Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Effekt av Genetisk och Fenotypisk Variation i Puccinia striiformis på gulrostens epidemiologi i Sverige

Status: Avslutat
Projektnummer: V1133036
Kategori: Research program | Crop production
Ansökningsår: 2011
Datum för slutrapport: 27 april 2016
Huvudsökande: Jonathan Yuen
Organisation: Sveriges lantbruksuniversitet, SLU
E-postadress: Jonathan.Yuen@mykopat.slu.se
Telefon: 018 672369
Beviljade medel: 2 500 000 SEK

Puccinia striiformis causes yellow rust on grasses including wheat, rye, and triticale. Samples of the pathogen were taken in 2012 (353 total) and 2015 (162) and analysed with microsatellite markers (15 in 2012 and 16 in 2015). Race analyses were also undertaken on samples from the same fields in 2015 using standard differential cultivars at the Global Rust Reference Center in Flakkebjerg, Denmark. Genetic analyses revealed no evidence for sexual reproduction despite genetic variation between the different samples. Analyses with the program poppr revealed several dominating groups of genetically similar samples. Minimum spanning networks based on the Bruvo distance grouped the majority of samples in one group confirming the results from analyses with structure. Race phenotyping in 2015 confirmed the presence of the races 'Kranich', 'Warrior', 'Triticale aggressive', and a few samples of 'Hereford', as well as a new race that has received the name 'Triticale 15'.

Gulrost på vete, råg och rågvete har blivit ett problem i stråädesodlingeni större delen av Sverige. Den orsakas av en svamp, Puccinia striiformis, som övervintrar på värdväxten. P. striiformis kan producera stora mängder sporer, som sprids med vinden, och sjukdomsangrepp kan öka snabbt om de får fäste i odlingen. Odling av resistenta sorter är en möjlig kontrollåtgärd, men om man odlar en mottaglig sort är den enda kontrollåtgärden användning av fungicider. Valet av resistenta sorter kompliceras av variationen i P. striiformis. Olika varianter av svampen, s.k. raser, kan infektera vissa sorter av värdväxterna. Om man visste vilken ras som skulle infektera under kommande säsong, kunde man välja en resistent sort. Man kan bara identifiera raser genom odling av rost på olika resistenta sorter och det kräver både tid och utrymme.

Ett annat problem är att P. striiformis kan bilda nya genetiska varianter genom sexuell omkombination. Detta sker när den byter värd från en gräsart (som vete eller rågvete) till den s.k. mellanvärden, som för P. striiformis är berberis; en växt som förekommer ganska mycket i det svenska landskapet. Tidigare fanns det en lag som tvingade utrotning av berberis (framförallt för att minska angrepp av svartrost) men den togs bort 1996. Om P. striiformis skulle övervintra och bilda nya varianter genom sexuell omkombination, skulle utrotning av berberis i närheten av stråsädesodlingar minska problemet med gulrost.

Ett av de viktigaste verktygen man har för att studera gulrost är olika genetiska markörer som består av korta DNA-sekvenser med ett upprepande mönster. De kallas för mikrosatelliter, eller ’single sequence repeats' (SSR). Detta mönster gör att det kan bildas olika långa upprepningar av sekvensen, och då kan man använda det antalet upprepningar så som man använder gener i vissa analyser, och då kan man få svar på flera frågor om en population.
I detta projekt har vi använt mikrosatelliter för att titta på den genetiska variationen i P. striiformis tagen från olika fält, olika landskap, och olika värdväxter. För genetiska studier med mikrosatelliter krävs bara en bladbit med lite rost. Man tar en bladbit med lite rost på, extraherar DNA, och ampliferar olika delar av svampens DNA. Varje primerpar kan betraktas som en gen, och de olika längderna som olika alleler. Med hjälp av datorprogram för att analysera dessa data kan man dra slutsatser kring hur populationen är uppbyggd och hur den kom till. Prover från berberis identifieras med hjälp av en DNA-sekvens som berättar vilken art av svamp det är.

Dessa studier har kompletterats med ett begränsat antal prover, tagna från olika odlingar, för att se både den genetiska variationen (mätt med mikrosatelliter) och den fenotypiska variationen (rasbestämining) som man får genom uppförökning av isolat och inokulering av sorter med kända resistensgener.
De genetiska data visar en stor variation i det material som samlats från vete och rågvete. Trots denna variation, kunde man gruppera materialet i olika grupper. Det var inget geografiskt mönster i materialet, men vissa kluster kom från rågvete och andra från vete. Den variation som fanns kom från mutationer och andra ändringar i patogenens liv på vete och rågvete och det var inga tecken på sexuell omkombination. Över 60 prover från berberis analyserades också och det var ingen Puccinia striiformis bland dessa, bara P. graminis (som orsakar svartrost) och en Puccinia-art som infekterar knylhavre.

Rasbestämingar var möjliga för ett begränsat antal prover 2015. Dessa visade raser som är vanliga i Europa, såsom de s.k. Kranich-, Warrior-, och Herefordraserna. Det var också en ras som kallas för 'Triticale aggressive', och en variant av den som fick namnet Triticale15. En variant av Warrior-rasen som inte kunde infektera sorter med resistensgenen amb (som finns i sorten Ambition) fanns bland materialet.

Det fanns inga tecken på sexuell omkombination av P. striiformis i undersökningen. Trots det, finns det gott om genetisk variation i den svenska populationen av P. striiformis . En strategisk plan för att minska förluster på grund av gulrost på ett miljövänligt sätt bör bygga på flera komponenter. En är att noga övervaka rostpopulationen i syfte att upptäcka nya raser så snart som möjligt. En annan är att lära sig hur nya raser av gulrost utvecklas. Är det via sexuell reproduktion som inte är omedelbart uppenbar, eftersom det är relativt sällsynt? Eller sker det via invandring av nya genotyper från andra områden? En tredje komponent är att utveckla bättre metoder för att skilja de olika raserna utan isolering, uppförökning och inokulering av sorter med olika resistensgener. Slutligen kan man studera olika resistensgener för att se om några fungerar bättre än andra i att utöva selektionstryck på patogenen.

 

Antal träffar i projektbanken: 1676

Konstellationsbaserad affärsmodellutveckling för lantbruk
Charlotte Norrman

Projektnummer: O-16-21-773 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 november 2020

Matfågel
Växtodling
Energi & biomassa
Kött
Mjölk
Potatis
Trädgård

The main objective of the project is to develop and disseminate an innovative research-based tool kit for development of collaboration-based business models for agricultural companies. Through this, the project contributes to increased profitability within the agricultural sector. The toolkit will …

Läs mer

Automatiska registreringar för ökad djurhälsa och djurvälfärd hos betesdjur
Mats Emilson, Agroväst Livsmedel AB

Projektnummer: R-19-62-179 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 2 oktober 2020

Global livestock production must be intensified to meet the demand from a growing human population. However, this must not be at the expense of reduced animal health and deteriorated animal welfare. Infection with parasitic worms of ruminants is a major constraint on an efficient pasture-based …

Läs mer

Vaccination - ett möjligt alternativ till avmaskning av häst?
Caroline Fossum, SLU

Projektnummer: H-16-47-193 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 28 september 2020

Resistance against antiparasitic drugs is now an increasing problem. Despite a lot of effortd put on preventive measures, such as egg counting and selective treatments, there is still a need for alternative and sustainable methods that do not result in rapid development of drug resistance. The …

Läs mer

Uppdaterad och utökad livscykelanalys av svensk grisproduktion
Ulf Sonesson

Projektnummer: O-17-23-979 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 4 september 2020

Kött

The most recent carbon footprint of Swedish pig production was presented in 2009, and no full LCA have been published in 15 years. In recent years major improvements have occurred in Swedish pig production and an updated environmental profile for Swedish pork is needed. The project will identify …

Läs mer

Utvärdering av Clostridium perfringens typ A och Clostridium difficiles koppling till spädgrisdiarré
Magdalena Jacobson

Projektnummer: O-16-20-768 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 24 augusti 2020

Kött

During the last decade, neonatal porcine diarrhoea (NPD) has become an increased problem in Swedish herds. Clostridium (C.) perfringens type A (CpA) and C. difficile (Cd) have been highlighted as causes of NPD but their importance has also been questioned. We have previously demonstrated that CpA …

Läs mer

Gradering av vallar i norra Sverige med hjälp av satellitbilder
Julien Morel, SLU

Projektnummer: R-19-62-180 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 24 augusti 2020

Mixed leys are among the most important crops in northern Sweden for the dairy production. Mapping the within and between fields variability of the biomass, nitrogen (N) uptake and potentially also forage quality (digestibility and neutral detergent fibre) would help farmers to optimise their …

Läs mer

Framtagning av bladmögelresistenta matpotatissorter för stora delar av Sverige
Erik Andreasson

Projektnummer: O-15-20-557 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 16 juli 2020

Potatis

Sammanfattning av projektet på engelska

The aim of the project is that by maintaining the "lowest reasonable level" and implement large scale marker assistance of the existing plant breeding program of potato at SLU Alnarp improve opportunities to develop new food potato varieties with durable …

Läs mer

Byråkratin i lantbruket belastar och kostar
Christina Lunner Kolstrup

Projektnummer: O-15-21-565 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 1 juli 2020

Matfågel
Växtodling
Energi & biomassa
Kött
Mjölk
Potatis
Socker
Trädgård

Farmers today report a high workload, financial burden, frustration and stress linked to legislative and regulatory bureaucracy, which is a serious obstacle for development and growth in the sector. The proposed project aims to identify and quantify time requirements and costs of government-related …

Läs mer

Växtnäringsbevattning med organiska N-gödselmedel i svensk äppelproduktion
Helene Larsson Jönsson, Sveriges Lantbruksuniversitet

Projektnummer: S-15-56-588 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 1 juli 2020

The aim of the project is to evaluate and develop the use of organic fertigation in Swedish apple production. The project will focus on yield, external (colour, firmness, appearance) and internal (concentration of sugar and organic acids) quality and fruit tolerance against fungal diseases during …

Läs mer

Tillskott av probiotika till smågrisar: en bedömning av effekt, användbarhet och ekonomi
Else Verbeek

Projektnummer: O-17-20-971 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 juni 2020

Kött

In nature, piglets are exposed to a wide range of bacteria that promote a balanced (healthy) gut microbiota. On the farm, routine cleaning can limit exposure to beneficial bacteria leading to an unbalanced gut microbiota. An unbalanced gut microbiota increases the risk of health problems and alters …

Läs mer
Prenumerera på vårt nyhetsbrev