Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Jämförelse mellan okulär gradering och PCR-teknik för att bestämma angrepp av växtpatogener i höstvete.

Status: Avslutat
Projektnummer: H1060230
Kategori: Research program | Field trial and method development
Ansökningsår: 2010
Datum för slutrapport: 16 juli 2012
Huvudsökande: Ulf Axelson
Organisation: Hushållningssällskapet Skaraborg
E-postadress: ulf.axelson@hushallningssallskapet.se
Telefon: 0511-24800
Beviljade medel: 175 000 SEK

Sammanfattning av slutrapport
I dagsläget görs graderingar av växtpatogener i sort och växtskyddsförsök genom okulär gradering. Systemet med okulär gradering har ett antal svagheter. Metoden är tidskrävande, kräver tillgång till kvalificerad personal och att olika personer graderar olika. Det finns också en stor risk att graderare helt missar förekomsten av patogener vid blandinfektioner. Det senare noterades också i denna undersökning.
Resultaten visar en mycket god samstämmighet mellan okulär gradering och kvantitativ PCR bestämning av svampsjukdomar i höstveteförsök. Jämfört med tidigare undersökningar där graderingen gjordes på olika bladmaterial visar denna undersökningen att det går att använda bägge arbetsmetoderna.
Resultaten visar också på fördelen med att PCR-tekniken kan upptäcka och diagnosticera patogener redan vid små angrepp (<1% angripen yta). Sammanfattningsvis tycks PCR-tekniken kunna ge en effektiv och säker gradering av växtpatogener i höstvete.

Populärvetenskaplig sammanfattning
Populärvetenskalig artikel, SLF projekt H1060230
Ulf Axelson Anders Jonsson
Hushållningssällskapet Skaraborg SLU, Skara

Jämförelse mellan okulär gradering och PCR-teknik för att bestämma angrepp av växtpatogener i höstvete.

I dagsläget görs graderingar av växtpatogener i sort och växtskyddsförsök genom okulär gradering. Systemet med okulär gradering har ett antal svagheter. Metoden är tidskrävande, den kräver tillgång till kvalificerad personal och det är ofta olika personer som graderar. Det finns också en risk att förväxla symptom på växtnäringsbrist eller fysiologiska fläckar med svampangrepp samt att graderare helt missar förekomsten av patogener vid blandinfektioner
I tidigare undersökningar har blad plockats och sedan delats upp i två grupper som antingen graderats okulärt eller analyserats med polymeras chain reaction, PCR-teknik. Till skillnad mot tidigare projekt gjordes i denna undersökning den okulära graderingen och bestämningen med PCR-teknik på samma blad.
Under sommaren 2010 har bladprover från obehandlade led i växtskyddsförsök i höstvete samlats in på Växtskyddscentralen i Skara. Plantor togs till laboratorium och från vardera led togs blad ut från respektive bladnivå ett till fyra. För varje blad och bladnivå graderades angreppsgraden av bladfläcksvampar okulärt i intervallen: 0, 0,1-1, 1-5, 5-10, 10-25, 25-50, 50-100 % angripen bladyta, samt vissna blad. Endast blad med synbara angrepp har torkats och sparats för senare PCR-analys. De sjukdomar som graderats okulärt var svartpricksjuka (Septoria tritici), vetets bladfläcksjuka (Drechslera tritici-repentis), mjöldagg (Erysiphe graminis ), brunrost (Puccinia recondita) och gulrost (Puccinia striiformis).
Proverna för PCR- analys skickades sedan till ScanBi Diagnostics AB, Alnarp och analyserades enligt den tidigare utvecklade PCR- tekniken för sjukdomarna S. tritici, D. tritici-repentis och brunfläcksjuka, Spagnospora.nodorum. PCR- tekniken bygger på att en för varje växtpatogen specifik DNA sekvens mångfaldigas, så att den kan detekteras i fall att den sökta patogenen finns i provet. Den art specifika DNA-strängen lokaliseras med en för den undersökta arten unik DNA-sekvens. Med hjälp av enzym byggs nya kopior av denna DNA-sträng och när mängden DNA når en viss kvantitet kan den detekteras i ett så kallat PCR- instrument. Innehållet av den sökta patogenen i ett prov kan sedan beräknas.

Metoden användbar i både forskning och praktiken
Resultaten visar en mycket god samstämmighet mellan kvantitativ PCR- analys och okulär gradering av svampsjukdomar i höstveteförsök. Den okulära graderingen missade helt förekomsten av både vetets bladfläcksjuka, D. tritici-repentis, och brunfläcksjuka, S. nodorum. Dessa två svampar upptäcktes däremot vid PCR- analysen. Den helt dominerande patogenen var svartpricksjuka, S. tritici, och den svamp vars angrepp skattades i den okulära graderingen.
Resultatet ligger i nivå med tidigare undersökningar där gradering och PCR analys inte gjorts på samma blad. Det verkar alltså vara likartade samband mellan PCR-värde och okulär gradering vare sig den görs på samma material eller på material som delats och analyserats var för sig. Nackdelen med att analysera på samma material är att risken för kontaminering borde öka något vilket skulle kunna ge låga ”falska” förekomster. Fördelen med att hantera ett mindre antal prov kan överväga men valet mellan att ta ett eller två separata prover blir främst beroende på frågeställning som skall besvaras.
Resultaten visar också på fördelen med att PCR-tekniken kan upptäcka och diagnostisera patogener redan vid små angrepp (<1% angripen yta).
När PCR-tekniken anammas så kommer flera av problemen med okulär besiktning att reduceras och slutsatserna från sortförsök och fungicidförsök att förbättras avsevärt. Även beslutsfattande kring växtsskyddsåtgärder i praktisk odling kommer att underlättas.

 

Antal träffar i projektbanken: 1676

Förbättrad utvärdering av officiella fältförsök genom bildanalys av drönarfoton med maskininlärning
Aakash Chawade

Projektnummer: O-20-23-462 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Crop production
Energy and biomass

The goal of the project is to digitize the data from the Swedish official field trials through automated estimates of important traits such as germination, growth, resistance, maturity and the effect of plant protection products. The purpose is to streamline and improve scoring of both diseases but …

Läs mer

Fullständiga växthusgasbudgetar för odlade mulljordar skapar underlag för klimatsmarta åtgärder
Achim Grelle

Projektnummer: O-18-23-169 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2018

Växtodling
Energi & biomassa
Kött
Mjölk

Conventional technology is virtually unable to measure complete GHG budgets of drained organic soils, which may provide misleading results. So, global estimates of GHG emissions are based on coarse assumptions that don’t take into account the complexity of agroecosystems. Better data are needed for …

Läs mer

Mjölkfettsyror - verktyg för att hitta kor med ökad risk för ämnesomsättningssjukdomar och reproduktionsstörningar
Kjell Holtenius

Projektnummer: O-19-20-306 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2019

Milk

The overall objective of this project is to create milk biomarkers based on specific milk fatty acids for identification of cows with reproductive disorders and metabolic disturbances. Milk will be analysed by Fourier-transform mid-infrared technology. An important value of this project for the …

Läs mer

Forståelse av etiologien bak acquired equine polyneuropathy via studier av Schwanske celle kulturer
siv Hanche-Olsen, NMBU Veterinærhøgskolen

Projektnummer: H-18-47-409 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2018

Acquired equine polyneuropathy (AEP) is a devastating neurologic disease affecting Nordic horses. Characteristic histopathological changes have been shown in the peripheral nerves of horses euthanized due to the disease. These include re- and demyelination as well as hypertrophy of perikaria and …

Läs mer

Vattenstress och sensorstyrd kvävegödsling: utveckling av beslutsstöd för bättre synergier mellan vatten- och kvävestatus
Bo Stenberg

Projektnummer: O-19-20-319 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2019

Crop production
Energy and biomass

This project aims to modify existing sensor systems for adapted nitrogen fertilization to consider water stress at
supplementary fertilization in cereals. Different approaches to consider sensor data and soil information will be tested
in field trials. Current commercial systems interpret water …

Läs mer

Cannabinoider – Säkert foder, ren sport och framtida potential till häst
Matilda Lampinen Salomonsson, SVA

Projektnummer: H-19-47-486 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2019

Cannabinoids have potential to induce analgesia and muscle relaxation which would be beneficial for equine practice. Today there is no drug labelled for veterinary use containing these cannabinoids, but there are some herbal oil products which unofficially have been reported to be used in horses, …

Läs mer

Utveckling av den didaktiska processen i ridundervisning (Delstudie 3: Ridlärare-Häst)
Charlotte Lundgren, Linköpings universtitet

Projektnummer: H-17-47-278 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2017

'Work Package 3: Riding Instructor-Horse' is the final part of the project 'Improving Teaching Methods in Riding Education: the Interplay between Rider, Riding Instructor and Horse'. In this project, the Swedish-Norwegian Foundation for Equine Research has previously funded the first two work …

Läs mer

Validering av prebiotiska och antioxidanta effekter av vetekli hemicellulosor i bakprodukter
Francisco Vilaplana

Projektnummer: O-17-20-962 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2017

Socker

Wheat bran is the largest by-product of wheat flour production with approximately 300,000 tonnes in Sweden. Bran is mainly used in animal feed, as human digestion is not fully able to absorb it. Wheat bran contains valuable biomolecules, such as dietary fiber (arabinoxylans, AX) and phenolic …

Läs mer

Säkrad mikrobiell kvalitet hos grovfoder och mjölkråvara för lönsam produktion av långlagrad ost
Åse Lundh

Projektnummer: O-16-20-764 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2016

Mjölk

Increased production and export of products with high added values, e.g. long-ripened hard cheeses, are considered important steps for a positive development of the Swedish dairy sector. Increased investment in Swedish premium cheese will, however, require increased volumes of high quality raw milk …

Läs mer

Tidiga larm om produktionsstörningar för snabbare åtgärd och minskade förluster i grisföretag
Fernanda Cetrangolo Dórea

Projektnummer: O-17-20-978 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2017

Kött

Disease and production disturbances in a herd are often silent, and may cause major losses if they remain undetected. Continuous analysis and monitoring of data already recorded at the farm level can improve profitability. This project will develop methods for monitoring trends in production and …

Läs mer
Prenumerera på vårt nyhetsbrev