Stiftelsen lantbruksforskning

Lantbruks- och trädgårdsföretagarnas egen forskningsstiftelse finansierar behovsdriven forskning för svenska förhållanden.
Läs mer

Runs of homozygosity brukt på fjordhestpopulasjonene i Norge og Sverige

Status: Avslutat
Projektnummer: H-14-47-015
Kategori: Research program | Horse
Ansökningsår: 2014
Datum för slutrapport: 16 februari 2018
Huvudsökande: Nils Ivar Dolvik
Organisation: NMBU-Norges Miljø- og Biovitenskaplige universitet
E-postadress: nils.ivar.dolvik@nmbu.no
Telefon: 4790607757
Medsökande: Gunnar Klemetsdal

The project will establish a model for calculation of relationship within and between various Fjord Horse populations (by use of nose swabs to collect DNA), as basis for calculation of future international breeding values by use of BLUP. The establishment of the model is founded on utilizing data from breeding animals of the Fjord breed in Norway and in Sweden.

Prosjektet vil etablere en modell for slektskapsberegning mellom ulike Fjordhestpopulasjoner basert på DNA (via nesesvabere til å samle DNA), som grunnlag for fremtidig avlsverdiberegning over landegrenser og populasjoner ved hjelp av BLUP. Modelletableringen baserer seg på å utnytte data på avlsdyr av Fjordhest i Norge og i Sveige.

Norge er opprinnelseslandet til fjordhesten, men flere små populasjoner av fjordhest over hele verden utgjør til sammen en ganske stor populasjon. Et viktig mål er derfor å utvikle en internasjonal database, som muliggjør utvikling av internasjonal BLUP-evaluering og utveksling av genetisk informasjon mellom subpopulasjonene. Det er helt nødvendig å utnytte genomisk informasjon til dette, og prosjektets mål var å utforske mulighetene dette gir. Populasjonene er ulikt berørt av importerte individer, noe som resulterer i en høyere effektiv populasjonsstørrelse hos svensk fjordhest, sammenliknet med den norske. Samtidig er den svenske populasjonen sterkt influert av norske importer. De to valgte metodene for beregning av genetisk variasjon viser lav sammenheng til tross for at estimatene av effektiv populasjonsstørrelse peker i samme retning. Metoden med observert homozygoti er følsom for antall records, og gir et behov for å utvide med en tredje metode som utnytter koblingsulikevekt.

Fjordhesten og dens bruksområder har i løpet av noen tiår gått fra å være arbeidshest i skog- og landbruk til å være en sports- og fritidshest, og møter samtidig hard konkurranse fra importerte og spesialiserte raser i denne delen av markedet. Den norske populasjonen av fjordhest anses for å utgjøre opprinnelsen til rasen, men det finnes flere små populasjoner av fjordhest i ulike land rundt omkring i verden, som nedstammer fra Norge og som til sammen utgjør en betydelig større populasjon enn den norske populasjonen alene. Det har imidlertid aldri blitt initiert en internasjonal organisering av avl på fjordhest, utover uforpliktende samarbeid gjennom Fjord Horse International (FHI). For å kunne forvalte den verdensomspennende populasjonen av fjordhest vil det være nødvendig med utvikling av et mer forpliktende samarbeid, med felles avlsmål og en felles database som gir mulighet for å systematisere avlsarbeidet.

Den største utfordringen rundt utvikling av felles database er at identifikasjonssystemene er ulikt i de ulike populasjonene. Det blir derfor nærmest en umulig oppgave å beregne slektskap mellom ulike populasjoner, men også innen populasjon. Praksis med import er også svært ulik mellom land, og i opphavslandet Norge er mindre enn 1% dyr registrert med annet opphavsland enn Norge. Til sammenlikning har Sverige sin stamtavle over fjordhest over 30% dyr med annet opphavsland enn Sverige, hvorav 17% kommer fra Norge og 13% kommer fra Danmark.

Ved å benytte informasjon basert på Single Nucleotide Polymorphisms (SNP’er) har man i dag mulighet til å beregne slektskap og genetisk variasjon på et helt annet presisjonsnivå enn hva man kan ved bruk av informasjon basert på stamtavler. Gjennom prosjektet samlet vi inn blodprøver fra totalt 468 fjordhester, hvorav 336 prøver ble chippet (233 norske og 103 svenske). Ved en gjennomgang av stamtavlene til forsøksdyra fant vi at både norsk og svensk populasjon har ganske komplette stamtavler i 8-10 generasjoner, men at opplysninger om fødselsår er langt mer mangelfullt i den svenske populasjonen sammenliknet med den norske. Gjennomsnittlig innavlsnivå (F) basert på stamtavleinformasjon ligger et par prosent lavere i den svenske populasjonen (F = 5,1%) sammenliknet med den norske (F = 7,6%), men den høye andelen dyr med annet opprinnelsesland i Sverige tilsier at dette er fornuftig.

Generasjonsintervallet (L) sier noe om gjennomsnittlig alder på foreldrene når avkom som velges til bruk i avl blir født. Generasjonsintervallet i stamtavla til de norske forsøksdyra (L = 9,08) var betydelig kortere enn på svensk side (L = 11,60). Et langt generasjonsintervall kan si noe om varigheten på prosessen rundt utvalg av avlsdyr, men det kan også si noe om hvor lenge dyra står i avl. Vi er derfor opptatt av at generasjonsintervallet ikke skal bli unødvendig langt, og på norsk fjordhest har dette blitt fokusert på gjennom å få brukt mange, unge hingster i avl.

Gjennom beregning av genetisk variasjon basert både på informasjon fra stamtavler og gjennom informasjon fra genetiske markører (SNP’er) fant vi ganske overensstemmende tall på norsk side, mens det på svensk side var noe mer sprik mellom de to metodene. Det må legges til at antallet testdyr kun er halvparten på svensk side, og resultatene synliggjorde at bruk av genetiske markører også er følsomt for lite data, noe som ga et stort utfallsrom på effektiv populasjonsstørrelse, som vi bruker som et mål på genetisk variasjon. Effektiv populasjonsstørrelse tilsvarer det antallet dyr i en ideell populasjon (blant annet ingen seleksjon, migrasjon eller mutasjon) som må til for å oppnå samme genetiske variasjon man har i den virkelige populasjonen. Hos norsk fjordhest fant vi en effektiv populasjonsstørrelse på 76 (stamtavle) og 83 (genetiske markører), mens hos svensk fjordhest fant vi 246 (stamtavle) og 147 (genetiske markører).

Når vi så på sammenhengen mellom innavlskoeffisienter basert på stamtavler og de basert på genetiske markører, fant vi at denne ikke var veldig høy og tilsvarer en korrelasjonskoeffisient på 0,5 (norsk side) eller 0,4 (svensk side). Dette sier oss at de to størrelsene ikke er helt sammenliknbare, og at det sannsynlig er andre ting som påvirker innavlskoeffisienten basert på genetiske markører enn innavlskoeffisienten basert på stamtavleinformasjon. Det var betydelig mindre feil heftet ved de norske beregningene, hvor antallet testdyr var over dobbelt så høyt som på svensk side. Usikkerheten knyttet til beregningene avdekket et behov for å utvide metoden ved bruk av koblingsulikevekt. På denne måten får vi også bedre utnyttet de kostbare dataene med genetiske markører, men dette arbeidet vil komme som egen publikasjon etter prosjektslutt.

 

Antal träffar i projektbanken: 1712

Mjölkproteiners betydelse för icke-koagulerande mjölk
Maria Glantz

Projektnummer: O-20-20-444 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Milk

The ability of milk to coagulate is crucial for cheese production. We have previously shown high occurrence of non-coagulating milk from Swedish Red Dairy cattle and identified milk proteins as potential markers for this undesirable trait. In this project we will increase the understanding of the …

Läs mer

Hållbarhet & strukturomvandling i svensk mjölkproduktion
Ruben Hoffmann

Projektnummer: O-20-20-475 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Milk

This interdisciplinary project examines how Swedish dairy farmers, given different types of policy instruments, are affected by the ongoing structural transformation in the primary production. The study will improve our understanding about how the ongoing structural change affects profitability in …

Läs mer

Lönsam vinbärsodling genom feromonbaserad kontroll av skadeinsekter
Olle Anderbrant

Projektnummer: O-20-20-452 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Horticulture

The project will develop sustainable pheromone-based methods to reduce the damage from three moth species on currants, thereby enabling profitable cultivation irrespective of management practice. During several years, the currant cultivation has decreased in Sweden and also the yield per ha has …

Läs mer

Hur bekämpa hönshirs samt förebygga herbicidresistensutveckling
Anneli Lundkvist

Projektnummer: O-20-20-456 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Crop production

Spread of barnyard grass, growing in southern Sweden has accelerated during the last decade and is rapidly moving northwards. No herbicide-resistant populations have been reported from Sweden thus far, but it is only a matter of time before barnyard grass will develop herbicide resistance in …

Läs mer

Nya rotsjukdomar i korn och vete- okända hot mot svensk spannmålsodling
Lars Persson

Projektnummer: O-20-20-472 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Crop production

Cereal production is limited by many different factors. Leaf diseases are often well known, while diseases on roots are more difficult to identify. Root diseases are often caused by oomycetes, fungus-like microorganisms that live for years in soil and on old root debris, parasitizing the roots of …

Läs mer

Fosfor i matjord och alv i långliggande försök - ett underlag för uppdaterad rådgivning
Gunnar Börjesson

Projektnummer: O-20-20-453 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Crop production

A sustainable use of phosphorus fertilizers has engaged a large number of researchers, especially how to measure
the soil content of available phosphorus. However, the development of results to useful methods for agriculture has
not been a priority. The recommendations are based on extraction with …

Läs mer

Jordbruksbaserat bioraffinaderi - kombination av lokal och regional skala
Johanna Olsson

Projektnummer: O-20-22-476 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Energy and biomass

The raw material potential in Swedish agriculture needs to be utilized more efficiently to produce sustainable biofuels and thereby increase security of supply and reach the goals of reducing emissions from the transport sector by 2030. Aim of the project is examine how farms can adapt and …

Läs mer

Vägen mot klimatneutral och miljösmart nöt-och lammproduktion- uppdaterade miljöavtryck och kvantifierade förbättringsåtgärder
Serina Ahlgren

Projektnummer: O-20-23-473 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Meat

The carbon footprint for ruminants is high compared to other food products of animal origin but grazing animals such
as beef and lamb have other positive effects on the environment such as increased biodiversity and carbon
sequestration. Beef- and lamb producers need clear guidelines on how to …

Läs mer

Ny teknik och regional strategi för recirkulering av växtnäring i stallgödsel
Helena Aronsson

Projektnummer: O-20-23-457 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Crop production
Energy and biomass
Milk

A main challenge for regions with intensive livestock production is phosphorus (P) surplus on farms, resulting in low P use efficiency and losses to waters. The project will provide solutions to increase P recycling from animal manure. This will decrease our dependency on imported P fertilizers, …

Läs mer

Från negativ till positiv - Ny diagnostik för identifiering av etiologi vid okända virusinfektioner hos häst
Anne-Lie Blomström, Swedish university of agricultural sciences

Projektnummer: H-20-47-555 • Status: Pågående • Ansökningsår: 2020

Viral infections of horses have significant impact on animal welfare and can lead to huge economic losses. One of the first early signs of a viral infection is the development of fever and to at this early step be able to identify the agent behind the infection would lead to rapid and correct …

Läs mer
Prenumerera på vårt nyhetsbrev