Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Registreringar från automatiska mjölkningssystem som informationskälla i genomisk avelsvärdering

Status: Avslutat
Projektnummer: V1330048
Kategori: Research program | Milk
Ansökningsår: 2013
Datum för slutrapport: 2 maj 2019
Huvudsökande: Freddy Fikse
Organisation: SLU
E-postadress: Freddy.Fikse@slu.se
Telefon: 018-671994
Medsökande: Dirk-Jan de Koning
Beviljade medel: 1 900 000 SEK

Genomic selection is revolutionizing animal breeding, since selection is based on the joint genetic merit of all SNP alleles across the genome. Lack of accurate and frequent data, however, forms the most important barrier to realize the full potential of genomic selection. There is on the other hand an enormous unexploited potential to utilize measurements taken by voluntary milking systems in breeding decisions. The overall aim is to investigate how data collected by voluntary milking systems can be used for genome-wide prediction of breeding values for udder conformation, using teat coordinates registered by voluntary milk systems and genotype data for cows. Results will be applicable to other on-farm automatic recording devices, for example used for heat detection and measuring
methane emissions, and as such contribute to genetic improvement in animal welfare and health, greenhouse gas emissions and production, amongst others.

Genomisk selektion har medfört en revolution inom husdjursaveln genom att djur kan selekteras baserat på sin genetiska förmåga, skattad med hjälp av tusentals DNA-markörer i genomet. För att skatta effekter av alla markörer krävs noggranna och frekventa registreringar. Brist på registreringar riskerar att bli begränsningen för att kunna utnyttja potentialen med genomisk selektion. Samtidigt utvecklas mätutrustning och sensorer för att ge lantbrukare stöd till förbättrad företagsstyrning. Syftet med detta projekt är att studera hur data från automatiska mjölkningssystem kan användas för att skatta genomiska avelsvärden för juverexteriör, med hjälp av spenkoordinater registrerade i automatiska mjölkningssystem och markörinformation för mjölkkorna. Resultaten är tillämpbara för andra automatiska registreringssystem, som till exempel används för brunstdetektering, och projektet kan på så sätt bädda för ett ökat genetiskt framsteg i egenskaper som bland annat djurvälfärd och reproduktion.

Syftet med studien var att härleda det effektivaste sättet att introducera genomiskt selektion för nya egenskaper, som de som kommer från mjölkrobotar. Vi studerade två delar av denna utmaning: 1) Effektivisering av imputering av genotyper i nordiska mjölkraser 2) Säkerhet av genomisk selektion med hjälp av omfattande simuleringsstudier.
Resultaten visade att imputering av genotyper med hög säkerhet är möjlig med nordisk data, inklusive imputering av icke-genotypade djur. Med hjälp av en referenspopulation på 5000 kor med genotyper och fenotyper kan användbara genomiska avelsvärden (säkerhet > 0,40) erhållas för egenskaper med en måttlig arvbarhet (0,30). När man använder ytterligare fenotypade djur i en så kallades ’single Step’ blir säkerheten för egenskaper med en arvbarhet omkring 0,15 också acceptabelt (> 0,40). För genomisk prediktion av egenskaper med låg arvbarhet (0,05) kommer ytterligare genotypning och fenotypning att krävas före genomförandet av genomiskt selektion.

År 2016 fanns i Sverige 4048 mjölkgårdar med totalt 337 000 kor. Omkring 20% av gårdarna använder en mjölkrobot som motsvarar 1/3 av alla mjölkkor. Omkring 220 gårdar är deltagare i en rutinmässig genotypprogram som koordineras av Viking Genetics och Växa Sverige, motsvarande cirka 10 000 genotypade kor. Ungefär hälften av dessa gårdar använder en mjölkrobot. Mjölkrobotar samlar stora mängder data som för närvarande används främst för rådgivning om skötsel till bönderna. Dessa egenskaper kan också vara värdefulla för selektiv avel, särskilt när det gäller egenskaper som gör djur bättre lämpade för robotmjölkning. I ett tidigare projekt undersökte vi arvbarhet av en rad egenskaper som kan härledas från robotdata. Det drogs slutsatsen att många av dessa egenskaper har måttliga arvbarheten och kan vara lämpliga för selektiv avel.
För 10 år sedan lanserade bioteknikföretaget Illumina ett så kallat SNP-chip för nötkreatur. Detta möjliggör genetisk kartläggning av mer än 50 000 DNA-markörer(positioner i arvsmassan) per djur. Principen för genomisk selektion är att man skattar samband mellan dessa DNA-markörer (s.k. SNPs) och egenskaper av intresse i avelsarbetet för en referenspopulation, t.ex. bestående av redan avkommeprövade tjurar med många döttrar. Med hjälp av dessa skattningar kan man sedan beräkna ett genomiskt avelsvärde –summan av markörernas effekt – för djur utan egna observationer eller avkomma, redan kort efter födseln.
Syftet med studien var att härleda det effektivaste sättet att introducera genomiskt selektion för nya egenskaper, som de som kommer från mjölkrobotar (även kallade frivilliga mjölkningssystem eller VMS). Även om genotypning har blivit billigare, är kostnader fortfarande betydlig när man ska ha 50 000 DNA markörer kartlagt på alla djur i en besättning. Eftersom det finns redan tiotusentals tjurar som är redan kartlagt för 50 000 markörer, då finns det möjlighet att genotypera våra kor (som är besläktat med dessa tjurar) med en mindre mängd markörer (e.g. 7000) och använda så kallade ”imputering” för att skatta information om de andra 43 000 markörer. I första del av studien kollade vi hur effektiv vi kan använda imputering på nordiska mjölkkor. Slutsatsen var att vi kan imputera med rimlig säkerhet för att tillämpa genomisk selektion inom våra nordiska mjölkraser.
Andra delan av studien fokuserade på säkerhet av möjlig genomisk selektion med hjälp av omfattande simuleringsstudier för ett antal scenarier som informerats av tidigare resultat och nuvarande status för genotypning av besättningar i Sverige. Med hjälp av en referenspopulation på 5000 kor med genotyper och fenotyper kan användbara genomiska avelsvärden (säkerhet > 0,40) erhållas för egenskaper med en måttlig arvbarhet (0,30), förutsatt att genotyper är korrekt imputerad till medeltäthet (45 000 SNP). När man använder ytterligare fenotypade djur i en så kallades ’single Step’ modell (dvs utan ytterligare genotypning) blir säkerheten för egenskaper med en ärftlighet omkring 0,15 också acceptabelt (> 0,40). För genomisk selektion av egenskaper med låg arvbarhet kommer ytterligare genotypning och fenotypning att krävas före genomförandet av genomiskt selektion.
Denna studie har visat att genomiskt urval av egenskaper som mäts av mjölkrobotar är tekniskt möjligt i Sverige utan ytterligare investeringar. Lösningar för datautbyte mellan olika ekonomiska intressenter behöver emellertid utveckla innan detta kan bli verklighet.

 

Antal träffar i projektbanken: 1676

Hösilage"intolerans" hos häst?
Cecilia Müller, Sveriges Lantbruksuniversitet

Projektnummer: H-15-47-063 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2015

The purpose is to examine haylage 'intolerance' in horses, which is expressed as diarrhoeic faeces in some horses when they are fed haylage (sometimes also when fed hay). A typical appearance is two-phase faeces - one solid and one liquid. It is not known why or how this condition appears, and it …

Läs mer

Medicintekniska produkter – innehåll och effekt på ledinflammation
Maria Löfgren, Sveriges Lantbruksuniversitet (SLU)

Projektnummer: H-16-47-182 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2016

Joint inflammation (osteoarthritis) is a common cause of lameness in horses. There is a need for safe and effective treatments of the disease. Blood derived autologous biological products such as autologous conditioned serum (ACS) and platelet-rich plasma (PRP) are used as intra-articular …

Läs mer

Stallbackskulturer i cyberrymden
Susanna Hedenborg, Malmö högskola

Projektnummer: H-17-47-290 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2017

The purpose of the project is to analyse stable cultures in cyberspace in Sweden and Norway. In recent years, questions about the welfare of horses have been debated in social media and norms for horse-keeping are created on Internet. In this project, these norms are conceptualised as stable …

Läs mer

Karbohydrater i gres og grovfôr til hest - Den gode, den onde og den grusomme
Rasmus Bovbjerg Jensen, NMBU - Norges miljø- og biovitenskapelige universitet

Projektnummer: H-17-47-287 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2017

Grass for grazing or forage production contains variable amounts of carbohydrates, which often are described as the good (fiber), the bad (sugar) and the ugly (fructans) in relation to prevention, and development of diseases like insulin resistance and laminitis. There is a large variation in …

Läs mer

Objektiv gangartsanalyse og halthetsutredning av islandshest
Marie Rhodin, Norges miljø- og biovitenskapelige universitet

Projektnummer: H-17-47-303 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2017

Icelandic horses are increasingly popular in Sweden and Norway. Their strength lies in their unique gaits, however, in lame horses this trait becomes a weakness. Evaluating not only lameness but also the leg of origin for lameness in any gait other than trot is exceptionally challenging. Today, we …

Läs mer

Identifiering av gener med negativ inverkan på hästens hälsa och välbefinnande: Ett ramverk baserat på helgenomsekvensering och bioinformatik på häst
Sofia Mikko, Sveriges lantbruksuniversitet

Projektnummer: H-18-47-406 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2018

The overall aim of this project is to improve equine health and welfare by identifying causative mutations for inherited diseases to aid informed breeding of healthy horses. We will use a comparative genomics approach, combining whole-genome sequencing (WGS) and bioinformatics with state-of-the-art …

Läs mer

Finns 'Hopparknä' hos häst?- en studie av patellardesmopati som orsak till knähälta hos sporthästar
Marie Rhodin, Sveriges Lantbruksuniversitet

Projektnummer: H-18-47-393 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2018

Soft tissues around the kneecap (patella) as a cause of equine lameness is an area yet to be scientifically investigated but that is often clinically treated with “alternative” methods without an established diagnosis. In human medicine, patellar tendinosis is a common verified diagnosis. …

Läs mer

En mänsklig sida av hästvälfärden
Petra Andersson, Göteborgs universitet

Projektnummer: H-18-47-401 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2018

The goal of the applied project is to shed light on overlooked aspects of the complex subject of horse welfare.
Because of the specific position stall owners have, they are especially suitable to contribute to our knowledge about
the possibilities and limitations that set the conditions for …

Läs mer

Förbättrad lönsamhet i veteproduktionen genom förbättrad kvävestrategi
Karin Hamnér

Projektnummer: O-16-20-761 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2016

Växtodling

Using split fertilization of nitrogen (N) in wheat production is today well-established to increase protein content and adjust fertilization. However, deep knowledge and understanding of N uptake and remobilization during late stages of crop development are missing. Moreover, while split …

Läs mer

Halva ytan bearbetas - odlingssystem med radhackning, bandsådd, bandsprutning och mellangrödor
Göran Bergkvist

Projektnummer: O-17-20-958 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2017

Växtodling

We want to develop a high-yielding cropping systems where the need for tillage and herbicides is greatly reduced compared with current conventional farming systems. The cropping system include, cultivation with wide row spacing, strip sowing and band spraying, combined with the use of subsidiary …

Läs mer
Prenumerera på vårt nyhetsbrev