Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Prognos av växtsjukdomar baserad på molekylära metoder och sporfällor

Status: Avslutat
Projektnummer: H1233053
Kategori: Research program | Crop production
Ansökningsår: 2012
Datum för slutrapport: 30 december 2016
Huvudsökande: Jonathan Yuen
Organisation: Sveriges lantbruksuniversitet, SLU
E-postadress: Jonathan.Yuen@mykopat.slu.se
Telefon: 018 672369
Medsökande: Anna Berlin
Beviljade medel: 2 130 000 SEK

The goal of this project is to determine the best method for detection of plant pathogens from different types of spore traps, as well as to determine which species are present during different time periods, and to relate the information to disease development in the field. Several pathogens are spread by wind. By gathering material from the air with 3 types of traps, the general fungal flora in the air will be studied as well as specific plant pathogens (Puccinia spp., Phytophthora infestans). This will indicate which pathogens are air-borne and can spread to host plants. A comparison of different types of traps is important since it is important that the trap collects representative material for analysis, which is important for the development of predictive systems. Information will be used to develop such predictive systems primarily for rust. Such predictive systems are an important component in the implementation of the EU directive on sustainable use of pesticides and IPM.

Syftet med studien är att undersöka vilken metod som är lämpligast för detektion av växtpatogener från olika typer av sporfällor samt under vilka perioder olika arter finns i luften och relatera information från sporfällorna till utvecklingen av respektive sjukdom i fält. Flera växtpatogener sprids via luft och vind. Genom att samla in material från luften med hjälp av tre typer av fällor, studeras den generella svampfloran i luften samt specifika växtpatogener (Puccinia spp, Phytophthora infestans). Detta ger svar på när olika patogener är luftburna och kan spridas till värdväxter. En jämförelse mellan olika sporfällor är viktig då fällan måste samla in ett representativt prov för analys, vilket är nödvändigt om metoden ska kunna användas i prognossyfte. Informationen användas för utveckling av prognosmodeller för framförallt rostsjukdomar. Sådan prognos är en viktig komponent i implementeringen av direktivet om hållbar användning av bekämpningsmedel och integrerat växtskydd.

Prover samlades in under två växtsäsonger på flera platser i södra Sverige med hjälp av fyra olika typer av sporfällor. Från proverna extraherades DNA och svampsamhället detekterades. Både enskilda arter och samhällets struktur analyseras. Resultat visar att olika typer av sporfällor fångar olika svampsamhällen. Sporfällans placering är viktig att beakta, eftersom högt placerade fällor samlar in den generella svampfloran i ett område medan lågt placerade fällor samlar in den specifika svampfloran där den är placerad. Vi visar också att valet av sekvenseringsmetod påverkar resultatet, därför använde vi oss både av Illumina MiSeq och Pac Bio RS II för att undersöka sporfälleproverna. Resultat från projektet har skapat en robust bas för framtida arbete inom övervakning och molekylär detektion av växtpatogener.

Projektet har skapat en bred kunskapsbas för vidare anpassning av sporfällors användning för övervakning av växtpatogena svampar. Vi har både undersökt olika typer av fällor och vilka arters som kan detekteras med hjälp av de olika fällorna, och betydelsen av fällornas placering. Dessutom har den molekylära detektionsmetoden baserat på ”barcoding” av alla svampar i ett prov utvärderats.

Våra resultat visar att:
• Val av sporfälletyp påverkar vilka svampar som fångas
• Sporfällans placering är viktig att beakta
• Sekvenseringsmetoden kan påverka vilka arter som detekteras

Sporer har veckovis samlats in med hjälp av fyra olika typer av sporfällor, två aktiva (joniserande och Hirst-fällor) och två passiva (tratt eller JB-fällan och filterpapper). Från varje prov har DNA extraherats och svamp detekteras baserat på samhällsanalys av svampsamhället.

Eftersom 454/pyrosekvenserings maskinerna inte längre tillverkas, testade vi vilka av de tre andra sekvenseringsmetoderna som är lämpliga att använda för svampsamhällen.

Sekvenserna analyseras i SCATA och andra liknande pipe-lines för att klustra sekvenserna. Vi letar både efter enskilda, specifika sjukdomsalstrande arter, och efter mönster i svampsamhällets struktur för att öka förståelsen för vilka faktorer som är viktiga för sjukdomsutveckling. Arbetet kommer att fortsätta med att jämföra dessa resultat med vad som verkligen hände i fält.

 

Antal träffar i projektbanken: 1646

Ridundervisningens pedagogiska praktik; lärande, interaktion och kommunikation om ryttarkänsla
Anna Bergh, SLU

Projektnummer: H-15-47-054 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 20 december 2019

The aim of the project is to study how instructors at Swedish riding schools instruct and communicate "the riding feeling". The focus is on communication, pupil´s learning and the interaction between instructor, pupil and horse. The "riding feeling" is a tacit knowledge and refers to the rider’s …

Läs mer

Ny teknik för grobarhetsbedömning av spannmål
Thomas Börjesson

Projektnummer: O-15-20-576 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 20 december 2019

Växtodling

In this project we intend to study different methods to objectively monitor the germination of seeds. In the project we will both study cereal seeds and malting barley. The methods that we intend to compare are isothermal calorimetry and two image analysis systems. One of the systems is well …

Läs mer

Spridningsvägar och prognos för Acrothecium-röta i lagrade morötter
Mariann Wikström

Projektnummer: O-15-20-578 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 27 november 2019

Växtodling
Trädgård

The purpose of this project is to clarify the source of infection and spread of Acrothecium carotae - the pathogen that causes a serious rot on stored carrots. We have to know the epidemiology of the pathogen in order to effectively control this serious disease. The project has four goals; to …

Läs mer

Riskfaktorer för sjuklighet hos kalvar i den specialiserade köttproduktionen samt möjligheter till profylax.
Stefan Alenius, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: V1350026 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 31 oktober 2019

Pneumonia is the most prevalent disease in Swedish feedlot cattle herds, causing mortality as well as affecting weight gain, rearing time and economy. Viral infections, including bovine respiratory syncytial virus (BRSV) and bovine coronavirus (BCV) as major actors, cause respiratory disease. …

Läs mer

Vad betyder "lean" för lantbruksföretagen?
Hans Andersson, Sveriges Lantbruksuniversitet - SLU

Projektnummer: H1346088 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 31 oktober 2019

The competitiveness of Swedish agriculture is discussed extensively in media. Lean is a managerial strategy that developed in post-war Japan. Studies of manufacturing and service companies show better capacity utilization, quality control and ability to follow price signals. The issue is if lean …

Läs mer

Digitalt fjäderfästall för utvärdering och förbättring av stallklimat
Helene Oscarsson, Vreta Kluster AB

Projektnummer: R-18-62-990 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 31 oktober 2019

One of the biggest challenges for farmers in the poultry industry is to achieve and maintain a good climate in the stable. A non-functioning climatic environment adversely affects animal health and production as well as the work environment. Hence, there are many actors who work hard to try to …

Läs mer

Kassationer vid slakt i svensk slaktkycklingproduktion - finns möjliga vägar till förbättringar?
Helena Wall, Sveriges lantbruksuniversitet

Projektnummer: R-15-43-372 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 30 oktober 2019

Swedish meat-type chicken production is successful as regards maintaining a high production standard
with a very low use of antibiotics and an overall good health status. However, despite this, concerns are
raised among people in the sector regarding that condemnations at slaughter seem to be at …

Läs mer

Lantbrukaren som vattenförvaltare - rätt diagnos, lämplig plats, effektiv åtgärd!
Faruk Djodjic

Projektnummer: O-15-23-573 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 29 oktober 2019

Växtodling
Kött
Mjölk
Socker

In this project, we want to take advantage of the farmers' own experiences, knowledge and visions, and combine them with the best available information about local specific topographic, hydrological, pedologic and agronomic conditions as well as with results from high-resolution modelling to …

Läs mer

Förläng hållbarheten på mjölk och öka därmed lönsamheten
Maria Glantz

Projektnummer: O-15-20-546 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 24 oktober 2019

Mjölk

To increase the profitability of milk production, it is required that milk and dairy products can be stored for a long time. The shelf-life of milk is controlled by quality parameters, such as enzymatic changes in the milk. These impair the shelf-life by giving rise to taste, odor and product …

Läs mer

Ny havre för livsmedelsindustrin
Olof Olsson,

Projektnummer: O-15-20-346 • Status: Avslutat • Datum för slutrapport: 10 oktober 2019

Växtodling

The long-term goal is to develop oat with new and unique properties that can be used as whole grain or fractionated for use in the food industry. The focus here will be on the pre-breeding and early variety development stages. The final variety will be developed in collaboration with oat breeders. …

Läs mer

Prenumerera på vårt nyhetsbrev

Namn
E-postadress