Analys av rotgallnematod i jord med ny DNA-metod

The root-knot nematode, Meloidogyne hapla, is an increasing problem in carrot cultivation in Sweden and Europe. Soil analysis is extremely important to plan sustainable crop rotations, reduce nematode multiplication in soil and eventually minimize yield loss. Traditional soil analyses are time consuming and have low capacity. The overall goal of this project is to provide growers with a cheap and reliable DNA method based on the Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP). The aim is to validate the practical application of LAMP for soil analysis. DNA will be extracted from two soil types to which certain number of second-stage juveniles are added. Two DNA extraction methods will be compared, a simple manual method and a commercial DNA kit. DNA will be extracted from soil samples, collected from field trials in 2017, as well as new samples from commercial fields in Skåne and Gotland. Samples will be analyzed by Seinhorsts elutriation method and by real-time LAMP.

Skador av rotgallnematoder i frilandsgrönsaker, framförallt i morötter, ökar. Jordanalys är en viktig åtgärd för att öka kvaliteten och motverka skördeförlusten. Att ge odlarna tillgång till en snabb och säker metod för att identifiera och kvantifiera rotgallnematoder har därför hög prioritet. Traditionella metoder är tidskrävande och har låg kapacitet. Det övergripande målet är att ge näringen, odlare och rådgivningsbranschen tillgång till en snabb och säker DNA analysmetod baserad Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP). Syftet är att utvärdera praktiskt tillämpning av LAMP för analys av rotgallnematoder i jord. DNA extraheras från två jordtyper, till vilka ett bestämt antal juveniler tillsätts. Två metoder för DNA extrahering jämförs, en enkel metod och ett kommersiellt DNA kit. DNA extraheras från 24 jordprover samlades från fältförsök i 2017 samt från nya prover samlas från kommersiella fält, sedan analyseras med Seinhorsts elutriator metod och valideras med realtids-LAMP.