Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Snabb och säker detektion av Fusarim langsethiae med ”Loop-Mediated Isothermal Amplification” metod

Status: Avslutat
Projektnummer: H1333237
Kategori: Forskningsprogram | Växtodling
Ansökningsår: 2013
Datum för slutrapport: 1 oktober 2015
Huvudsökande: Zahra Omer
Organisation: HS Konsult AB
E-postadress: Zahra.Omer@hush.se
Telefon: 018304039
Medsökande: Jamshid Fatehi
Medsökande: Ann-Charlotte Wallenhammar
Beviljade medel: 668 000 SEK

Fusarium langsethiae produces the mycotoxins T2 & HT-2 in oat. The occurrence of this fungus is usually overlooked by conventional filter paper method since healthy looking seeds can be still infected. Development of a fast, cheap and reliable method for detection of this pathogen in seed, soil or plant material can be of great value for further epidemiological studies. LAMP-PCR is a simple, rapid and cheap technique which has become popular.The aim of this project is to develop LAMP species specific primers that can exclusively detect F. langsethiae in different samples. Fusarium spp will be isolated from kernels and oat seedlings and identified by morphological characters and DNA technique. A diverse collection of Fusarium spp will also be obtained from different laboratories for evaluating of the specificity of primers. The primer sets will be designed by Primer Explorer V. 4 software and their specificity will be checked using pure DNA of F. langsethiae as well as DNA from seeds.

LAMP-PCR är en enkel, snabb och billig diagnostisk metod som används för tidig detektion av mikroorganismer. Fusarium langsethiae producerar mykotoxiner T-2 & HT-2 framförallt i havre och dess epidemiologi är oklar. Med traditionella filtrerpappers metoder förbises svampen pga. tillsyents friska kärnor kan vara infekterade. I detta projekt vill vi utveckla specifika primrar för detektering av F. langsethiae med LAMP-metoden. Vi har för avsikt att använda dessa primrar i ett större projekt för att studera svampens epidemiologi. Fusarium spp isoleras från både kärnor och havreplantor . Vidare erhålls isolat av Fusarium spp från olika forskargrupper. Isolerade svampar identifieras med morfologiska karaktärer och med DNA- teknik. LAMP-PCR specifika primrar designas med Primer Explorer V. 4 software verktyg. Specificitet av de utvecklade primrarna testas först för att amplifiera ren DNA från F. langsethiae svampkulturer. LAMP-PCR utförs enligt protokoll som är publicerade i litteraturen.

Fusarium langsethiae är en viktig patogen i spannmålsproduktionen och är känd för att producera T-2 och HT-2 mykotoxiner. Biologi och epidemiologi hos denna patogen är oklar p.g.a. bristen på synliga symptom hos infekterade plantor och svårigheten att isolera svampen. Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP-PCR) är en snabb och säker metod för detektion av mikroorganismer. Syftet med detta projekt var att utveckla en ny LAMP-metod för säker detektion av F. langsethiae. Fem primers designades baserade på genomiska regioner viktiga för trichothecence biosyntesen och utvärderades på några isolat. En primers, FL-LAMP, valts ut och undersökts vidare mot ett brett spektrum av F. langsehtiae och andra Fusariumarter. FL-LAMP amplifierad DNA från samtliga testade F. langsethiae och även F. sibiricum isolat som direkt visualiserades med färgförändring i LAMP PCR. Tillämpningen av denna metod för detektion av F. langsethiae eller F. sibiricum i plantor måste utvärderas i framtida studier.

Framtida klimatförändringar i Sverige förväntas att leda till ökad medeltemperatur och nederbörd, vilket innebär att vi kan förvänts få ännu större problem med axfusrios och mykotoxinproduktion i spannmålsodlingen. Förutom stora skördeförluster, producerar Fusarium-arter olika mykotoxiner som kan påverka djurs och människors hälsa negativt. Mykotoxiner tar sig främst in i livsmedelskedjan när de bildas på fält innan skörd eller under torkning och lagring särskilt vid höga vattenhalter, en situation som är vanlig när skörd och efterbehandling försvåras p.g.a. väderleks förhållanden. När mykotoxinhalter överskrider gränsvärde för livsmedel kan levererade varan nedklassas till foder eller bränsle. Detta medför stora ekonomiska förluster för svenskt lantbruk i mångmiljonklassen. F. langsethiae är en Fusarium-art som är vanligt förekommande i svenskodlad havre. Svampen infekterar havreplantor utan att producera synliga typiska axfusarios symptom på vippan, och producerar mykotoxinerna, T-2 och HT-2 som är mer toxiska än DON. Trots att gränsvärde saknas i dagsläget, ska dessa mykotoxiner övervakas. T-2 & HT-2 analyseras i mindre utsträckning jämfört med DON och rutinanalyser saknas. Epidemiologin hos denna Fusarium-art dvs. hur svampen sprids och hur plantan infekteras är fortfarande oklart. Vidare kan till synes friska spannmålskärnor vara infekterade, vilket gör att svampen förbises vid utsädesanalys. När epidemiologin är känd kan ett korrekt beslut tas om en lämplig växtskyddsåtgärd. För F. langsethiae och relaterade mykotxiner tyder erfarenheter på att effekten av fungicider är varierande i fält, däremot kan fungicider minska tillväxt av svampen och produktion av mykotoxiner i kontrollerad miljö. Detta innebär att man behöver träffa rätt med sprutning av fungicider i fält. Genom att utveckla en snabb och säker analysmetod kan man bringa klarhet om hur och när ske angrepp i fält och därmed optimera bekämpningstidpunkten. Bestämning av förekomst av olika patogener i mark och växter med konventionella metoder är en tidskrävande process. Dessutom har dessa metoder låg känslighet för att upptäcka patogener särskilt innan synliga symtom utvecklats på plantor. Användningen av molekylära tekniker har ökat våra möjligheter att rätt bestämma, kvantifiera och noggrant övervaka växtpatogener, vilket är viktigt för att bekämpa växtsjukdomar. PCR är den vanligaste molekylära metoden och kvantifiering av patogener görs med realtids-PCR. Realtids-PCR är en säker metod som kräver dyr utrusning. De senaste åren har andra metoder som Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) utvecklats för säker bestämning och kvantifiering av en rad patogena svampar i mark och växtmaterial. LAMP är en snabb, säker och relativt billig molekylär metod som tar också mindre tid än andra PCR metoder. I det här projektet har en säker LAMP-metod utvecklats för att detektera F. langsethiae. DNA från 35 olika F. langsethiae isolat som erhållits från olika länder samt isolat isolerade från infekterade havrekärnor, amplifierades med de specifika primers som designades. För att säkra specificitet av metoden mot F. langsethiae, undersöktes 27 olika isolat av åtta närbesläktade Fusarium-arter. Denna utvecklade F. langsethiae LAMP-metod kan ge mjölighet att snabbt, säkert och billigt analysera havreutsäde samt att studera spridningsvägar för F. langsethiae och öka kunskapen om svampens epidemiologi.

 

Antal träffar i projektbanken: 1580

Förekomst och påverkan av Verticillium och Rhizomania på sockerbetor i Sverige
Åsa Olsson, Nordic Beet Research foundation

Projektnummer: H1144056 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 29 februari 2016

Vissnesjuka i sockerbetor undersöktes under åren 2012-2014. Plantor, jord och svampisolat från 152 sockerbetsfält analyserades med molekylär och traditionell teknik. Analys på rotprov från biotest och på vissnande blast i fält med qPCR visade att 13 % av provytorna var infekterade med Verticillium …

Läs mer

Agrovästs Nöt- och Lammköttsprogram
Mats Emilson, Agroväst Livsmedel AB

Projektnummer: R-15-62-368 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 22 februari 2016

Agroväst is since 1992 one of the driving forces within the Swedish agriculture in terms of the Triple Helix. With well developed forms of collaboration between different stakeholders, we conduct extensive research and development programs

The overall aim of the Agroväst Beef and Lamb Program is …

Läs mer

Kartläggning av tarmhälsa hos ekologisk kyckling och effekt av vaccination mot koccidios
Desiree Jansson, Statens Veterinärmedicinska Anstalt

Projektnummer: H1343216 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 18 februari 2016

Coccidiosis is often considered as one of the major constrainst against increased Swedish organic chicken farming because preventive use of in feed coccidiostats is prohibited in organic production. Coccidia are single-celled intestinal parasites and their reproduction in the intestinal mucosa is …

Läs mer

Klimatrobusta odlingssystem med radhackning mot rot- och fröogräs i stråsäd
Per Ståhl, Hushållningssällskapet Rådgivning Agri AB

Projektnummer: H1160130 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 28 januari 2016

Projektet genomförde 20 fältförsök i två serier, ”raduppbyggnad” och ”tistelbekämpning”, för att utveckla odlingstekniken i vårvete och höstvete på 25 och 50 cm radavstånd. Cameleon, användes för sådd och radhackning. En breddning av såraden (12 cm band eller dubbelrad) ökade skörden jämfört med …

Läs mer

Basfinansiering av den Regionala Försöksverksamheten (Sverigeförsöken) 2015
Anna-Karin Krijger, Hushållningssällskapet

Projektnummer: R-15-60-370 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 13 januari 2016

A safe and well documented decisionmaking is necessary to achieve the best economic and environmental performance for Swedish agriculture and farmers. In this work, experiments, research and development have an important function and the regional field trials is a very important part in this …

Läs mer

Alternativa bekämpningsmetoder mot potatisbladmögel – sortens resistens och inducerad resistens med fosfiter kan minska behovet av fungicider
Erland Liljeroth, SLU

Projektnummer: H1142126 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 8 januari 2016

Vi har i 5 års fältförsök undersökt effekten av ett oorganiskt salt, kaliumfosfit, på potatisbladmögel. Det är känt att kaliumfosfit stimulerar växtens försvar och även har en direkt effekt mot algsvampar, och detta motverkar utvecklingen av bladmögel och brunröta i potatis.
Vi fann att behandling …

Läs mer

Fångstgröda och fysisk separering av odlingsfält som bekämpningsstrategier mot morotsbladloppan
Ulf Nilsson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1156218 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 8 januari 2016

Vi har studerat om fångstgröda kan fungera för att kontrollera morotsbladloppan. Det är viktigt att hitta en fångstgröda som är mer attraktiv än huvudgrödan för att metoden ska fungera. Vi har visat att äggläggande honor inte skiljer mellan olika morotssorter men föredrar plantor med 2-3 äkta blad …

Läs mer

Web-baserad försöksrapport för Sverigeförsöken
Per-Göran Andersson, Hushållningssällskapet Malmöhus

Projektnummer: H1333117 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 december 2015

This project is a continuation of the project H1260176 in research area Field trials and method development. Funds granted for phase 1, the years 2012-2013, given continuing development work in 2014-2015. Unfortunately, there is no money available in this area of research, why the application will …

Läs mer

Regional jordbruksforskning för norra Sverige (RJN)
Torkel Ekman, SLU

Projektnummer: R-15-62-367 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 december 2015

Within Agricultural research for Northern Sweden (RJN) farmers organisations/companies and SLU has cooperated since 1996. The agreement has been renewed every third year since 1996 and a new agreement is now ready that covers 2015-2017. With this application we seek cofounding for 2015. Funding …

Läs mer

Metodik för bestämning av dikens status och stöd för planering av åtgärder
Ingrid Wesström, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: V1260007 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 december 2015

Effects of drainage management can lead to major environmental problems, which in many cases prevent that water is classified at a good ecological status. Ditch maintenance has got an increasing focus in the work within the water framework directive. All maintenance work needs to be carried out …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress