prosjektet vil etablere en modell for slektskapsberegning mellom ulike Fjordhestpopulasjoner basert på DNA (via nesesvabere til å samle DNA), som grunnlag for fremtidig avlsverdiberegning over landegrenser og populasjoner ved hjelp av BLUP. Modelletableringen baserer seg på å utnytte data på avlsdyr av Fjordhest i Norge og i Sveige.

Norge er opprinnelseslandet til fjordhesten, men flere små populasjoner av fjordhest over hele verden utgjør til sammen en ganske stor populasjon. Et viktig mål er derfor å utvikle en internasjonal database, som muliggjør utvikling av internasjonal BLUP-evaluering og utveksling av genetisk informasjon mellom subpopulasjonene. Det er helt nødvendig å utnytte genomisk informasjon til dette, og prosjektets mål var å utforske mulighetene dette gir. Populasjonene er ulikt berørt av importerte individer, noe som resulterer i en høyere effektiv populasjonsstørrelse hos svensk fjordhest, sammenliknet med den norske. Samtidig er den svenske populasjonen sterkt influert av norske importer. De to valgte metodene for beregning av genetisk variasjon viser lav sammenheng til tross for at estimatene av effektiv populasjonsstørrelse peker i samme retning. Metoden med observert homozygoti er følsom for antall records, og gir et behov for å utvide med en tredje metode som utnytter koblingsulikevekt.

Fjordhesten og dens bruksområder har i løpet av noen tiår gått fra å være arbeidshest i skog- og landbruk til å være en sports- og fritidshest, og møter samtidig hard konkurranse fra importerte og spesialiserte raser i denne delen av markedet. Den norske populasjonen av fjordhest anses for å utgjøre opprinnelsen til rasen, men det finnes flere små populasjoner av fjordhest i ulike land rundt omkring i verden, som nedstammer fra Norge og som til sammen utgjør en betydelig større populasjon enn den norske populasjonen alene. Det har imidlertid aldri blitt initiert en internasjonal organisering av avl på fjordhest, utover uforpliktende samarbeid gjennom Fjord Horse International (FHI). For å kunne forvalte den verdensomspennende populasjonen av fjordhest vil det være nødvendig med utvikling av et mer forpliktende samarbeid, med felles avlsmål og en felles database som gir mulighet for å systematisere avlsarbeidet.

Den største utfordringen rundt utvikling av felles database er at identifikasjonssystemene er ulikt i de ulike populasjonene. Det blir derfor nærmest en umulig oppgave å beregne slektskap mellom ulike populasjoner, men også innen populasjon. Praksis med import er også svært ulik mellom land, og i opphavslandet Norge er mindre enn 1% dyr registrert med annet opphavsland enn Norge. Til sammenlikning har Sverige sin stamtavle over fjordhest over 30% dyr med annet opphavsland enn Sverige, hvorav 17% kommer fra Norge og 13% kommer fra Danmark.

Ved å benytte informasjon basert på Single Nucleotide Polymorphisms (SNP’er) har man i dag mulighet til å beregne slektskap og genetisk variasjon på et helt annet presisjonsnivå enn hva man kan ved bruk av informasjon basert på stamtavler. Gjennom prosjektet samlet vi inn blodprøver fra totalt 468 fjordhester, hvorav 336 prøver ble chippet (233 norske og 103 svenske). Ved en gjennomgang av stamtavlene til forsøksdyra fant vi at både norsk og svensk populasjon har ganske komplette stamtavler i 8-10 generasjoner, men at opplysninger om fødselsår er langt mer mangelfullt i den svenske populasjonen sammenliknet med den norske. Gjennomsnittlig innavlsnivå (F) basert på stamtavleinformasjon ligger et par prosent lavere i den svenske populasjonen (F = 5,1%) sammenliknet med den norske (F = 7,6%), men den høye andelen dyr med annet opprinnelsesland i Sverige tilsier at dette er fornuftig.

Generasjonsintervallet (L) sier noe om gjennomsnittlig alder på foreldrene når avkom som velges til bruk i avl blir født. Generasjonsintervallet i stamtavla til de norske forsøksdyra (L = 9,08) var betydelig kortere enn på svensk side (L = 11,60). Et langt generasjonsintervall kan si noe om varigheten på prosessen rundt utvalg av avlsdyr, men det kan også si noe om hvor lenge dyra står i avl. Vi er derfor opptatt av at generasjonsintervallet ikke skal bli unødvendig langt, og på norsk fjordhest har dette blitt fokusert på gjennom å få brukt mange, unge hingster i avl.

Gjennom beregning av genetisk variasjon basert både på informasjon fra stamtavler og gjennom informasjon fra genetiske markører (SNP’er) fant vi ganske overensstemmende tall på norsk side, mens det på svensk side var noe mer sprik mellom de to metodene. Det må legges til at antallet testdyr kun er halvparten på svensk side, og resultatene synliggjorde at bruk av genetiske markører også er følsomt for lite data, noe som ga et stort utfallsrom på effektiv populasjonsstørrelse, som vi bruker som et mål på genetisk variasjon. Effektiv populasjonsstørrelse tilsvarer det antallet dyr i en ideell populasjon (blant annet ingen seleksjon, migrasjon eller mutasjon) som må til for å oppnå samme genetiske variasjon man har i den virkelige populasjonen. Hos norsk fjordhest fant vi en effektiv populasjonsstørrelse på 76 (stamtavle) og 83 (genetiske markører), mens hos svensk fjordhest fant vi 246 (stamtavle) og 147 (genetiske markører).

Når vi så på sammenhengen mellom innavlskoeffisienter basert på stamtavler og de basert på genetiske markører, fant vi at denne ikke var veldig høy og tilsvarer en korrelasjonskoeffisient på 0,5 (norsk side) eller 0,4 (svensk side). Dette sier oss at de to størrelsene ikke er helt sammenliknbare, og at det sannsynlig er andre ting som påvirker innavlskoeffisienten basert på genetiske markører enn innavlskoeffisienten basert på stamtavleinformasjon. Det var betydelig mindre feil heftet ved de norske beregningene, hvor antallet testdyr var over dobbelt så høyt som på svensk side. Usikkerheten knyttet til beregningene avdekket et behov for å utvide metoden ved bruk av koblingsulikevekt. På denne måten får vi også bedre utnyttet de kostbare dataene med genetiske markører, men dette arbeidet vil komme som egen publikasjon etter prosjektslutt.

 

Antal träffar i projektbanken: 1555

Bedömning av risken för frostskador i höstvete utifrån sorters frosttolerans med hjälp av en simuleringsmodell och fältförsöksdata
Henrik Eckersten, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1233151 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 augusti 2016

Winter kill due to low temperatures causes significant losses in winter wheat. The variety specific winter hardiness in winter wheat depends on developmental stage and environmental factors. In field, winter hardiness is assessed by the percentage of surviving plants in spring. Winter-hardiness is …

Läs mer

Integrerat växtskydd- vad kan vi lära av 20 års integrerad växtodling?
Maria Stenberg, Hushållningssällskapet Skaraborg

Projektnummer: V1160064 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 25 augusti 2016

Omkring år 1990 var det stora förändringar i jordbrukspolitiken och miljökraven ökade. Stor överproduktion pressade priserna på produkterna. Det var svårt att få ekonomi i odlingen. Samtidigt utvecklades tankar på nya odlingssystem. Vid denna tid startades ett Europeiskt samarbetsprojekt där man …

Läs mer

Utveckling av integrerade bekämpningstrategier i växthusgurka i samverkan med odlare
Birgitta Rämert, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1256026 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 18 augusti 2016

The project will, in collaboration with farmers, extension officers and researchers, develop integrated pest management strategies against powdery mildew in greenhouse production of cucumber. Microbiological pest control products permitted in the EU and/or other parts of the world as well as other …

Läs mer

Biologisk Markkartering- Integrerad analys av jordburna växtsjukdomar och markkemi i oljeväxter och stråsäd- FAS II
Anders Jonsson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1133275 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 2 augusti 2016

I SLU TEMA-forskningsprogrammet ”Biologisk markkartering av jordburna patogener (BioSoM)” har utvecklats DNA-baserade detektionsmetoder. Specifika DNA-sekvenser och qPCR-teknik används för kvantifiering av växtpatogener i jord. Det gäller detektion och kvantifiering av ärtrotröta (Aphanomyces …

Läs mer

Proteinvärdering med vätesulfid
Torsten Eriksson, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: V1330052 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 7 juli 2016

Improvements in nitrogen efficiency in ruminants are needed. Correct feed evaluation is a prerequisite and protein degradation in the rumen is one of the most important factors to consider. This project aims at developing a routine assay for protein degradation in ruminant feeds, where gaseous …

Läs mer

Hur påverkas slaktvikt och skinnkvalitet hos lamm av övernattning på slakteriet?
Katarina Arvidsson, SLU

Projektnummer: H1350229 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 6 juli 2016

An increasing proportion of animals are staying overnight at abattoirs before slaughter. Some studies conclude that lairage after transport allows the animal to rest, regenerate body reserves and reduce the degree of dehydration, while others believe that the lairage environment itself may inhibit …

Läs mer

Framtagning av bladmögelresistenta matpotatissorter för hela Sverige
Ulrika Carlson-Nilsson, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: H1342236 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 6 juli 2016

The project goal is to develop commercially interesting potato cultivars for the whole of Sweden as a combination project together with the excisting plant breeding program at SLU Alnarp. Focus is to develop cultivars with sustainable resistance to late blight and brown rot caused by Phytophthora …

Läs mer

Biologi och teknik för förbättrad markanvändning i potatisodling - Aktörsamverkan för hållbar kunskapsutveckling
Paula Persson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1042201 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 4 juli 2016

Sammanfattning av forskningsprojektet (svenska)
Syftet är att utveckla en långsiktigt fungerande plattform för aktörssamverkan kring potatisforskning mellan
forskare, rådgivare, lantbrukare och andra intressenter. Målet är att gemensamt utveckla en modell för hållbar
kunskap kring effektiv, lönsam …

Läs mer

Biologi och Teknik för förbättrad markanvändning i potatisodling - Aktörsamverkan för hållbar kunskapsutveckling, BoT-A, år 4
Paula Persson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1342225 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 4 juli 2016

The objective is to develop a long-term platform serving as cooperative participation concerning potato research
between scientists, advisors, farmers and industry. The aim is to jointly develop a model for sustainable knowledge
round efficient, profitable and competitive production. Traditional …

Läs mer

Genetisk bakgrund till prestationsegenskaper hos svenskt varmblod (SWB)
Sofia Mikko, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1147215 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 1 juli 2016

Treåriga svenska varmblood (SWB)-hästar har traditionellt bedömts på en tiogradig skala men under 2013 infördes istället linjärbedömning. Hästarna bedöms för egenskaper som exteriör, gångarter och hoppförmåga. Denna studie syftade till att hitta genomregioner i kopplade till dessa egenskaper. …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress