Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Identifiering av QTL/kandidatgener med påverkan på mjölkkors fruktsamhet

Status: Avslutat
Projektnummer: V1130067
Kategori: Research program | Milk
Ansökningsår: 2011
Datum för slutrapport: 19 juni 2014
Huvudsökande: Hans Stålhammar
Organisation: VikingGenetics
E-postadress: hans.stalhammar@vikinggenetics.com
Telefon: 0511 267 20
Beviljade medel: 735 000 SEK

Sammanfattning av slutrapport
Identifiering av QTL/kandidatgener med påverkan på mjölkkors fruktsamhet
Under en längre tid har fruktsamheten hos Holsteinkor försämrats. Utvecklingen har påverkats av en negativ genetisk trend hos semintjurar. 2000 vände trenden för tjurar. Efter 2008 har tjurar i medeltal haft högre avelsvärd för fruktsamhet än kor.
I projektet finkarterades genomet med avseende på fruktsamhet. I studien ingick ca 3500 Holsteintjurar och ca 38500 markörer, varav 4474 var associerade fruktsamhet. 152 markörer var även informativa för RDC och Jersey.
I en andra studie analyserades regioner på kromosom 4 och 13. Efter imputation hade regionerna en markörtäthet som motsvarade sekvensering. På båda kromosomerna fanns gener av intresse, men fler analyser behövs för att kunna peka ut någon kandidatgen.
Genomisk selektion är idag den i särklass viktgaste urvalsmetoden för semintjurar. Detta projekt har hjälpt till med att identifiera viktiga genetiska markörer som kan ingå i framtida kundanpassade DNA-chip.

Populärvetenskaplig sammanfattning
Populärvetenskaplig rapport juni 2014 avseende projektnummer V1130067-A00
Identifiering av QTL/kandidatgener med påverkan på mjölkkors fruktsamhet

I undersökningen har man funnit många SNP-markörer för fruktsamhet hos Holstein. Flera markörer är även informativa för både SRB och Jersey. Dock, har inga kandidatgenet för fruktsamhet kunnat pekas ut. Genomisk selektion har medverkat till att den genetiska trenden för fruktsamhet nu är positiv för både tjurar och kor.
Negativ trend för fruktsamhet
Under de senaste årtiondena har fruktsamheten hos Holsteinkor försämrats. Denna utveckling har delvis berott på en negativ genetisk trend för dotterfruktsamhet hos använda semintjurar. Trend har sedan förts vidare till hondjuren. Vid millenniumskiftet vände utvecklingen för tjurarna och har sedan dess varit positiv. Från och med 2008 har seminungtjurarna i medeltal haft ett högre avelsvärde för fruktsamhet än jämngamla hondjur. Sedan 2008 har även den genetiska trenden för fruktsamhet hos hondjur varit svagt positiv. En förbättrad fruktsamhet har blivit allt viktigare eftersom konsekvenserna av den sämre fruktsamheten medför extra semineringar, ökade veterinärkostnader, högre utslagning och ökade rekryteringskostnader.
Figur 1. Genetisk trend för Holstein i Sverige mellan 1990 och 2011.
Fler genetiska markörer
Användningen av genetiska markörer har möjliggjort detaljerade undersökningar av nedärvningen av specifika kromosomsegment. Först användes ett begränsat antal mikrosateliter som genetiska markörer. Under senare år har Single Nucleotide Polymorphism markörer av olika täthet används, från 3 000 markörer upp till sekvensering av hela genomet. Det har varit en mycket snabb utveckling i antalet tillgängliga genetiska markörer under 2000-talet.
Många SNP-markörer för fruktsamhet
I en första studie finkarterades genomet med avseende på honlig fruktsamhet. I studien användes ca 3 500 tjurar och ca 38 500 SNP-markörer. 4 474 SNP-markörer var kopplade till honlig fruktsamhet. En utvärdering av sambanden mellan genetiska markörer och fruktsamhet gjordes sedan även för de röda nordiska mjölkoraserna och för Dansk Jersey. 152 SNP-markörer var informativa i alla tre raserna.
I en andra studie valdes områden ut med de mest övertygande resultat från den första studien för att om möjligt finna de underliggande generna i dessa regioner. I denna studie analyserades mindre områden på kromosom 4 och 13. Dessa regioner hade imputerats så att markörtätheten fullt ut motsvarade sekvensering. På båda kromosomerna fanns det gener av intresse i de undersökta områdena, men fler analyser behövs för att kunna peka ut några uppenbara kandidatgener.
Erfarenheter av genomisk selektion
Genomisk selektion är idag den i särklass viktgaste urvalsmetoden för semintjurar. För att nå framgång med genomisk selektion krävs att de beräknade ”genomiska” avelsvärdena har en hög säkerhet. För att erhålla detta krävs stora referenspopulationer med både tillförlitliga fenotypobservationer och känd DNA-profil. Dessutom behövs ett tätt markörset som är jämt spritt över genomet. Detta projekt har hjälpt till med att identifiera viktiga genetiska markörer som kan ingå i framtida kundanpassade DNA-chip.
2008 fick VikingGenetics för första gången tillgång till ”genomiska” avelsvärden på ungtjurskandidaterna. Det innebär att sedan dess har alla insatta ungtjurar blivit selekterade på individens DNA-profil. En av 10 DNA-testade kandidater har blivit uttagen till ungtjur. 2008 var det år då ungtjurarnas avelsvärde för fruktsamhet för första gången översteg jämngamla kvigors. Sedan dess har tjurarnas resultat varit högre. Man kan förväntas sig att den positiva utvecklingen för tjurar även kommer att leda till en klart bättre genetisk nivå även för hondjuren.
Nästa steg i utvecklingen är att ta reda på hur genomisk selektion skall anpassas för urvalet av hondjur på besättningsnivå.

 

Antal träffar i projektbanken: 1715

Filtermaterialets påverkan på underhållsbehov, vattenkvalitet och skörd vid täckdikning
Eva Edin, Hushållningssällskapet HS Konsult AB

Projektnummer: JTI-21-83-606 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2021

The overall purpose of the project is to generate a base for recommendations for construction of new subsurface drainage and re-drainage of clay soils in the area Water - resource efficient management. Efficient drainage of arable land is important to increase crop production, to achieve …

Läs mer

Växtnäringseffekt hos nya gödselprodukter - Metodutveckling för kvalitetssäkring
Åsa Myrbeck, RISE, Jordbruk och Livsmedel

Projektnummer: JTI-20-83-494 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

For sustainable future development, it is essential to recirculate plant nutrients from different parts of society,
especially sewage plants, back to arable land. The aim of the proposed project is to ensure that high-quality fertiliser
products attractive for agricultural use are produced from …

Läs mer

Strategier för välmående kor i lönsamma företag
Helena Hansson

Projektnummer: O-18-21-152 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2018

Mjölk

This project aims at investigating the relationship between animal health and fertility, productivity in terms of milk yield and the economic outcome of dairy farms, and to investigate the conditions under which farms can succeed in combining profitability with high animal health standards.
There …

Läs mer

Utsädesbehandling med ThermoSeed i kombination med mikroorganismer - en framtid utan kemisk betning
Mariann Wikström, Agro Plantarum AB

Projektnummer: R-19-25-287 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2019

The purpose of this project is to develop new non-chemical methods for control of different seedborne-and soilborne pathogens. Aerated steam treatment (ThermoSeed) is a modern and environmentally friendly method for seedborne pathogen sanitation, mainly used on cereals. We intend to develop the …

Läs mer

Från hav till mule - alger minskar metanemissioner från mjölkkor
Rebecca Danielsson

Projektnummer: O-20-23-461 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Meat
Milk

The purpose of this project is to investigate to what extent substances in algae inhibit microbial methane formation in cows. Several substances, so-called bioactive substances, in red, green and brown algae, have a significant methane reducing effect. These are promising results but in order to …

Läs mer

Ny teknik och regional strategi för recirkulering av växtnäring i stallgödsel
Helena Aronsson

Projektnummer: O-20-23-457 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Crop production
Energy and biomass
Milk

A main challenge for regions with intensive livestock production is phosphorus (P) surplus on farms, resulting in low P use efficiency and losses to waters. The project will provide solutions to increase P recycling from animal manure. This will decrease our dependency on imported P fertilizers, …

Läs mer

Förbättrad utvärdering av officiella fältförsök genom bildanalys av drönarfoton med maskininlärning
Aakash Chawade

Projektnummer: O-20-23-462 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Crop production
Energy and biomass

The goal of the project is to digitize the data from the Swedish official field trials through automated estimates of important traits such as germination, growth, resistance, maturity and the effect of plant protection products. The purpose is to streamline and improve scoring of both diseases but …

Läs mer

Förbättrad rengöring och desinfektion på köttanläggningar - minskad spridning av livsmedelsförstörande, patogena och antibiotikaresistenta bakterier
Sofia Boqvist

Projektnummer: O-20-20-447 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Poultry
Meat

Cleaning and disinfection are critical elements for meat premises when it comes to production of safe food of high quality. It is the responsibility of the meat premises to ensure this is done efficiently to keep levels of pathogenic, spoilage and antimicrobial resistant bacteria low. This can be …

Läs mer

Diagnos av parasitsjukdomar hos hästar med hjälp av mikrofluidik och mobiltelefonbaserad mikroskopi
Jonas Tegenfeldt, Lunds Universitet

Projektnummer: H-19-47-493 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2019

All horses grazing freely are at risk of parasitic diseases. Due to a growing problem with drug resistance in parasites, there is a need to improve the diagnostic methods. One important problem with today's situation is that one diagnostic procedure costs significantly more than one treatment, both …

Läs mer

Grovfodrets betydelse för uppkomst av önskvärda och oönskade smaker i mjölk och mejeriprodukter
Åse Lundh, SLU

Projektnummer: R-18-26-005 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2018

The sensory attributes of the raw milk are of major importance for the quality of the resulting dairy products. Since the early 90’ies, the so-called “blueberry off-flavour” has caused severe economic consequences for affected dairy farmers. The mechanism behind is still unclear, although forages …

Läs mer
Prenumerera på vårt nyhetsbrev