Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Registreringar från automatiska mjölkningssystem som informationskälla i genomisk avelsvärdering

Status: Avslutat
Projektnummer: V1330048
Kategori: Research program | Milk
Ansökningsår: 2013
Datum för slutrapport: 2 maj 2019
Huvudsökande: Freddy Fikse
Organisation: SLU
E-postadress: Freddy.Fikse@slu.se
Telefon: 018-671994
Medsökande: Dirk-Jan de Koning
Beviljade medel: 1 900 000 SEK

Genomic selection is revolutionizing animal breeding, since selection is based on the joint genetic merit of all SNP alleles across the genome. Lack of accurate and frequent data, however, forms the most important barrier to realize the full potential of genomic selection. There is on the other hand an enormous unexploited potential to utilize measurements taken by voluntary milking systems in breeding decisions. The overall aim is to investigate how data collected by voluntary milking systems can be used for genome-wide prediction of breeding values for udder conformation, using teat coordinates registered by voluntary milk systems and genotype data for cows. Results will be applicable to other on-farm automatic recording devices, for example used for heat detection and measuring
methane emissions, and as such contribute to genetic improvement in animal welfare and health, greenhouse gas emissions and production, amongst others.

Genomisk selektion har medfört en revolution inom husdjursaveln genom att djur kan selekteras baserat på sin genetiska förmåga, skattad med hjälp av tusentals DNA-markörer i genomet. För att skatta effekter av alla markörer krävs noggranna och frekventa registreringar. Brist på registreringar riskerar att bli begränsningen för att kunna utnyttja potentialen med genomisk selektion. Samtidigt utvecklas mätutrustning och sensorer för att ge lantbrukare stöd till förbättrad företagsstyrning. Syftet med detta projekt är att studera hur data från automatiska mjölkningssystem kan användas för att skatta genomiska avelsvärden för juverexteriör, med hjälp av spenkoordinater registrerade i automatiska mjölkningssystem och markörinformation för mjölkkorna. Resultaten är tillämpbara för andra automatiska registreringssystem, som till exempel används för brunstdetektering, och projektet kan på så sätt bädda för ett ökat genetiskt framsteg i egenskaper som bland annat djurvälfärd och reproduktion.

Syftet med studien var att härleda det effektivaste sättet att introducera genomiskt selektion för nya egenskaper, som de som kommer från mjölkrobotar. Vi studerade två delar av denna utmaning: 1) Effektivisering av imputering av genotyper i nordiska mjölkraser 2) Säkerhet av genomisk selektion med hjälp av omfattande simuleringsstudier.
Resultaten visade att imputering av genotyper med hög säkerhet är möjlig med nordisk data, inklusive imputering av icke-genotypade djur. Med hjälp av en referenspopulation på 5000 kor med genotyper och fenotyper kan användbara genomiska avelsvärden (säkerhet > 0,40) erhållas för egenskaper med en måttlig arvbarhet (0,30). När man använder ytterligare fenotypade djur i en så kallades ’single Step’ blir säkerheten för egenskaper med en arvbarhet omkring 0,15 också acceptabelt (> 0,40). För genomisk prediktion av egenskaper med låg arvbarhet (0,05) kommer ytterligare genotypning och fenotypning att krävas före genomförandet av genomiskt selektion.

År 2016 fanns i Sverige 4048 mjölkgårdar med totalt 337 000 kor. Omkring 20% av gårdarna använder en mjölkrobot som motsvarar 1/3 av alla mjölkkor. Omkring 220 gårdar är deltagare i en rutinmässig genotypprogram som koordineras av Viking Genetics och Växa Sverige, motsvarande cirka 10 000 genotypade kor. Ungefär hälften av dessa gårdar använder en mjölkrobot. Mjölkrobotar samlar stora mängder data som för närvarande används främst för rådgivning om skötsel till bönderna. Dessa egenskaper kan också vara värdefulla för selektiv avel, särskilt när det gäller egenskaper som gör djur bättre lämpade för robotmjölkning. I ett tidigare projekt undersökte vi arvbarhet av en rad egenskaper som kan härledas från robotdata. Det drogs slutsatsen att många av dessa egenskaper har måttliga arvbarheten och kan vara lämpliga för selektiv avel.
För 10 år sedan lanserade bioteknikföretaget Illumina ett så kallat SNP-chip för nötkreatur. Detta möjliggör genetisk kartläggning av mer än 50 000 DNA-markörer(positioner i arvsmassan) per djur. Principen för genomisk selektion är att man skattar samband mellan dessa DNA-markörer (s.k. SNPs) och egenskaper av intresse i avelsarbetet för en referenspopulation, t.ex. bestående av redan avkommeprövade tjurar med många döttrar. Med hjälp av dessa skattningar kan man sedan beräkna ett genomiskt avelsvärde –summan av markörernas effekt – för djur utan egna observationer eller avkomma, redan kort efter födseln.
Syftet med studien var att härleda det effektivaste sättet att introducera genomiskt selektion för nya egenskaper, som de som kommer från mjölkrobotar (även kallade frivilliga mjölkningssystem eller VMS). Även om genotypning har blivit billigare, är kostnader fortfarande betydlig när man ska ha 50 000 DNA markörer kartlagt på alla djur i en besättning. Eftersom det finns redan tiotusentals tjurar som är redan kartlagt för 50 000 markörer, då finns det möjlighet att genotypera våra kor (som är besläktat med dessa tjurar) med en mindre mängd markörer (e.g. 7000) och använda så kallade ”imputering” för att skatta information om de andra 43 000 markörer. I första del av studien kollade vi hur effektiv vi kan använda imputering på nordiska mjölkkor. Slutsatsen var att vi kan imputera med rimlig säkerhet för att tillämpa genomisk selektion inom våra nordiska mjölkraser.
Andra delan av studien fokuserade på säkerhet av möjlig genomisk selektion med hjälp av omfattande simuleringsstudier för ett antal scenarier som informerats av tidigare resultat och nuvarande status för genotypning av besättningar i Sverige. Med hjälp av en referenspopulation på 5000 kor med genotyper och fenotyper kan användbara genomiska avelsvärden (säkerhet > 0,40) erhållas för egenskaper med en måttlig arvbarhet (0,30), förutsatt att genotyper är korrekt imputerad till medeltäthet (45 000 SNP). När man använder ytterligare fenotypade djur i en så kallades ’single Step’ modell (dvs utan ytterligare genotypning) blir säkerheten för egenskaper med en ärftlighet omkring 0,15 också acceptabelt (> 0,40). För genomisk selektion av egenskaper med låg arvbarhet kommer ytterligare genotypning och fenotypning att krävas före genomförandet av genomiskt selektion.
Denna studie har visat att genomiskt urval av egenskaper som mäts av mjölkrobotar är tekniskt möjligt i Sverige utan ytterligare investeringar. Lösningar för datautbyte mellan olika ekonomiska intressenter behöver emellertid utveckla innan detta kan bli verklighet.

 

Antal träffar i projektbanken: 1712

Anatomisk besrkivelse av den nevro-sentrale synchondrosen: strukturen som kan forklare cervical vertebral stenotisk myelopati ("wobbler") på unge hester
Kristin Olstad, Norwegian University of Life Sciences, Faculty of Veterinary Medicine

Projektnummer: H-20-47-553 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Young horses can develop cervical vertebral stenotic myelopathy and ataxia, known as "wobbler syndrome" and associated with loss of breeding value, reduced athletic potential and euthanasia. Some wobblers have osteochondrosis of their vertebral facet joints, but it is now known how this relates to …

Läs mer

Läkemedelsresistenta spolmaskar - nya metoder för kontroll och övervakning av resistenta parasiter
Eva Tydén, Swedish University of Agricultural Sciences

Projektnummer: H-20-47-556 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

The alarming development of triple resistant Parascaris spp. is an increasing threat to foal health and the equine industry, due to the risk of increasing veterinary costs and loss of foals. A continued development of triple resistant roundworms in Sweden would be devastating for foals and …

Läs mer

Ryttarkänsla i praktiken - hur man undervisar ryttare
Anna Byström, Swedish University of Agricultural Sciences

Projektnummer: H-20-47-567 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Instructing riders is a complex task because the riding teacher needs to pay attention to both the horse and the rider. This is particularly challenging in the riding school situation. The aim of this project is to investigate riding teachers’ instructions of aids and their timing. The study will …

Läs mer

Förbättrad ekonomi på biogasanläggningar och i gödselhantering genom fler nationella standardmetoder för hygienisering
Petter Melin, RISE Research Institutes of Sweden AB

Projektnummer: JTI-20-83-495 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

According to applicable legislation, manure and digestate must be sanitized in order to prevent disease transmission before they may be merchandised on the open market. Swedish plants currently have the choice between using one of two standard methods (70 °C for 1 h, or 52 °C for 10 h), or carry …

Läs mer

Tidig detektion och riktad intervention i svensk hortikultur genom selektiva lockbeten och sensorteknologi
Teun Dekker, Swedish University of Agricultural Sciences

Projektnummer: R-21-25-516 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2021

The rollback of insecticides exposes Swedish horticulture to a multitude of pests. Targeted and sustainable innovations are sorely needed. Here we target several pests of fruits, onion, cabbage, beans and salad and aim to develop 1) species-selective lures using a novel olfactomics platform, 2) use …

Läs mer

Minska skador av fruktträdskräfta genom rätt sort-grundstamskombination och kalciumgödsling
Larisa Gustavsson, Sveriges Lantbruksuniversitet

Projektnummer: R-21-25-509 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2021

Fruit tree canker, caused by the fungus Neonectria ditissima, has become a threat for Swedish apple production. No efficient protective measures are available and no complete genetic resistance is known in apple. However, apple genotypes differ in the level of partial resistance which must be fully …

Läs mer

Stinksotens olösta gåtor: vad beror den ökade förekomsten på och hur motståndskraftigt är vårt vete?
Therese Bengtsson

Projektnummer: O-21-20-615 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2021

Crop production

Healthy seeds are a prerequisite for sustainable food systems. The seed-borne plant disease, common bunt (CB) in wheat, caused by the fungi Tilletia tritici and T. laevis, is a major problem in agriculture. Efficient chemical seed treatments exist, but it is often difficult to keep up with autumn …

Läs mer

Mindre mjölkkobesättningars roll i en hållbar och robust svensk livsmedelsförsörjning
Lisa Ekman

Projektnummer: O-21-20-635 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2021

Meat
Milk

Dairy cows are an important part of a sustainable and resilient food production as they facilitate circular flows on the farm and contribute to carbon sequestration, open landscapes and biodiversity. To achieve a sustainable dairy production in all parts of Sweden, we need large as well as small …

Läs mer

Bekämpning av kolibacillos hos fjäderfä: åtgärder för att förebygga utbrott
Ingrid Hansson

Projektnummer: O-21-20-619 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2021

Poultry

Colibacillosis is a common disease in poultry and includes both local and systemic infections. Increased knowledge is necessary for development of effective methods to prevent disease, such as improved management routines, modification of environment, and vaccine development. The first study (WP1) …

Läs mer

DemoFält för reglerad dränering - förbättrad vattenhushållning och avkastningsstabilitet i svenskt jordbruk
Fereshteh Pourazari, RISE

Projektnummer: JTI-21-83-609 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2021

A major challenge facing agriculture is handling water excess and deficit exacerbated by climate change, while reducing eutrophication. Controlled drainage (CD) has the potential to address these issues and improve yield stability. Despite CDs clear benefits and state subsidies for CD installation, …

Läs mer
Prenumerera på vårt nyhetsbrev