Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Karaktärisering av luftvägsjukdom hos häst med hjälp av transkriptomanalys i enskilda celler: en pilotstudie

Status: Avslutat
Projektnummer: H-19-47-475
Kategori: Research program | Horse
Ansökningsår: 2019
Datum för slutrapport: 30 juni 2021
Huvudsökande: Amanda Raine
Organisation: Uppsala University
E-postadress: Amanda.Raine@medsci.uu.se
Telefon: 076-1102317
Medsökande: Miia Riihimäki
Medsökande: null null
Beviljade medel: 449 000 SEK

Respiratory conditions is a growing issue in the equine industry and for horse welfare. Equine asthma is characterised by airway obstruction, chronic intermittent cough and mucus accumulation an impact the quality of life for affected horses. Similar to its human equivalent, equine asthma is a heterogeneous complex disease that is associated with both genetic and environmental factors. Despite extensive research the inflammatory processes underlying equine asthma remain incompletely defined. Hence, novel research strategies which lead to improved understanding of the cellular processes implicated in the disease is of importance. Here we propose to establish single cell transcriptomics for studying equine asthma at the level of individual cells and to create a comprehensive atlas of the cellular landscape in the airways of horses in health and disease. Ultimately this will lead to detection of new biomarkers, improved stratification of disease and more individualised therapy

Inflammatorisk luftvägssjukdom är en av de vanligaste orsakerna till nedsatt prestation hos hästar. Hästens astma karaktäriseras av varierande grad av återkommande hosta, andningsvårigheter och ökad slemproduktion i luftvägarna och påverkar hästens livskvalitet. I likhet med human astma är hästens astma en heterogen och komplex sjukdom som kan associeras med både miljöfaktorer och genetiska faktorer. Trots omfattande forskning så är faktorerna bakom hästens astma till stora delar okänd. Det är därför önskvärt med nya metoder och strategier för att fördjupa kunskapen om de sjukdomspecifika cellulära och inflammatoriska processerna. I detta projekt ska vi använda transkriptomanalys i enskilda celler för att karaktärisera celler i luftvägarna hos hästar diagnostiserade med astma. Förhoppningen är att denna metod ska kunna användas som ett verktyg för att finna biomarkörer, förbättra sjukdomsklassificering och i förlängningen leda till mer individualiserad behandling.

Astma hos häst utgör ett stort problem för hästens välfärd. Olika fenotyper av ekvin astma uppvisar varierande kliniska tecken, ålder för symptomdebut och kan associeras med förekomst av specifika inflammatoriska celltyper i lungan. Fram till nu har studier av dessa celltyper utförts på bulk-populationer som ger mätvärden som är genomsnittliga för ett stort antal celler och olika celltyper. Detta maskerar förekomst av ovanliga celler eller subpopulationer av en och samma celltyp som kan vara potentiellt viktiga för sjukdomens orsak och fortskridande. I detta projekt har vi implementerat en ‘single-cell’ RNA-sekvenseringsteknologi och skapat en omfattande ’karta’ över det cellulära landskapet i hästens lunga. Genom att analysera transkriptomen hos tusentals enskilda celler i lungan förväntar vi oss att få en ökad förståelseför de inflammatoriska processerna bakom hästens astma. Förhoppningen är att detta ska leda tillbättre diagnostisk precision och behandlingsprediktion.

Inflammatoriska luftvägssjukdomar hos häst är, efter ortopediska problem, den vanligaste orsaken till nedsatt prestation hos hästar som lever i stallmiljö. Hästar kan lida av allvarliga astmaliknande problem eller lindrigare grad av inflammation i luftvägarna som enbart visar sig genom prestationsnedsättning. Hästens astma (ekvin astma) har varit föremål för forskning under de senaste decennierna men fortfarande kvarstår många frågetecken rörande de cellulära mekanismerna bakom de astmaliknande symptomen. Man kan dela in ekvin astma i flera undergrupper som troligen skiljer sig åt immunologiskt och svarar olika på behandling. Vi vet att immunceller i hästarnas lunga är involverade i sjukdomsförloppet och med hjälp av lungsköljprov kan man få ett prov av de immunceller som befinner sig i lungan.
Det finns ett stort behov av nya analysmetoder inom forskningsområdet för att förstå mekanismerna bakom inflammatoriska luftvägssjukdomar hos häst. Det här projektet var en pilotstudie där vi framgångsrikt har testat och optimerat en ny storskalig teknik för att studera genuttryck i tusentals enskilda immunceller i lungan. Principen är att ett mikrofluidiksystem används för att isolera enskilda celler i mycket små droppar i en emulsion. I dropparna frisätts cellens mRNA-molekyler som märks in med en cell-specifik ’barcode’. Cellernas genuttryck (transkriptom) sekvenseras sedan med sk massiv parallell sekvensering och sedan används bioinformatiska metoder för att rekonstruera varje cells genuttryck. Lungsköljprov från hästar med diagnosticerad astma samt från friska hästar har använts i studien. Genom att studera variation i genuttryck på individuell cellnivå har vi nu konstruerat ’cellulära kartor’ över sammansättningen av cellerna i luftvägarna på en mycket detaljerad nivå.
Med hjälp den här tekniken ska vi nu studera sammansättningen av celltyper i lungan vid hästens astma, identifiera tidigare okända varianter av celltyper som är specifikt involverade i den inflammatoriska processen samt cell-varianter som är karaktäristiska för svårare respektive mildare former av sjukdomen. Vi kommer även framgent använda tekniken för att studera hur genuttryck förändras på enskilda cellnivå efter behandling. Genom ökad kunskap om sjukdomens orsak och fortskridande och hur behandlingssvar ser ut på enskilda cellnivå kan man utveckla bättre diagnostik och mer individanpassade behandlingsstrategier och förebyggande åtgärder.

 

Antal träffar i projektbanken: 1712

Minska skador av fruktträdskräfta genom rätt sort-grundstamskombination och kalciumgödsling
Larisa Gustavsson, Sveriges Lantbruksuniversitet

Projektnummer: R-21-25-509 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2021

Fruit tree canker, caused by the fungus Neonectria ditissima, has become a threat for Swedish apple production. No efficient protective measures are available and no complete genetic resistance is known in apple. However, apple genotypes differ in the level of partial resistance which must be fully …

Läs mer

Stinksotens olösta gåtor: vad beror den ökade förekomsten på och hur motståndskraftigt är vårt vete?
Therese Bengtsson

Projektnummer: O-21-20-615 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2021

Crop production

Healthy seeds are a prerequisite for sustainable food systems. The seed-borne plant disease, common bunt (CB) in wheat, caused by the fungi Tilletia tritici and T. laevis, is a major problem in agriculture. Efficient chemical seed treatments exist, but it is often difficult to keep up with autumn …

Läs mer

Mindre mjölkkobesättningars roll i en hållbar och robust svensk livsmedelsförsörjning
Lisa Ekman

Projektnummer: O-21-20-635 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2021

Meat
Milk

Dairy cows are an important part of a sustainable and resilient food production as they facilitate circular flows on the farm and contribute to carbon sequestration, open landscapes and biodiversity. To achieve a sustainable dairy production in all parts of Sweden, we need large as well as small …

Läs mer

Bekämpning av kolibacillos hos fjäderfä: åtgärder för att förebygga utbrott
Ingrid Hansson

Projektnummer: O-21-20-619 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2021

Poultry

Colibacillosis is a common disease in poultry and includes both local and systemic infections. Increased knowledge is necessary for development of effective methods to prevent disease, such as improved management routines, modification of environment, and vaccine development. The first study (WP1) …

Läs mer

DemoFält för reglerad dränering - förbättrad vattenhushållning och avkastningsstabilitet i svenskt jordbruk
Fereshteh Pourazari, RISE

Projektnummer: JTI-21-83-609 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2021

A major challenge facing agriculture is handling water excess and deficit exacerbated by climate change, while reducing eutrophication. Controlled drainage (CD) has the potential to address these issues and improve yield stability. Despite CDs clear benefits and state subsidies for CD installation, …

Läs mer

Åtgärder för att minska andelen kycklingar med Campylobacter i Sverige
Ingrid Hansson

Projektnummer: O-18-20-158 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2018

Matfågel
Kött

The purpose of this project is to identify the transmission routes for Campylobacter to broiler flocks and recommend actions at farm level to reduce the number of chickens with Campylobacter. Furthermore, to analyse routines at slaughter including cleaning of slaughterhouses and transport crates to …

Läs mer

Hur kommer vi dit? Hållbar skörd och kvalité hos tunnel producerade jordgubbssorter
Sammar Khalil, Sveriges Lantbruksuniversitet

Projektnummer: R-18-25-147 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2018

Strawberry is an important horticultural crop with an annual production of 566 MSEK. A higher competitiveness of the Swedish strawberry industry is paramount in order to sustain and develop it for the future. To secure high yields of good quality, superior cultivars and optimal management are …

Läs mer

Växtskydd mot sniglar och rapsjordloppor vid etablering av höstraps
Ola Lundin

Projektnummer: O-18-20-165 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2018

Växtodling

Insufficient crop protection is an increasingly limiting factor for crop production. Damage by slugs and cabbage stem flea beetles in winter oilseed rape are timely examples of increasing crop protection problems in Sweden. We will test whether companion cropping winter oilseed rape with frost …

Läs mer

Genomisk selektion för effektivare avel i nötköttsraserna
Susanne Eriksson

Projektnummer: O-18-20-175 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2018

Kött

The project aims to lay the foundation for genomic selection in Swedish beef cattle populations. Genomic selection has revolutionized animal breeding and much increased genetic progress in e.g. dairy cattle. Improved animal breeding increases production efficiency and genomic selection enables …

Läs mer

Förmedling av kunskap om markpackning: från mätningar till utveckling av beslutsstödsystem
Thomas Keller

Projektnummer: O-17-23-959 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2017

Växtodling
Socker

Soil compaction is a threat to soil ecosystem services and negatively affects crop productivity, causing huge costs to farmers and society. The main aim of the project is to raise awareness of soil compaction. We will i) refine the freely accessible soil compaction decision support tool …

Läs mer
Prenumerera på vårt nyhetsbrev