Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Karaktärisering av luftvägsjukdom hos häst med hjälp av transkriptomanalys i enskilda celler: en pilotstudie

Status: Avslutat
Projektnummer: H-19-47-475
Kategori: Research program | Horse
Ansökningsår: 2019
Datum för slutrapport: 30 juni 2021
Huvudsökande: Amanda Raine
Organisation: Uppsala University
E-postadress: Amanda.Raine@medsci.uu.se
Telefon: 076-1102317
Medsökande: Miia Riihimäki
Medsökande: null null
Beviljade medel: 449 000 SEK

Respiratory conditions is a growing issue in the equine industry and for horse welfare. Equine asthma is characterised by airway obstruction, chronic intermittent cough and mucus accumulation an impact the quality of life for affected horses. Similar to its human equivalent, equine asthma is a heterogeneous complex disease that is associated with both genetic and environmental factors. Despite extensive research the inflammatory processes underlying equine asthma remain incompletely defined. Hence, novel research strategies which lead to improved understanding of the cellular processes implicated in the disease is of importance. Here we propose to establish single cell transcriptomics for studying equine asthma at the level of individual cells and to create a comprehensive atlas of the cellular landscape in the airways of horses in health and disease. Ultimately this will lead to detection of new biomarkers, improved stratification of disease and more individualised therapy

Inflammatorisk luftvägssjukdom är en av de vanligaste orsakerna till nedsatt prestation hos hästar. Hästens astma karaktäriseras av varierande grad av återkommande hosta, andningsvårigheter och ökad slemproduktion i luftvägarna och påverkar hästens livskvalitet. I likhet med human astma är hästens astma en heterogen och komplex sjukdom som kan associeras med både miljöfaktorer och genetiska faktorer. Trots omfattande forskning så är faktorerna bakom hästens astma till stora delar okänd. Det är därför önskvärt med nya metoder och strategier för att fördjupa kunskapen om de sjukdomspecifika cellulära och inflammatoriska processerna. I detta projekt ska vi använda transkriptomanalys i enskilda celler för att karaktärisera celler i luftvägarna hos hästar diagnostiserade med astma. Förhoppningen är att denna metod ska kunna användas som ett verktyg för att finna biomarkörer, förbättra sjukdomsklassificering och i förlängningen leda till mer individualiserad behandling.

Astma hos häst utgör ett stort problem för hästens välfärd. Olika fenotyper av ekvin astma uppvisar varierande kliniska tecken, ålder för symptomdebut och kan associeras med förekomst av specifika inflammatoriska celltyper i lungan. Fram till nu har studier av dessa celltyper utförts på bulk-populationer som ger mätvärden som är genomsnittliga för ett stort antal celler och olika celltyper. Detta maskerar förekomst av ovanliga celler eller subpopulationer av en och samma celltyp som kan vara potentiellt viktiga för sjukdomens orsak och fortskridande. I detta projekt har vi implementerat en ‘single-cell’ RNA-sekvenseringsteknologi och skapat en omfattande ’karta’ över det cellulära landskapet i hästens lunga. Genom att analysera transkriptomen hos tusentals enskilda celler i lungan förväntar vi oss att få en ökad förståelseför de inflammatoriska processerna bakom hästens astma. Förhoppningen är att detta ska leda tillbättre diagnostisk precision och behandlingsprediktion.

Inflammatoriska luftvägssjukdomar hos häst är, efter ortopediska problem, den vanligaste orsaken till nedsatt prestation hos hästar som lever i stallmiljö. Hästar kan lida av allvarliga astmaliknande problem eller lindrigare grad av inflammation i luftvägarna som enbart visar sig genom prestationsnedsättning. Hästens astma (ekvin astma) har varit föremål för forskning under de senaste decennierna men fortfarande kvarstår många frågetecken rörande de cellulära mekanismerna bakom de astmaliknande symptomen. Man kan dela in ekvin astma i flera undergrupper som troligen skiljer sig åt immunologiskt och svarar olika på behandling. Vi vet att immunceller i hästarnas lunga är involverade i sjukdomsförloppet och med hjälp av lungsköljprov kan man få ett prov av de immunceller som befinner sig i lungan.
Det finns ett stort behov av nya analysmetoder inom forskningsområdet för att förstå mekanismerna bakom inflammatoriska luftvägssjukdomar hos häst. Det här projektet var en pilotstudie där vi framgångsrikt har testat och optimerat en ny storskalig teknik för att studera genuttryck i tusentals enskilda immunceller i lungan. Principen är att ett mikrofluidiksystem används för att isolera enskilda celler i mycket små droppar i en emulsion. I dropparna frisätts cellens mRNA-molekyler som märks in med en cell-specifik ’barcode’. Cellernas genuttryck (transkriptom) sekvenseras sedan med sk massiv parallell sekvensering och sedan används bioinformatiska metoder för att rekonstruera varje cells genuttryck. Lungsköljprov från hästar med diagnosticerad astma samt från friska hästar har använts i studien. Genom att studera variation i genuttryck på individuell cellnivå har vi nu konstruerat ’cellulära kartor’ över sammansättningen av cellerna i luftvägarna på en mycket detaljerad nivå.
Med hjälp den här tekniken ska vi nu studera sammansättningen av celltyper i lungan vid hästens astma, identifiera tidigare okända varianter av celltyper som är specifikt involverade i den inflammatoriska processen samt cell-varianter som är karaktäristiska för svårare respektive mildare former av sjukdomen. Vi kommer även framgent använda tekniken för att studera hur genuttryck förändras på enskilda cellnivå efter behandling. Genom ökad kunskap om sjukdomens orsak och fortskridande och hur behandlingssvar ser ut på enskilda cellnivå kan man utveckla bättre diagnostik och mer individanpassade behandlingsstrategier och förebyggande åtgärder.

 

Antal träffar i projektbanken: 1712

Nutritions- och hälsoindikatorer inom Livscykelanalyser (LCA) av livsmedel
Ulf Sonesson, RISE Research Institutes of Sweden

Projektnummer: R-18-26-133 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 31 mars 2021

Food is a central component for a sustainable society, environmentally but also for public health. To make sound decisions on sustainable food choices, methods that combine environmental impact, nutritional supply and health impacts need to be developed. Currently, evidence based methods for such …

Läs mer

Basfinansiering fältförsöksverksamhet (Sverigeförsöken) Växtnäring 2020
Ola Hallin, Hushållningssällskapen Service AB

Projektnummer: S-19-60-185 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 15 februari 2021

Plan nutrition is an important input in Swedish crop production, both from a cost effectiveness point of view and from a crop value point of view regarding both quality and yield. To optimize the usage of plant nutrition is therefore of great importance for a profitable crop production. …

Läs mer

Basfinansiering fältförsöksverksamhet (Sverigeförsöken) Odlingsmaterial 2020
Ola Hallin, Hushållningssällskapen Service AB

Projektnummer: S-19-60-188 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 15 februari 2021

Choosing the right variety (ies) for your soils, places, crop sequences, cultivation goals, etc., etc. are fundamental to being able to achieve success with your cultivation. It is also necessary to know which cultivation measures individual varieties requires to achieve the desired results under …

Läs mer

Basfinansiering fältförsöksverksamhet (Sverigeförsöken) Ogräs 2020
Ola Hallin, Hushållningssällskapen Service AB

Projektnummer: S-19-60-184 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 14 februari 2021

Weed competes with the crop for light, water and nutrients. Competition for resources can cause crop losses which in some cases can be significant, as well as provide a crop of poorer quality. It is therefore important to develop strategies that keep weeds at a reasonable level. Not keeping the …

Läs mer

Basfinansiering fältförsöksverksamhet (Sverigeförsöken) Växtskydd 2020
Ola Hallin, Hushållningssällskapen Service AB

Projektnummer: S-19-60-187 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 12 februari 2021

Controlled inputs of plant protection agents are vital for achieving high yields in fresh condition. Integrated Pest Management (IPM) lays the foundation for this, in which plant protection is a very important tool for keeping the crop healthy and free from attacks by pathogens. The pathogens …

Läs mer

Optimerad skötsel och näringsförsörjning vid kläckning för en robustare kyckling
Helena Wall

Projektnummer: O-16-20-748 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 11 februari 2021

Matfågel

Conventional production of meat-type chickens in Sweden is characterized by high bio-security and low use of antibiotics. Still, there are indications of variations in day old chick quality causing economic losses in terms of variations in growth and increased condemnation at slaughter. The aim of …

Läs mer

Basfinansiering fältförsöksverksamhet (Sverigeförsöken) Vatten 2020
Ola Hallin, Hushållningssällskapen Service AB

Projektnummer: S-19-60-183 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 11 februari 2021

Water has a central role for all processes in and on the ground. During dry years and inferior stands during springtime, irrigation is vital for optimizing grain production. Knowledge about water-maintenance and water-economy are vital to develop long-term sustainable solutions for culture systems. …

Läs mer

Basfinansiering fältförsöksverksamhet (Sverigeförsöken) Vall och grovfoder 2020
Ola Hallin, Hushållningssällskapen Service AB

Projektnummer: S-19-60-186 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 11 februari 2021

The ley has a significantly greater impact on livestock production efficiency than any other crop in Swedish agriculture. In ley and maize forage production trial funds from Stiftelsen lantbruksforskning (the Foundation for agricultural research) are sought to the core funding of the field trials …

Läs mer

Utmaningar och behov för svenskt jordbruksproduktion - möjliga vägar för teknikutveckling för att uppnå lönsamhet samt miljö- och klimatanpassning
Eva Salomon, RISE Research institutes of Sweden

Projektnummer: JTI-19-82-290 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 31 januari 2021

Swedish agriculture needs to be environmentally and climate-friendly and at the same time be productive, profitable and ethically- and socially sustainable. RISE knowledge and skills covers a large part of Sweden’s agricultural technical competence. RISE has established national and internationally …

Läs mer

Test och utvärdering av ett digitalt utbildningskoncept till nytta för Sveriges fjäderfäbransch.
Helene Oscarsson, Vreta Kluster AB

Projektnummer: R-19-62-181 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 29 januari 2021

The Swedish poultry industry have been in a major scaleup phase during the last decades, not least in the region of Östergötland. To be able to continue this growth, the industry needs more staff and more young employees with the right competence with the ambition to work in the poultry sector. The …

Läs mer
Prenumerera på vårt nyhetsbrev