Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Snabb och säker detektion av Fusarim langsethiae med ”Loop-Mediated Isothermal Amplification” metod

Status: Avslutat
Projektnummer: H1333237
Kategori: Research program | Crop production
Ansökningsår: 2013
Datum för slutrapport: 1 oktober 2015
Huvudsökande: Zahra Omer
Organisation: HS Konsult AB
E-postadress: Zahra.Omer@hush.se
Telefon: 018304039
Medsökande: Jamshid Fatehi
Medsökande: Ann-Charlotte Wallenhammar
Beviljade medel: 668 000 SEK

Fusarium langsethiae produces the mycotoxins T2 & HT-2 in oat. The occurrence of this fungus is usually overlooked by conventional filter paper method since healthy looking seeds can be still infected. Development of a fast, cheap and reliable method for detection of this pathogen in seed, soil or plant material can be of great value for further epidemiological studies. LAMP-PCR is a simple, rapid and cheap technique which has become popular.The aim of this project is to develop LAMP species specific primers that can exclusively detect F. langsethiae in different samples. Fusarium spp will be isolated from kernels and oat seedlings and identified by morphological characters and DNA technique. A diverse collection of Fusarium spp will also be obtained from different laboratories for evaluating of the specificity of primers. The primer sets will be designed by Primer Explorer V. 4 software and their specificity will be checked using pure DNA of F. langsethiae as well as DNA from seeds.

LAMP-PCR är en enkel, snabb och billig diagnostisk metod som används för tidig detektion av mikroorganismer. Fusarium langsethiae producerar mykotoxiner T-2 & HT-2 framförallt i havre och dess epidemiologi är oklar. Med traditionella filtrerpappers metoder förbises svampen pga. tillsyents friska kärnor kan vara infekterade. I detta projekt vill vi utveckla specifika primrar för detektering av F. langsethiae med LAMP-metoden. Vi har för avsikt att använda dessa primrar i ett större projekt för att studera svampens epidemiologi. Fusarium spp isoleras från både kärnor och havreplantor . Vidare erhålls isolat av Fusarium spp från olika forskargrupper. Isolerade svampar identifieras med morfologiska karaktärer och med DNA- teknik. LAMP-PCR specifika primrar designas med Primer Explorer V. 4 software verktyg. Specificitet av de utvecklade primrarna testas först för att amplifiera ren DNA från F. langsethiae svampkulturer. LAMP-PCR utförs enligt protokoll som är publicerade i litteraturen.

Fusarium langsethiae är en viktig patogen i spannmålsproduktionen och är känd för att producera T-2 och HT-2 mykotoxiner. Biologi och epidemiologi hos denna patogen är oklar p.g.a. bristen på synliga symptom hos infekterade plantor och svårigheten att isolera svampen. Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP-PCR) är en snabb och säker metod för detektion av mikroorganismer. Syftet med detta projekt var att utveckla en ny LAMP-metod för säker detektion av F. langsethiae. Fem primers designades baserade på genomiska regioner viktiga för trichothecence biosyntesen och utvärderades på några isolat. En primers, FL-LAMP, valts ut och undersökts vidare mot ett brett spektrum av F. langsehtiae och andra Fusariumarter. FL-LAMP amplifierad DNA från samtliga testade F. langsethiae och även F. sibiricum isolat som direkt visualiserades med färgförändring i LAMP PCR. Tillämpningen av denna metod för detektion av F. langsethiae eller F. sibiricum i plantor måste utvärderas i framtida studier.

Framtida klimatförändringar i Sverige förväntas att leda till ökad medeltemperatur och nederbörd, vilket innebär att vi kan förvänts få ännu större problem med axfusrios och mykotoxinproduktion i spannmålsodlingen. Förutom stora skördeförluster, producerar Fusarium-arter olika mykotoxiner som kan påverka djurs och människors hälsa negativt. Mykotoxiner tar sig främst in i livsmedelskedjan när de bildas på fält innan skörd eller under torkning och lagring särskilt vid höga vattenhalter, en situation som är vanlig när skörd och efterbehandling försvåras p.g.a. väderleks förhållanden. När mykotoxinhalter överskrider gränsvärde för livsmedel kan levererade varan nedklassas till foder eller bränsle. Detta medför stora ekonomiska förluster för svenskt lantbruk i mångmiljonklassen. F. langsethiae är en Fusarium-art som är vanligt förekommande i svenskodlad havre. Svampen infekterar havreplantor utan att producera synliga typiska axfusarios symptom på vippan, och producerar mykotoxinerna, T-2 och HT-2 som är mer toxiska än DON. Trots att gränsvärde saknas i dagsläget, ska dessa mykotoxiner övervakas. T-2 & HT-2 analyseras i mindre utsträckning jämfört med DON och rutinanalyser saknas. Epidemiologin hos denna Fusarium-art dvs. hur svampen sprids och hur plantan infekteras är fortfarande oklart. Vidare kan till synes friska spannmålskärnor vara infekterade, vilket gör att svampen förbises vid utsädesanalys. När epidemiologin är känd kan ett korrekt beslut tas om en lämplig växtskyddsåtgärd. För F. langsethiae och relaterade mykotxiner tyder erfarenheter på att effekten av fungicider är varierande i fält, däremot kan fungicider minska tillväxt av svampen och produktion av mykotoxiner i kontrollerad miljö. Detta innebär att man behöver träffa rätt med sprutning av fungicider i fält. Genom att utveckla en snabb och säker analysmetod kan man bringa klarhet om hur och när ske angrepp i fält och därmed optimera bekämpningstidpunkten. Bestämning av förekomst av olika patogener i mark och växter med konventionella metoder är en tidskrävande process. Dessutom har dessa metoder låg känslighet för att upptäcka patogener särskilt innan synliga symtom utvecklats på plantor. Användningen av molekylära tekniker har ökat våra möjligheter att rätt bestämma, kvantifiera och noggrant övervaka växtpatogener, vilket är viktigt för att bekämpa växtsjukdomar. PCR är den vanligaste molekylära metoden och kvantifiering av patogener görs med realtids-PCR. Realtids-PCR är en säker metod som kräver dyr utrusning. De senaste åren har andra metoder som Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) utvecklats för säker bestämning och kvantifiering av en rad patogena svampar i mark och växtmaterial. LAMP är en snabb, säker och relativt billig molekylär metod som tar också mindre tid än andra PCR metoder. I det här projektet har en säker LAMP-metod utvecklats för att detektera F. langsethiae. DNA från 35 olika F. langsethiae isolat som erhållits från olika länder samt isolat isolerade från infekterade havrekärnor, amplifierades med de specifika primers som designades. För att säkra specificitet av metoden mot F. langsethiae, undersöktes 27 olika isolat av åtta närbesläktade Fusarium-arter. Denna utvecklade F. langsethiae LAMP-metod kan ge mjölighet att snabbt, säkert och billigt analysera havreutsäde samt att studera spridningsvägar för F. langsethiae och öka kunskapen om svampens epidemiologi.

 

Antal träffar i projektbanken: 1617

Basfinansiering av den regionala fältförsöksverksamheten (Sverigeförsöken) 2018
Ola Hallin, Hushållningssällskapens Service AB

Projektnummer: S-17-60-792 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 23 januari 2019

A safe and well documented decision making is necessary to achieve the best economic and environmental performance for Swedish agriculture and farmers. In this work, experiments, research and development have an important function and the regional field trials is a very important part in this …

Läs mer

Basfinansiering av den regionala fältförsöksverksamheten (Sverigeförsöken) 2018
Ola Hallin, Hushållningssällskapens Service AB

Projektnummer: S-17-60-788 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 23 januari 2019

A safe and well documented decision making is necessary to achieve the best economic and environmental performance for Swedish agriculture and farmers. In this work, experiments, research and development have an important function and the regional field trials is a very important part in this …

Läs mer

Genomisk selektion mot icke-koagulerande mjölk
Maria Glantz,

Projektnummer: O-15-20-274 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 13 december 2018

Mjölk

The ability of milk to coagulate is crucial for cheese production. We have previously shown that 31% of milk from SR cows has problem to coagulate: 13% is poorly coagulating and as much as 18% is non-coagulating, which are alarming high figures. The problem with non-coagulating milk at national …

Läs mer

Kamp mot tramp - funkar bra i början men hur länge?
Eva Salomon,

Projektnummer: O-15-20-321 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 13 december 2018

Mjölk
Växtodling

Grazing systems for dairy cattle has the potential to be resource efficient for the farmer. However, increasing herd size can cause increasing problems with trampling damages on soil leading to claw problems and dirty udder, which costs working time for cleaning and risk of deteriorated animal …

Läs mer

Digitalt hjälpmedel för att identifiera och lokalisera bladmögel i ekologisk potatisodling
Lisa Germundsson, Sveriges Lantbruksuniversitet

Projektnummer: R-17-20-002 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 22 november 2018

One of the most difficult disease problems to handle in organic farming is potato late blight. Late blight is a very aggressive disease and an established infestation can result in interrupted cultivation. This means greatly reduced or even completely lost harvest. Because chemical control is not …

Läs mer

Underlag för nya kaliumrekommendationer till svensk potatisproduktion
Helene Larsson Jönsson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: H1342093 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 5 november 2018

The aim of this research proposal is to support well-founded potassium recommendations for Swedish table potatoes. The main issue today is that the recommendations are based on a few old experiments which were carried out with old management practices. There is a general practice among Swedish …

Läs mer

Electrical Weed Destroyer (EWD) – ny teknik för mekanisk ogräskontroll
Lars Andersson

Projektnummer: O-16-23-776 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 5 november 2018

Trädgård
Växtodling

In this one-year project we plan to test the effect of an existing equipment, based on electrostatics, on both annual and perennial weeds. The aim is to evaluate the potential for using the equipment in commercial agricultural and horticultural production. Results will be used as a base for …

Läs mer

Appliceringsteknik med fokus på biologiska växtskyddsmedel
Klara Löfkvist, Institutet för jordbruks- och miljöteknik JTI

Projektnummer: H1356063 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 15 oktober 2018

A crucial factor for the success of plant protection is the application of plant protection product in the right place. This is particularly important for the biological plant protection products as they are usually contact acting. The project aims to find solutions for application technology to …

Läs mer

Smågrisdödlighet- en parallell jämförelse mellan två boxsystem i kombination med optimala skötselrutiner
Anne-Charlotte Olsson, Sveriges lantbruksuniversitet, SLU

Projektnummer: V1450008 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 1 oktober 2018

Piglet mortality in Swedish pig herds is too high and if the sow should be completely loose or fixed a short time in connection with farrowing, is an important issue.
However, to perform internationally publishable studies of piglet mortality, parallel studies in the same herd, are required. These …

Läs mer

Sykdomskontroll og forbedret dyrevelferd ved hjelp av genetiske markører: En pilotstudie av osteochondrose og Birkelandfraktur hos hest
Gunnar Klemetsdal, Universitetet for miljø og biovitenskap (UMB)

Projektnummer: H1247154 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 september 2018

The project aims to verify our current findings of QTLs with effect on osteochondrosis and Birkelandfracture in the Standarbred trotter. The project triples the sizes of the groups in the genome-wise association studies. The project will serve a basis for international involvement, either to …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress