Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Runs of homozygosity brukt på fjordhestpopulasjonene i Norge og Sverige

Status: Avslutat
Projektnummer: H-14-47-015
Kategori: Forskningsprogram | Häst
Ansökningsår: 2014
Datum för slutrapport: 16 februari 2018
Huvudsökande: Nils Ivar Dolvik
Organisation: NMBU-Norges Miljø- og Biovitenskaplige universitet
E-postadress: nils.ivar.dolvik@nmbu.no
Telefon: 4790607757
Medsökande: Gunnar Klemetsdal

The project will establish a model for calculation of relationship within and between various Fjord Horse populations (by use of nose swabs to collect DNA), as basis for calculation of future international breeding values by use of BLUP. The establishment of the model is founded on utilizing data from breeding animals of the Fjord breed in Norway and in Sweden.

Prosjektet vil etablere en modell for slektskapsberegning mellom ulike Fjordhestpopulasjoner basert på DNA (via nesesvabere til å samle DNA), som grunnlag for fremtidig avlsverdiberegning over landegrenser og populasjoner ved hjelp av BLUP. Modelletableringen baserer seg på å utnytte data på avlsdyr av Fjordhest i Norge og i Sveige.

Norge er opprinnelseslandet til fjordhesten, men flere små populasjoner av fjordhest over hele verden utgjør til sammen en ganske stor populasjon. Et viktig mål er derfor å utvikle en internasjonal database, som muliggjør utvikling av internasjonal BLUP-evaluering og utveksling av genetisk informasjon mellom subpopulasjonene. Det er helt nødvendig å utnytte genomisk informasjon til dette, og prosjektets mål var å utforske mulighetene dette gir. Populasjonene er ulikt berørt av importerte individer, noe som resulterer i en høyere effektiv populasjonsstørrelse hos svensk fjordhest, sammenliknet med den norske. Samtidig er den svenske populasjonen sterkt influert av norske importer. De to valgte metodene for beregning av genetisk variasjon viser lav sammenheng til tross for at estimatene av effektiv populasjonsstørrelse peker i samme retning. Metoden med observert homozygoti er følsom for antall records, og gir et behov for å utvide med en tredje metode som utnytter koblingsulikevekt.

Fjordhesten og dens bruksområder har i løpet av noen tiår gått fra å være arbeidshest i skog- og landbruk til å være en sports- og fritidshest, og møter samtidig hard konkurranse fra importerte og spesialiserte raser i denne delen av markedet. Den norske populasjonen av fjordhest anses for å utgjøre opprinnelsen til rasen, men det finnes flere små populasjoner av fjordhest i ulike land rundt omkring i verden, som nedstammer fra Norge og som til sammen utgjør en betydelig større populasjon enn den norske populasjonen alene. Det har imidlertid aldri blitt initiert en internasjonal organisering av avl på fjordhest, utover uforpliktende samarbeid gjennom Fjord Horse International (FHI). For å kunne forvalte den verdensomspennende populasjonen av fjordhest vil det være nødvendig med utvikling av et mer forpliktende samarbeid, med felles avlsmål og en felles database som gir mulighet for å systematisere avlsarbeidet.

Den største utfordringen rundt utvikling av felles database er at identifikasjonssystemene er ulikt i de ulike populasjonene. Det blir derfor nærmest en umulig oppgave å beregne slektskap mellom ulike populasjoner, men også innen populasjon. Praksis med import er også svært ulik mellom land, og i opphavslandet Norge er mindre enn 1% dyr registrert med annet opphavsland enn Norge. Til sammenlikning har Sverige sin stamtavle over fjordhest over 30% dyr med annet opphavsland enn Sverige, hvorav 17% kommer fra Norge og 13% kommer fra Danmark.

Ved å benytte informasjon basert på Single Nucleotide Polymorphisms (SNP’er) har man i dag mulighet til å beregne slektskap og genetisk variasjon på et helt annet presisjonsnivå enn hva man kan ved bruk av informasjon basert på stamtavler. Gjennom prosjektet samlet vi inn blodprøver fra totalt 468 fjordhester, hvorav 336 prøver ble chippet (233 norske og 103 svenske). Ved en gjennomgang av stamtavlene til forsøksdyra fant vi at både norsk og svensk populasjon har ganske komplette stamtavler i 8-10 generasjoner, men at opplysninger om fødselsår er langt mer mangelfullt i den svenske populasjonen sammenliknet med den norske. Gjennomsnittlig innavlsnivå (F) basert på stamtavleinformasjon ligger et par prosent lavere i den svenske populasjonen (F = 5,1%) sammenliknet med den norske (F = 7,6%), men den høye andelen dyr med annet opprinnelsesland i Sverige tilsier at dette er fornuftig.

Generasjonsintervallet (L) sier noe om gjennomsnittlig alder på foreldrene når avkom som velges til bruk i avl blir født. Generasjonsintervallet i stamtavla til de norske forsøksdyra (L = 9,08) var betydelig kortere enn på svensk side (L = 11,60). Et langt generasjonsintervall kan si noe om varigheten på prosessen rundt utvalg av avlsdyr, men det kan også si noe om hvor lenge dyra står i avl. Vi er derfor opptatt av at generasjonsintervallet ikke skal bli unødvendig langt, og på norsk fjordhest har dette blitt fokusert på gjennom å få brukt mange, unge hingster i avl.

Gjennom beregning av genetisk variasjon basert både på informasjon fra stamtavler og gjennom informasjon fra genetiske markører (SNP’er) fant vi ganske overensstemmende tall på norsk side, mens det på svensk side var noe mer sprik mellom de to metodene. Det må legges til at antallet testdyr kun er halvparten på svensk side, og resultatene synliggjorde at bruk av genetiske markører også er følsomt for lite data, noe som ga et stort utfallsrom på effektiv populasjonsstørrelse, som vi bruker som et mål på genetisk variasjon. Effektiv populasjonsstørrelse tilsvarer det antallet dyr i en ideell populasjon (blant annet ingen seleksjon, migrasjon eller mutasjon) som må til for å oppnå samme genetiske variasjon man har i den virkelige populasjonen. Hos norsk fjordhest fant vi en effektiv populasjonsstørrelse på 76 (stamtavle) og 83 (genetiske markører), mens hos svensk fjordhest fant vi 246 (stamtavle) og 147 (genetiske markører).

Når vi så på sammenhengen mellom innavlskoeffisienter basert på stamtavler og de basert på genetiske markører, fant vi at denne ikke var veldig høy og tilsvarer en korrelasjonskoeffisient på 0,5 (norsk side) eller 0,4 (svensk side). Dette sier oss at de to størrelsene ikke er helt sammenliknbare, og at det sannsynlig er andre ting som påvirker innavlskoeffisienten basert på genetiske markører enn innavlskoeffisienten basert på stamtavleinformasjon. Det var betydelig mindre feil heftet ved de norske beregningene, hvor antallet testdyr var over dobbelt så høyt som på svensk side. Usikkerheten knyttet til beregningene avdekket et behov for å utvide metoden ved bruk av koblingsulikevekt. På denne måten får vi også bedre utnyttet de kostbare dataene med genetiske markører, men dette arbeidet vil komme som egen publikasjon etter prosjektslutt.

 

Antal träffar i projektbanken: 1567

Forskning och Innovation Vreta Kluster
Helene Oscarsson, Sankt Kors Fastighetsaktiebolag

Projektnummer: R--16-62-607 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 31 december 2016

Vreta Kluster aims at supporting projects of the newly developed research- and innovation (R&I) -agenda. During autumn 2015, we have developed project ideas that both meet SLF criteria and are in line with the R&I agenda. The priority projects are:
1. Knowledge compilation and dissemination …

Läs mer

Prognos av växtsjukdomar baserad på molekylära metoder och sporfällor
Jonathan Yuen, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1233053 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 december 2016

The goal of this project is to determine the best method for detection of plant pathogens from different types of spore traps, as well as to determine which species are present during different time periods, and to relate the information to disease development in the field. Several pathogens are …

Läs mer

Basfinansiering av den regionala försöksverksamheten (Sverigeförsöken) 2016
Anna-Karin Krijger, Hushållningssällskapet

Projektnummer: R-16-60-603 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 21 december 2016

A safe and well documented decisionmaking is necessary to achieve the best economic and environmental performance for Swedish agriculture and farmers. In this work, experiments, research and development have an important function and the regional field trials is a very important part in this …

Läs mer

Regional jordbruksforskning för norra Sverige (RJN)
Torkel Ekman, SLU

Projektnummer: R--16-62-605 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 21 december 2016

Within Agricultural research for Northern Sweden (RJN) farmers organisations/companies and SLU has cooperated since 1996. The agreement has been renewed every third year since 1996 and a revised agreement is now ready that covers 2016-2017. With this application we seek cofounding for 2016. Funding …

Läs mer

Ökad hästvälfärd med hjälp av en anti-inflammatorisk biomarkör för glukokortikoider
Carina Ingvast Larsson, Sveriges Lantbruksuniversitet

Projektnummer: H-14-47-050 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 20 december 2016

Horse welfare during competition is dependent on that relevant withdrawal times for pharmaceuticals guarantee only irrelevant drug concentrations to be present in the body in order to decrease the injury rate. Therefore, it is essential to find a relevant biomarker for therapeutic effect of …

Läs mer

Bekämpningsstrategier för hållbar produktion av jordgubbar i substrat
Lisa Germundsson, Sveriges Lantbruksuniversitet

Projektnummer: R--16-62-608 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 14 december 2016

The project aims to contribute to increased profitability, competitiveness and growth within berry cultivation, by developing effective control strategies for the sustainable production of strawberries in substrate. Substrate cultivation in tunnel is approved for better growth and higher yield than …

Läs mer

Arbetsolycksfall i jord- och skogsbruk 2013. Utvärdering av sektorns kraftsamling.
Stefan Pinzke, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1346223 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 13 december 2016

The aim is to perform a questionnaire and interview survey regarding injuries in agriculture and forestry
during 2013 to gain actual statistics as base for both preventive measures and evaluation of implemented
measures. The project is a repetition of the corresponding study performed in 2005.
A …

Läs mer

Förbättrad precision vid applicering av växtskyddsmedel i fruktodlingar
Klara Löfkvist, JTI

Projektnummer: S-15-56-595 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 9 december 2016

Safe and environmentally sound application of pesticides in orchards is a prerequisite for continued Swedish fruit production. More and more chemical, biological and physical pesticides have user conditions and drift reducing techniques have to be used during application. How these techniques shall …

Läs mer

Benzimidazolresistens hos hästens spolmask
Eva Tydén, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1147027 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 5 december 2016

Hästens spolmask är den mest patogena parasiten hos föl och yngre hästar. I Sverige och i flera andra länder har spolmasken utvecklat resistens mot makrocykliska laktoner (ex Ivermektin). Sammantaget har det här projektet utvecklat två metoder för tidig detektion av benzimidazolresistens. För det …

Läs mer

Räkna med vall – ekonomi och miljöeffekter av vall i spannmålsdominerade växtföljder
Pernilla Tidåker, JTI Institutet för jordbruks- och miljöteknik AB

Projektnummer: H1333202 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 november 2016

Grass/clover in crop sequences increases the yield of subsequent crops, decreases nutrient leaching and increases carbon sequestration. However, ley is often substituted with other crops as fodder or as substrate for biogas production. Profitability is a prerequisite for the farmer to introduce …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress